| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 3748797 = | 3 (0.050) | 50 (0.850) | 35/102 | NT | 94.3% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | AP009048 | 4056220 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAA > AP009048/3748729‑3748866 | agctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:503881‑M1/1‑1 (MQ=255)agctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 1:2749633‑M1/2‑1 (MQ=255)agctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 1:4812756‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaa > 1:403596/1‑71 (MQ=255) ttACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaata < 1:4924318/70‑1 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:1021574‑M1/63‑71 (MQ=255) tgacaaagtcatcggccattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:2106118‑M1/62‑63 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataaca < 1:2313910/70‑1 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataaca < 1:4683437/70‑1 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2691434‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1274679‑M2/1‑68 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat < 1:1912980‑M2/71‑7 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:4592070‑M2/1‑65 (MQ=255) agtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:4243224‑M1/13‑1 (MQ=255) agtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAccc < 1:464898‑M1/16‑1 (MQ=255) agtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAcc < 1:2750628‑M1/15‑1 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCg < 1:2697669‑M1/17‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc < 1:795127‑M2/71‑9 (MQ=255) 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cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt < 1:1147756‑M2/71‑42 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:565800‑M2/71‑43 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt > 1:2621592‑M2/1‑29 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat > 1:2307594‑M2/1‑29 (MQ=255) ggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 1:2068074‑M2/1‑28 (MQ=255) ggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 1:5140974‑M2/1‑28 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:86504‑M1/20‑41 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa > 1:3077982‑M1/20‑66 (MQ=255) gATTATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 1:2408327‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2079479‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtggtttt > 1:4981359‑M2/1‑27 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1863415‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:2660581‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:3093185‑M2/1‑25 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:2470514‑M1/34‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:4369846‑M1/17‑71 (MQ=255) ttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:2165520‑M1/15‑39 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:5337037‑M2/1‑23 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2521856‑M2/1‑22 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:4414671‑M2/1‑21 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:4572307‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:3297826‑M2/64‑45 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc > 1:2252888‑M2/1‑19 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:1249167‑M2/62‑44 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat < 1:3765118‑M2/42‑24 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 1:1374721‑M2/71‑54 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt > 1:4403462‑M2/1‑18 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:2788176‑M1/9‑62 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1600248‑M1/62‑1 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1631186‑M1/62‑1 (MQ=255) tcattacaCTAATAACAATAACCCGGAATGACGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1594176‑M1/62‑1 (MQ=255) 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taccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGa < 1:4992358‑M1/66‑1 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 1:1183790‑M2/71‑59 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:3489442‑M2/1‑13 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAcc < 1:4489400‑M1/61‑1 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaa > 1:745470‑M1/3‑70 (MQ=255) cCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaaa > 1:711335‑M1/2‑71 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:1983418‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag < 1:3451726‑M2/65‑57 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGc < 1:691849/58‑1 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaaa > 1:2035427/1‑70 (MQ=255) | GGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAA > AP009048/3748729‑3748866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |