| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 713954 | 72 (1.230) | 50 (0.850) | 40/102 | NT | 42.2% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | AP009048 | 2809398 = | 65 (1.110) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/713891‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > AP009048/2809398‑2809466 ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTG > 1:3522127/1‑70ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTG > 1:2508758/1‑70 ACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:4784680/1‑71 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:405088/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:3012202/1‑70 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:4413391/1‑71 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:5167034/1‑71 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGTAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:2370578/1‑71 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:2168597/71‑1 CAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAG < 1:1873848/71‑1 CAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA < 1:771826/70‑1 AGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA < 1:4794961/66‑1 CGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:3137115/69‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCAT < 1:1098796/71‑1 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATAC > 1:1360715/1‑71 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAG > 1:1663375/1‑64 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:203396/58‑1 CAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:2458572/1‑59 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:1515883/1‑53 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:2989052/71‑1 CGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA < 1:2283101/71‑1 CGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA < 1:1998104/51‑1 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAT < 1:3866903/71‑1 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:4736412/1‑50 GCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA > 1:775908/1‑69 GAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTT > 1:843904/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG < 1:2154804/62‑1 aTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC > 1:3672854/2‑69 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC > 1:4617802/1‑69 TGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTATTG < 1:4600600/44‑1 TGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT > 1:2453665/1‑48 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:3113292/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:593156/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:5033032/1‑57 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCAT > 1:2416991/1‑50 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATATTTCGTTTA < 1:3105248/71‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTT < 1:117680/70‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGT < 1:4412290/68‑1 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTAC > 1:4387097/1‑71 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:905444/41‑1 AGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:999073/1‑44 AAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCA < 1:4515910/71‑1 AAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCA < 1:2521895/71‑1 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATT < 1:4106267/71‑1 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTT > 1:2124661/1‑59 GCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAC < 1:820867/70‑1 GGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAA < 1:4754690/70‑1 GAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAAT < 1:2923161/71‑1 ACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATT > 1:4779772/1‑61 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCT < 1:3392607/71‑1 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTA < 1:4632517/69‑1 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC < 1:3939414/44‑1 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA > 1:986152/1‑68 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA > 1:4422377/1‑68 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT < 1:5029917/70‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTAGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT < 1:2498170/70‑1 ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/713891‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > AP009048/2809398‑2809466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |