| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 3911914 | 78 (1.330) | 4 (0.070) | 3/98 | NT | 5.2% | coding (871/1455 nt) | xylB | xylulokinase |
| ? | AP009048 | = 3911928 | 70 (1.240) | coding (885/1455 nt) | xylB | xylulokinase | |||||
GCGCCGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTAATCGCTGCAGCTCA > AP009048/3911858‑3911996 | gcgcCGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcg > 1:2449148/1‑71 (MQ=255)gcgcCGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcg < 1:4050551/71‑1 (MQ=255)gcgcCGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcg < 1:2029490/71‑1 (MQ=255) ccGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcgtcg > 1:549320/1‑71 (MQ=255) ccGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGtc < 1:5213777‑M2/70‑3 (MQ=255) cGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcgtcgt > 1:1042193/1‑71 (MQ=255) tACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcgtcgt > 1:3818021/1‑69 (MQ=255) cATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcg < 1:3551182/63‑1 (MQ=255) cATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTc < 1:1425007/70‑1 (MQ=255) cATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCt > 1:5366060/1‑71 (MQ=255) ttgCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTgg < 1:739718/69‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCgtgt > 1:3173726/1‑65 (MQ=255) gCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCt > 1:526660/1‑67 (MQ=255) gCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGAt < 1:4285615/71‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGAt < 1:1845439/71‑1 (MQ=255) cTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTGTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCt > 1:2497636/1‑66 (MQ=255) cTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGAtt < 1:815451/71‑1 (MQ=255) cTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGAtt < 1:668119/71‑1 (MQ=255) ttttGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCgtg < 1:4026460/62‑1 (MQ=255) ttttGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTc < 1:748351/64‑1 (MQ=255) ttGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGtc < 1:811422‑M2/57‑3 (MQ=255) ttGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTgg > 1:1460592/1‑70 (MQ=255) tGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTggg < 1:3075274/70‑1 (MQ=255) tGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGc > 1:943239/1‑71 (MQ=255) ccATGCGCTACCGCAAAGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGcc > 1:4255846/1‑70 (MQ=255) cATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGtc > 1:2309722‑M2/1‑51 (MQ=255) aTGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCcgcg < 1:4066989/71‑1 (MQ=255) aTGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCcgcg < 1:4373139/71‑1 (MQ=255) aTGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCcgc > 1:3577490/1‑70 (MQ=255) tGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGt > 1:1445243‑M2/1‑49 (MQ=255) tGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGa < 1:227751/71‑1 (MQ=255) tGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGa < 1:1681577/71‑1 (MQ=255) gcgcTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGa > 1:3827040/1‑70 (MQ=255) cgcTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGaa < 1:544718/70‑1 (MQ=255) cgcTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGGGTGGATTGGGCCGCGaa > 1:4985448/1‑70 (MQ=255) cTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAAtt < 1:456567/71‑1 (MQ=255) tACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAAtt > 1:3455862/1‑70 (MQ=255) ccGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGAt < 1:3103263/54‑1 (MQ=255) ccGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTaa < 1:4745377/70‑1 (MQ=255) ccGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTa < 1:1338296/69‑1 (MQ=255) cGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGa < 1:4109192/63‑1 (MQ=255) gCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGa > 1:2829617/1‑51 (MQ=255) cAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcgtcgt > 1:2115842/1‑43 (MQ=255) cAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCgtg < 1:615928/44‑1 (MQ=255) aaCGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCgtg > 1:3503365/1‑43 (MQ=255) aCGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGcgtcgt > 1:2836623/1‑41 (MQ=255) aCGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCt > 1:396836/1‑45 (MQ=255) aCGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCcgc < 1:1242097/57‑1 (MQ=255) aCGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGAAGCGTCGTGTCTGGATTgg > 1:3237095/1‑52 (MQ=255) cGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTa > 1:2511417/1‑63 (MQ=255) cGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCt > 1:4715176/1‑71 (MQ=255) cGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCt < 1:874196/71‑1 (MQ=255) gTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGaaa > 1:2859265/1‑59 (MQ=255) gTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGaaa > 1:2865836/1‑59 (MQ=255) ttGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGa < 1:3708222/71‑1 (MQ=255) gCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCt < 1:4719042/39‑1 (MQ=255) gCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCa < 1:2226888/71‑1 (MQ=255) cATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCGGAGCa < 1:3730017/70‑1 (MQ=255) aTTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTa < 1:516697/56‑1 (MQ=255) aTTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCa > 1:1132939/1‑69 (MQ=255) tttAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATg < 1:863997/71‑1 (MQ=255) tttAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATg < 1:1298610/71‑1 (MQ=255) ttAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTTGATTGGGCCCCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATg > 1:4988573/1‑70 (MQ=255) ttAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTa > 1:1399183/1‑54 (MQ=255) ttAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGGCTGGATTGGGCcg > 1:3436822/1‑46 (MQ=255) tAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTg < 1:4226362/40‑1 (MQ=255) tAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGt < 1:4288216/70‑1 (MQ=255) aaTGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGGGTGGAt > 1:1130262/1‑37 (MQ=38) aTGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTccc < 1:1001497/71‑1 (MQ=255) aTGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTcc < 1:4574488/70‑1 (MQ=255) aTGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTcc < 1:382752/70‑1 (MQ=255) tGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGa < 1:650978/45‑1 (MQ=255) tCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAAc > 1:4672023/1‑50 (MQ=255) tCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGc > 1:4261416/1‑71 (MQ=255) tCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGc < 1:4101375/71‑1 (MQ=255) gtgATGCTGAGTTCAGCGtcacagacattaaatgccaacgttgcgg > 1:165759‑M2/1‑18 (MQ=255) gtgATGCTGAGTGCAGCGtcacagacattaaatgccaacgttgcgg > 1:496753‑M2/1‑18 (MQ=255) tgATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGaa > 1:3262645/1‑40 (MQ=255) tgATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAAt > 1:3049394/1‑42 (MQ=255) tgATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTc < 1:5031316/62‑1 (MQ=255) tgATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCttt < 1:2059543/70‑1 (MQ=255) tgATGCTCAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCttt < 1:2093750/70‑1 (MQ=255) aTGCTGAGTGCAGCGtcacagacattaaatgccaacgttgc < 1:3536454‑M2/41‑27 (MQ=255) aTGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCt > 1:4619841/1‑50 (MQ=255) aTGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCa > 1:804942/1‑63 (MQ=255) aTGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTaa < 1:4236426/70‑1 (MQ=255) aTGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTAAt < 1:2750544/71‑1 (MQ=255) tGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTAATc > 1:4805926/1‑71 (MQ=255) gCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCa < 1:3494969/53‑1 (MQ=255) cTGAGTGCAGCGtcacagacattaaatgccaacgttgcggtagcgcatggcaaaagct > 1:5279909‑M2/1‑12 (MQ=255) cTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCa > 1:5201932/1‑60 (MQ=255) cTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTAATCg < 1:3637719/70‑1 (MQ=255) cTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCACCTTTAATCGc < 1:4538253/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTAATCGCTGCAGc < 1:1519838/70‑1 (MQ=255) gCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTAATCGCTGCAGCTCa < 1:629535/71‑1 (MQ=255) | GCGCCGTACATAGCTTTTGCCATGCGCTACCGCAACGTTGGCATTTAATGTCTGTGATGCTGAGTGCAGCGTCGTGTCTGGATTGGGCCGCGAAATTAACCGGCCTGAGCAATGTCCCAGCTTTAATCGCTGCAGCTCA > AP009048/3911858‑3911996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |