| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 71265 | 77 (1.320) | 11 (0.260) +AGGGTCCCTAAGTC |
11/74 | NT | 24.0% | coding (879/879 nt) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| ? | AP009048 | 3464879 = | 19 (0.320) | intergenic (‑255/+46) | murB/rrfB | UDP‑N‑acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, FAD‑binding/5S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCA > AP009048/71196‑71335 | ggCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAt > 1:4214309/1‑71 (MQ=255) gCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAag > 1:2480447‑M1/1‑69 (MQ=255) ccAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAt < 1:2448243/69‑1 (MQ=255) cccGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAt > 1:4097156/1‑65 (MQ=255) cccGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtcc > 1:4928918‑M1/1‑64 (MQ=255) ccGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAAc > 1:4034351/1‑71 (MQ=255) ccGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGCCATAAagggtccc > 1:1384858‑M1/1‑63 (MQ=255) cgagcgagTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAAc > 1:4202623/1‑70 (MQ=255) cgagcgagTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATaa > 1:839082/1‑62 (MQ=255) gagcgagTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACg > 1:1626679/1‑70 (MQ=255) gagcgagTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACg > 1:1632853/1‑70 (MQ=255) gagcgagTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtcccta < 1:2290621‑M1/71‑11 (MQ=255) agcgagTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGaa > 1:189769/1‑71 (MQ=255) gcgagTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTa < 1:3403308/65‑1 (MQ=255) cgagTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATaa < 1:4106545/58‑1 (MQ=255) agTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtct < 1:3717012‑M1/71‑16 (MQ=255) gTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGa > 1:5330138/1‑71 (MQ=255) tttCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGa < 1:2997585/64‑1 (MQ=255) tttCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAg < 1:3517817/69‑1 (MQ=255) tttCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGa > 1:3330476/1‑70 (MQ=255) cGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAAt > 1:2462623/1‑71 (MQ=255) gTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAAtt > 1:4218612/1‑71 (MQ=255) tGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAAtt > 1:4426193/1‑70 (MQ=255) tGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTg < 1:4902695/71‑1 (MQ=255) tGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTg < 1:4767217/71‑1 (MQ=255) ccGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCa > 1:1470727/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGAc > 1:1584936/1‑71 (MQ=255) ggTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGAc < 1:4398605/62‑1 (MQ=255) ggTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGAc < 1:914335/62‑1 (MQ=255) ggTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACgg < 1:5085760/71‑1 (MQ=255) gTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAAt < 1:2096266/56‑1 (MQ=255) gTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGc < 1:3318051/71‑1 (MQ=255) ttGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagt < 1:2490427‑M1/56‑14 (MQ=255) ttGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagt > 1:3459180‑M1/1‑43 (MQ=255) ttGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCt > 1:881542/1‑71 (MQ=255) tgtgAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCt > 1:1838045/1‑70 (MQ=255) gtgAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGa < 1:4180426/64‑1 (MQ=255) tgAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAa < 1:3899888‑M1/41‑2 (MQ=255) tgAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACgg < 1:1287264/66‑1 (MQ=255) tgAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTg < 1:2906257/70‑1 (MQ=255) tgAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGa < 1:1141103/71‑1 (MQ=255) gaagaaAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAa < 1:2021237‑M1/40‑2 (MQ=255) aagaaAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTa > 1:2662381/1‑44 (MQ=255) aagaaAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATc > 1:2419808/1‑51 (MQ=255) agaaAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggcccagtct > 1:5013171‑M1/1‑37 (MQ=255) gaaAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCtt < 1:3676208/65‑1 (MQ=255) gaaAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACg > 1:4928080/1‑69 (MQ=255) aaaaaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggcc < 1:2270641‑M1/63‑29 (MQ=255) aaaaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAg > 1:1222958/1‑70 (MQ=255) aaaaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAg < 1:5147533/70‑1 (MQ=255) aaaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggcccagtctttc > 1:120489‑M1/1‑33 (MQ=255) aaaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGt < 1:4024304/38‑1 (MQ=255) aaaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTa < 1:664022/71‑1 (MQ=255) aaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagg < 1:1719515‑M1/35‑4 (MQ=255) aaGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCa > 1:1093144/1‑46 (MQ=255) aGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaa > 1:2189409‑M1/1‑31 (MQ=255) gTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAAtt < 1:4418342/51‑1 (MQ=255) gTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCa < 1:734496/71‑1 (MQ=255) tGAATGATGTAGCCGTCATGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAAtt < 1:4315031/50‑1 (MQ=255) gAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCa > 1:2941606/1‑69 (MQ=255) atgatgTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggcccagtctttcgactgagc > 1:1810205‑M1/1‑26 (MQ=255) atgatgTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAgg > 1:2983743/1‑71 (MQ=255) tgatgTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAggg > 1:4985897/1‑71 (MQ=255) gatgTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacga < 1:2986943‑M1/46‑23 (MQ=255) gatgTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGaa < 1:1240175/35‑1 (MQ=255) atgTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGa > 1:673028/1‑46 (MQ=255) atgTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGtt > 1:5252734/1‑71 (MQ=255) tgTAGCCGTCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggcccagtctttcgactga > 1:4697232‑M1/1‑22 (MQ=255) tgTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGttt < 1:4330169/71‑1 (MQ=255) tAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTg > 1:724441/1‑50 (MQ=255) tAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTg < 1:3534850/70‑1 (MQ=255) aGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTg < 1:3081110/69‑1 (MQ=255) gCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTg < 1:1974677/48‑1 (MQ=255) gCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCa < 1:3608277/70‑1 (MQ=255) gCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCa < 1:2566098/70‑1 (MQ=255) ccGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGa < 1:2736092/71‑1 (MQ=255) cGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGTCGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGaa < 1:1020866/71‑1 (MQ=255) tCAAGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggcccaggctttcgactgagcctttcgttttat < 1:2784445‑M1/71‑58 (MQ=255) aaGTTGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggc > 1:4542409‑M1/1‑12 (MQ=255) aaGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGtt < 1:2583505/60‑1 (MQ=255) aaGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATc > 1:4999592/1‑69 (MQ=255) aGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCt < 1:4243777/71‑1 (MQ=255) aGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCt < 1:1970998/71‑1 (MQ=255) ttGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCa > 1:840312/1‑61 (MQ=255) ttGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAg < 1:4054610/62‑1 (MQ=255) tGTCATAAagggtccctaagtctaaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgacc > 1:3283005‑M1/1‑8 (MQ=255) tGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCt > 1:481569/1‑71 (MQ=255) gTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCtt > 1:1680648/1‑71 (MQ=255) gTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCt < 1:5231549/70‑1 (MQ=255) tCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCtt < 1:2772403/70‑1 (MQ=255) cATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAg > 1:3271095/1‑41 (MQ=255) cATAATTGGTAACGAATAAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCg > 1:5121948/1‑71 (MQ=255) aTAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTg < 1:5311534/54‑1 (MQ=255) aTAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCg < 1:3821417/70‑1 (MQ=255) tAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGc < 1:4526559/43‑1 (MQ=255) tAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGaa < 1:682352/58‑1 (MQ=255) aaTTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTc > 1:5218459/1‑70 (MQ=255) aTTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGTAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCa > 1:1051703/1‑71 (MQ=255) aTTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTcc < 1:1579701/70‑1 (MQ=255) aTTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTcc < 1:1321962/70‑1 (MQ=255) | GGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCA > AP009048/71196‑71335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |