| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,624 | C→A | 100% | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,624 | 0 | C | A | 100.0% | 299.8 / NA | 98 | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (42/56); total (42/56) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAGACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684556‑3684689 | gagaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACg > 1:2745794/1‑71 (MQ=255)gagaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACg > 1:1084858/1‑71 (MQ=255)gagaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCGTTACg > 1:526668/1‑71 (MQ=255) agaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACgg < 1:1881631/71‑1 (MQ=255) gaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACgg < 1:1330890/70‑1 (MQ=255) cATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt > 1:3474684/1‑70 (MQ=255) cATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTg < 1:5244607/71‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtg > 1:1237603/1‑71 (MQ=255) aGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgtg > 1:4977219/1‑71 (MQ=255) aGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt < 1:3520836/70‑1 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:1390960/71‑1 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:2507242/71‑1 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:1384848/71‑1 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:871442/71‑1 (MQ=255) aGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACg < 1:1305699/59‑1 (MQ=255) aGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgtg > 1:1567964/1‑68 (MQ=255) ggTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTg < 1:3482329/70‑1 (MQ=255) gTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc < 1:3540930/71‑1 (MQ=255) gTATGGCACATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc < 1:952902/71‑1 (MQ=255) tATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc < 1:2637205/71‑1 (MQ=255) tATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc < 1:3708257/71‑1 (MQ=255) tATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc < 1:822487/71‑1 (MQ=255) aTGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc > 1:3766896/1‑69 (MQ=255) tGGCCCATCACTGTTCAGGTTGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:3478930/71‑2 (MQ=255) tGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:4484227/71‑2 (MQ=255) gCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCagg < 1:5238899/70‑3 (MQ=255) gCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCagg < 1:5245112/70‑3 (MQ=255) cccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACgg > 1:4962328/1‑52 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:3779436/71‑1 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt > 1:3401656/1‑71 (MQ=255) aTCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc > 1:2659010/1‑71 (MQ=255) tCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc < 1:1163606/71‑1 (MQ=255) cACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc > 1:3363581/1‑70 (MQ=255) cACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTCGTCTTTACGGGTGAtg > 1:4022895/1‑53 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGGCGCTTCAACATGGTCTTTACGGGTGATGTGTTg > 1:2537491/1‑57 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACg > 1:2783375/1‑45 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:4003005/1‑53 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:3438806/55‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTg > 1:4183140/1‑57 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:269032/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:1997030/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:4542443/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:4963756/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:2566050/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:2425466/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGATGGCCAGGGATGCCg < 1:672074/70‑1 (MQ=255) cTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGaa < 1:3448729/71‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa < 1:3406366/61‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg < 1:2915104/70‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg < 1:2896622/70‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgc < 1:4827229/71‑1 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGa < 1:3744907/44‑1 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:201725/1‑47 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAggg > 1:552137/1‑58 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTACAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcg < 1:3067951/70‑1 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:4192348/64‑1 (MQ=255) cATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa > 1:3568078/1‑62 (MQ=255) aTGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATg < 1:739650/57‑1 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGc > 1:5138093/1‑70 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTa < 1:2849525/70‑1 (MQ=255) tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCt < 1:46405/64‑1 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:3427411/46‑2 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:2806359/46‑2 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt < 1:1665815/71‑1 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:1529808/1‑71 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:4038302/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:2631471/71‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg > 1:786127/1‑54 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACa > 1:143317/1‑66 (MQ=255) gCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGa > 1:255478/1‑70 (MQ=255) gCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGa > 1:4671018/1‑70 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa < 1:3330648/71‑1 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa > 1:1995820/1‑71 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaa < 1:3666492/70‑1 (MQ=255) cGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt < 1:116300/71‑1 (MQ=255) cGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt < 1:3119828/71‑1 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt > 1:4330494/1‑70 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATc < 1:3646886/71‑1 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATc > 1:2637788/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1133712/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1720333/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1767374/1‑71 (MQ=255) tCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa > 1:761438/1‑61 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATg < 1:481424/59‑1 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgggg > 1:1502418/1‑71 (MQ=255) aaCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:2417761/1‑43 (MQ=255) aaCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgggg < 1:3124792/70‑1 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1353357/1‑66 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGt > 1:3100349/1‑70 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCAGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1365556/1‑66 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa < 1:2910149/71‑1 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa < 1:4118271/71‑1 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa > 1:4113528/1‑71 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa > 1:1776408/1‑71 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:2841132/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:799081/71‑1 (MQ=255) gTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcgg > 1:1662166/1‑69 (MQ=255) tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:4896216/71‑1 (MQ=255) | GAGACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684556‑3684689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |