| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,336,250 | T→C | 5.9% | G212G (GGT→GGC) | fdoH → | formate dehydrogenase‑O, Fe‑S subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,336,250 | 0 | T | C | 5.9% | 203.9 / 3.0 | 68 | G212G (GGT→GGC) | fdoH | formate dehydrogenase‑O, Fe‑S subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/41); new base C (2/2); total (25/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
AGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGCCAAAT > Exported/2336181‑2336319 | agagTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTc < 1:2723309/71‑1 (MQ=255)agagTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTc < 1:1563383/71‑1 (MQ=255) gTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGt < 1:3052345/71‑1 (MQ=255) gTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGt < 1:2390730/71‑1 (MQ=255) gTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGt < 1:1381232/71‑1 (MQ=255) gTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGt < 1:2323148/71‑1 (MQ=255) gTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGt < 1:2105256/71‑1 (MQ=255) gATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTa > 1:236035/1‑69 (MQ=255) gATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTAc > 1:2362534/1‑70 (MQ=255) gATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTAc > 1:824140/1‑70 (MQ=255) tGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGa < 1:1940860/70‑1 (MQ=255) tGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGAt > 1:1734742/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATcc < 1:453209/71‑1 (MQ=255) aaaaCGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATcc < 1:1836182/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCa < 1:466198/71‑1 (MQ=255) ggCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCg > 1:3371406/1‑71 (MQ=255) gcgagcgaGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGt < 1:2292254/71‑1 (MQ=255) cgagcgagCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTc < 1:400909/71‑1 (MQ=255) cgagcgagCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTc < 1:3335136/71‑1 (MQ=255) agcgagcgCGTTGCTGAGCTGTAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTc < 1:1727840/49‑1 (MQ=255) agcgCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCggtgg < 1:420473/70‑1 (MQ=255) agcgCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCgg < 1:795188/67‑1 (MQ=255) agcgCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCgg < 1:496638/67‑1 (MQ=255) gcgcGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTa > 1:2849245/1‑71 (MQ=255) ttGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTa < 1:3036386/66‑1 (MQ=255) tGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCa > 1:1760008/1‑52 (MQ=255) gctgagctgaAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACg < 1:754223/70‑1 (MQ=255) gctgagctgaAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACg < 1:1162454/70‑1 (MQ=255) gctgagctgaAAACCCGCGGTTACGACAATGCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACg < 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1:2816471/1‑35 (MQ=255) gCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGc > 1:547527/1‑70 (MQ=255) gCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGc > 1:68255/1‑70 (MQ=255) gCGGGTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGc > 1:1687797/1‑70 (MQ=255) gCGGGTCTGTACGATCAGGCAGGCGTCGGTGGTaca > 1:916027/1‑36 (MQ=255) gCGGGCCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGc > 1:2272288/1‑70 (MQ=255) gCGGGCCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGc > 1:2268237/1‑70 (MQ=255) gggTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGCCaa < 1:487339/71‑1 (MQ=255) gggTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGCCa < 1:2774485/70‑1 (MQ=255) ggTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGt > 1:3418311/1‑43 (MQ=255) ggTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGCCaaa < 1:918192/71‑1 (MQ=255) ggTCTGTACGATCCGGCAGGCGTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGCCaaa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |