| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,643 | T→G | 100% | pseudogene (416/582 nt) pseudogene (1479/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,643 | 0 | T | G | 100.0% | 334.4 / NA | 94 | pseudogene (416/582 nt) pseudogene (1479/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (41/53); total (41/53) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCG > AP009048/3684577‑3684710 | ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt > 1:3401656/1‑71 (MQ=255)ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:3779436/71‑1 (MQ=255) aTCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc > 1:2659010/1‑71 (MQ=255) tCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc < 1:1163606/71‑1 (MQ=255) cACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc > 1:3363581/1‑70 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:269032/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:1997030/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:2566050/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:2425466/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:4963756/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:4542443/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGATGGCCAGGGATGCCg < 1:672074/70‑1 (MQ=255) cTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGaa < 1:3448729/71‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa < 1:3406366/61‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg < 1:2896622/70‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg < 1:2915104/70‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgc < 1:4827229/71‑1 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAggg > 1:552137/1‑58 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTACAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcg < 1:3067951/70‑1 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:4192348/64‑1 (MQ=255) cATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa > 1:3568078/1‑62 (MQ=255) aTGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATg < 1:739650/57‑1 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGc > 1:5138093/1‑70 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTa < 1:2849525/70‑1 (MQ=255) tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCt < 1:46405/64‑1 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt < 1:1665815/71‑1 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:1529808/1‑71 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:4038302/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:2631471/71‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg > 1:786127/1‑54 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACa > 1:143317/1‑66 (MQ=255) gCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGa > 1:4671018/1‑70 (MQ=255) gCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGa > 1:255478/1‑70 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa > 1:1995820/1‑71 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa < 1:3330648/71‑1 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaa < 1:3666492/70‑1 (MQ=255) cGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt < 1:116300/71‑1 (MQ=255) cGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt < 1:3119828/71‑1 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt > 1:4330494/1‑70 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATc < 1:3646886/71‑1 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATc > 1:2637788/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1767374/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1720333/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1133712/1‑71 (MQ=255) tCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa > 1:761438/1‑61 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATg < 1:481424/59‑1 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgggg > 1:1502418/1‑71 (MQ=255) aaCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:2417761/1‑43 (MQ=255) aaCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgggg < 1:3124792/70‑1 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1353357/1‑66 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGt > 1:3100349/1‑70 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCAGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1365556/1‑66 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa > 1:1776408/1‑71 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa < 1:2910149/71‑1 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa < 1:4118271/71‑1 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTa > 1:4113528/1‑71 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:799081/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:2841132/71‑1 (MQ=255) gTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcgg > 1:1662166/1‑69 (MQ=255) tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:4896216/71‑1 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg > 1:3326281/3‑71 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg > 1:2721851/3‑71 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAAAATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg > 1:2176572/3‑71 (MQ=255) cGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAggg < 1:4198817/70‑1 (MQ=255) cGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggt < 1:33538/71‑1 (MQ=255) gTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtggt < 1:1454763/71‑1 (MQ=255) gTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtggt > 1:183365/1‑71 (MQ=255) tGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg < 1:1952237/65‑1 (MQ=255) tGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGtt < 1:1573023/71‑1 (MQ=255) tGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGtt < 1:4719769/71‑1 (MQ=255) aTGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGttt < 1:2699257/70‑1 (MQ=255) tgtgTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt < 1:2161439/37‑1 (MQ=255) tgtgTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCg < 1:15178/71‑1 (MQ=255) gtgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGc > 1:4717627/1‑71 (MQ=255) tgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtg < 1:1056068/63‑1 (MQ=255) tgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGc > 1:3062302/1‑70 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGt > 1:2790686/1‑47 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:2344771/50‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcgg < 1:1182900/53‑3 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtat < 1:4467747/71‑3 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtat < 1:4914016/71‑3 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtat < 1:3448529/71‑3 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCta > 1:4253064/1‑69 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCta > 1:763049/1‑69 (MQ=255) tGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata > 1:1964874/1‑71 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:4089779/52‑1 (MQ=39) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTa > 1:1544473/1‑53 (MQ=39) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTatat > 1:2334641/1‑71 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTatat > 1:5209937/1‑71 (MQ=255) gCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg < 1:3752105/55‑1 (MQ=255) gCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATc < 1:4869511/71‑1 (MQ=255) ccAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTaa > 1:2633316/1‑52 (MQ=39) ccAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCg > 1:984276/1‑71 (MQ=255) ccAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCg < 1:4500037/71‑1 (MQ=255) ccAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCg < 1:4317324/71‑1 (MQ=255) | CCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCG > AP009048/3684577‑3684710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |