| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,810,859 | C→G | 15.9% | T629T (ACG→ACC) | uvrA ← | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,810,859 | 0 | C | G | 15.9% | 172.4 / 22.2 | 63 | T629T (ACG→ACC) | uvrA | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base G (3/7); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
TGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGC > Exported/2810789‑2810927 | tgtCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagc < 1:2667669/71‑1 (MQ=255)tgtCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagc > 1:387347/1‑71 (MQ=255) gTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtc < 1:330425/70‑1 (MQ=255) gTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtc < 1:3401556/70‑1 (MQ=255) gTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgt > 1:5210157/1‑69 (MQ=255) tgaTCAGCGTCGACTTGCCGGAGCCCGAAACGCCCGTCACGCAGGTCATCAGGCCCACCGGcaaggtcagg > 1:1029036/3‑70 (MQ=255) tgaTCAGCGTCGACTTGCCGGAGCCCGAAACGCCCGTCACGCAGGTCATCAGGCCCACCGGcaaggtcagg > 1:6306367/3‑70 (MQ=255) tAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagc > 1:6612311/1‑71 (MQ=255) tAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACACACCGGcagcgtcagc > 1:5363842/1‑71 (MQ=255) tAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGAGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagc > 1:2048970/1‑71 (MQ=255) aaTCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagcg > 1:5649258/1‑71 (MQ=255) attaGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagcg < 1:3966271/67‑1 (MQ=255) aTCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagcg < 1:5497918/70‑1 (MQ=255) aGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCAc > 1:6409353/1‑71 (MQ=255) aGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCAc > 1:4387771/1‑71 (MQ=255) gTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTc > 1:3456415/1‑71 (MQ=255) gATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCtt < 1:1021559/71‑1 (MQ=255) tACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAg > 1:6953263/1‑70 (MQ=255) tACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAg < 1:6798216/70‑1 (MQ=255) ccGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgtt < 1:1567449/71‑1 (MQ=255) ccGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgtt > 1:900759/1‑71 (MQ=255) ggAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt > 1:4514939/1‑71 (MQ=255) gAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt < 1:925969/70‑1 (MQ=255) aaCCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGttgttg > 1:3119215/1‑71 (MQ=255) aaCCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGttgttg > 1:3397463/1‑71 (MQ=255) aaCCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGttgttg < 1:4002545/71‑1 (MQ=255) aCCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGc > 1:4585930/1‑71 (MQ=255) ccTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGcc < 1:2605870/71‑1 (MQ=255) ccTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGcc > 1:735633/1‑71 (MQ=255) cTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCcg < 1:174142/71‑1 (MQ=255) cTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCcg < 1:1630385/71‑1 (MQ=255) tGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt > 1:4811729/1‑65 (MQ=255) tGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCcg > 1:2370050/1‑70 (MQ=255) aaaCCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGt > 1:1435816/1‑71 (MQ=255) aaaCCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGt > 1:3417855/1‑71 (MQ=255) aaaCCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACAGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGt > 1:1384838/1‑71 (MQ=255) aCCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTgc > 1:4276501/1‑71 (MQ=255) aCCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTgc > 1:1404148/1‑71 (MQ=255) aCCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTgc > 1:5122879/1‑71 (MQ=255) ggTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt > 1:5903185/1‑56 (MQ=255) ggTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttg > 1:3412863/1‑55 (MQ=255) ggTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCt > 1:6660150/1‑70 (MQ=255) ggTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTg < 1:648720/71‑1 (MQ=255) ggTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTg < 1:135044/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGTCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt < 1:1072533/55‑1 (MQ=255) gTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt < 1:1128010/55‑1 (MQ=255) gTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt < 1:2720586/55‑1 (MQ=255) acgCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgtt < 1:929132/48‑1 (MQ=16) acgCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgtt < 1:5610859/48‑1 (MQ=16) acgCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgtt < 1:901076/48‑1 (MQ=16) acgCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgtt < 1:1197112/48‑1 (MQ=16) acgCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgtt < 1:1400849/48‑1 (MQ=16) acgCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgtt < 1:3622101/48‑1 (MQ=16) acgCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgtt < 1:2814147/48‑1 (MQ=16) gCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgttat > 1:4367419/1‑48 (MQ=16) gCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgttat > 1:4454302/1‑48 (MQ=16) gCAGGTCATCAGGCCCACCGGCAAGGTCAGGGTCACATCCTTCAGgttat > 1:2881741/1‑48 (MQ=16) cAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCtt < 1:2320266/71‑1 (MQ=255) gTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAg < 1:1592200/71‑1 (MQ=255) tAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGcc > 1:6537940/1‑49 (MQ=255) tAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCt > 1:4096904/1‑59 (MQ=255) aaaCAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGc > 1:4219727/1‑70 (MQ=255) aaaCAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCa > 1:1589095/1‑71 (MQ=255) aaaCAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCa > 1:4499845/1‑71 (MQ=255) aGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACttt < 1:2704400/71‑1 (MQ=255) gACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACttt < 1:1327741/70‑1 (MQ=255) ccACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTcc < 1:1206992/71‑1 (MQ=255) cACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCg < 1:1937477/71‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCcgcg < 1:2298871/40‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCcgcg < 1:750902/40‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCcgcg < 1:277870/40‑1 (MQ=255) cGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGAt < 1:2385086/71‑1 (MQ=255) cGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGAt < 1:596318/71‑1 (MQ=255) cGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGAt < 1:5796105/71‑1 (MQ=255) cGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGAt < 1:5461532/71‑1 (MQ=255) tgCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGt < 1:3882335/38‑1 (MQ=255) cagcttcagcgtCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCg > 1:3273403/1‑71 (MQ=255) cagcgtcagcgtCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACt > 1:1724094/1‑58 (MQ=255) cagcgtcagcgtCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCg > 1:6437641/1‑71 (MQ=255) cagcgtcagcgtCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCg < 1:3131037/71‑1 (MQ=255) cagcgtcagcgtCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCg > 1:2282630/1‑71 (MQ=255) cagcgtcagcgtCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCg > 1:3418374/1‑71 (MQ=255) agcgtcagcgtcACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGc < 1:4417783/71‑1 (MQ=255) agcgtcagcgtcACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGc < 1:2988214/71‑1 (MQ=255) cgtcagcgtcaCGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGc > 1:3811580/1‑46 (MQ=255) cgtcagcgtcaCGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGc > 1:6772324/1‑46 (MQ=255) | TGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGC > Exported/2810789‑2810927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |