| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,254,620 | G→A | 12.3% | D806D (GAC→GAT) | rpoC ← | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,254,620 | 0 | G | A | 12.3% | 218.1 / 17.9 | 73 | D806D (GAC→GAT) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/37); new base A (3/6); total (30/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
ACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGTGCGGTATCCGCCA > Exported/2254551‑2254690 | accaccCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACTACCAgg < 1:2830/70‑1 (MQ=255)accaccCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAgg < 1:2864209/70‑1 (MQ=255) ccaccCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTc < 1:2123735/71‑1 (MQ=255) caccCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTcc < 1:499356/71‑1 (MQ=255) cccTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTg > 1:867049/1‑71 (MQ=255) cTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTgc > 1:2919490/1‑70 (MQ=255) ggAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAAc < 1:95799/71‑1 (MQ=255) ggAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAAc < 1:3140067/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |