| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 2018583 | 3 (0.050) | 47 (0.840) | 33/98 | NT | 94.2% | coding (579/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | AP009048 | = 2521059 | NA (NA) | intergenic (+170/+30) | insL/yfeA | predicted transposase/predicted diguanylate cyclase | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > AP009048/2018514‑2018653 | catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAcc < 1:2557989‑M1/13‑1 (MQ=255) aaCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:397677‑M1/70‑3 (MQ=255) aCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat > 1:3314500‑M1/1‑67 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:3750904‑M1/54‑70 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:4332436‑M1/54‑70 (MQ=255) cGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag < 1:2339704‑M1/71‑6 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:4410520‑M1/26‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:1136142‑M1/25‑1 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:1025401‑M1/70‑15 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCAGGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:1597610‑M1/71‑16 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaa < 1:1896731‑M1/71‑17 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaag < 1:805211‑M1/70‑18 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:3362495‑M1/40‑71 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:603477‑M1/40‑71 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt < 1:5116999‑M1/71‑21 (MQ=255) atcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt < 1:3378659‑M1/31‑1 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:263912‑M1/70‑23 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt < 1:4054774‑M1/69‑22 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCAt < 1:1647197‑M1/19‑1 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:4575552‑M1/36‑1 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt > 1:120048‑M1/36‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:1330102‑M1/35‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:1331641‑M1/35‑71 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:4984324‑M1/14‑1 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:2850591‑M1/71‑27 (MQ=255) tACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactcaagg > 1:1364990‑M1/1‑43 (MQ=255) aataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgc < 1:2390796‑M1/42‑1 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:5292159‑M1/44‑3 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATGCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat < 1:2694524‑M1/69‑29 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat < 1:864731‑M1/69‑29 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:2808964‑M1/29‑71 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg > 1:3492040‑M1/27‑52 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:2283263‑M1/47‑1 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 1:1413077‑M1/24‑71 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaa > 1:1857869‑M1/1‑35 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:4842403‑M1/40‑1 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat < 1:5287909‑M1/62‑29 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat < 1:516091‑M1/62‑29 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:3663730‑M1/1‑32 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:5164397‑M1/1‑32 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:864247‑M1/1‑32 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:4287100‑M1/1‑32 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacca < 1:5310604‑M1/58‑28 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg > 1:3965211‑M1/19‑71 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg > 1:1090657‑M1/19‑71 (MQ=255) cATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:1266383‑M1/1‑30 (MQ=255) ttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcggc < 1:3032765‑M1/28‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:688828‑M1/56‑1 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgc > 1:2734380‑M1/1‑27 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:2425790‑M1/1‑27 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTgg < 1:4167662‑M1/24‑1 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:845831‑M1/1‑26 (MQ=255) ctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaat < 1:5135988‑M1/62‑38 (MQ=255) gcgcTTGGTGGGCGATCCCACCataagcgctaacttatgggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg < 1:2798577‑M1/71‑50 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcg < 1:3055027‑M1/70‑49 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGa < 1:655004‑M1/45‑1 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGAc > 1:2498899‑M1/10‑70 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATACTGTCGGCTGTa < 1:1224698‑M1/32‑1 (MQ=255) cgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggt < 1:3404906‑M1/71‑51 (MQ=255) cgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGc < 1:1301043‑M1/63‑1 (MQ=255) gcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:3158947‑M1/40‑1 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg > 1:2020377‑M1/6‑55 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg > 1:2074540‑M1/6‑71 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctc > 1:3252238‑M1/1‑16 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc < 1:5300162‑M1/45‑30 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcg < 1:2205859‑M1/71‑57 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa < 1:4380766‑M1/48‑1 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtgt < 1:3556652‑M1/69‑1 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtg > 1:575265‑M1/3‑70 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt < 1:2205430‑M1/71‑59 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgt < 1:4676979‑M1/70‑58 (MQ=255) GGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg < 1:4441370‑M1/50‑1 (MQ=255) ggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtta < 1:1977298‑M1/71‑60 (MQ=255) GGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGc > 1:871399‑M1/1‑71 (MQ=255) gATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCAc > 1:3064187/1‑71 (MQ=255) gATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCAc < 1:784991/71‑1 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac > 1:4665165‑M1/1‑8 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac > 1:1680847‑M1/1‑8 (MQ=255) tCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat > 1:406309‑M1/1‑7 (MQ=255) tCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTc > 1:683502/1‑71 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga > 1:1107857‑M1/1‑6 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcct > 1:4412833‑M1/1‑6 (MQ=255) ccaccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga < 1:5284733‑M1/70‑66 (MQ=255) ccaccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt > 1:708156‑M1/1‑5 (MQ=255) ccACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGc < 1:3036607/71‑1 (MQ=255) ccACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGc > 1:40582/1‑71 (MQ=255) caccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgt > 1:1565285‑M1/1‑4 (MQ=255) accataagcgctaacttaagggttgacccatctgaagaatgcgacgcctcggtg < 1:357185‑M1/54‑52 (MQ=255) accataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggt < 1:4756729‑M1/53‑51 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc > 1:2227088‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc > 1:3016484‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc > 1:602842‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc > 1:1741168‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc > 1:2001110‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgc < 1:2765413‑M1/70‑69 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgc < 1:275924‑M1/70‑69 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac > 1:3863546‑M1/1‑2 (MQ=255) ccTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGc < 1:820319/71‑1 (MQ=255) ccTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGc < 1:5090504/71‑1 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:2720070‑M1/48‑48 (MQ=255) | GCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > AP009048/2018514‑2018653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |