| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,923,296 | A→G | 11.9% | C642C (TGT→TGC) | valS ← | valyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,923,296 | 0 | A | G | 11.9% | 191.7 / 14.7 | 67 | C642C (TGT→TGC) | valS | valyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/30); new base G (3/5); total (32/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCCGTTGAAGCCGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCATATCCCAGTTGATGTCACGACCGGTAGACGCCAGCGC > Exported/2923226‑2923364 | cgccgTTGAAGCCGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCATCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTa < 1:3041354/71‑1 (MQ=255)cgccgTTGAAGCCGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTa < 1:594717/71‑1 (MQ=255) gccgTTGAAGCCGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTa > 1:2374124/1‑70 (MQ=255) ccgTTGAAGCCGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTa > 1:1063362/1‑69 (MQ=255) ccgTTGAAGCCGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTa > 1:1141252/1‑69 (MQ=255) cgTTGAAGCCGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTa > 1:605590/1‑68 (MQ=255) cGCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACgg > 1:313003/1‑71 (MQ=255) gCAATCCTGACCTTCTGTGTTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAg > 1:2218269/1‑61 (MQ=255) 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tgtTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCtt < 1:2107639/70‑1 (MQ=255) tgtTCATCAGCACAAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCt < 1:3015916/69‑1 (MQ=255) aGCACAAAGCGGCTGGCGTTACACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCATATcc > 1:89855/1‑69 (MQ=255) cacgAAGCGGGTCGCATTCCACAGCTTGTTGCAGa < 1:3458943/35‑1 (MQ=16) acaAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCATATCCCAGtt < 1:1641966/71‑1 (MQ=255) acaAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCATATCCCAGtt < 1:2736336/71‑1 (MQ=255) caAAGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTa < 1:217556/43‑1 (MQ=255) aaaGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCATATCCCAGTTGa > 1:2555996/1‑71 (MQ=255) aaGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCatat > 1:3187046/1‑61 (MQ=255) aaGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCATATCCCAGTTGa > 1:2678563/1‑70 (MQ=255) aaGCGGCTGGCGTTCCACAGCTTGTTACAGAAGTTACGGTAACCTTCCAGACGCTTCATATCCCAGTTGa > 1:1464942/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |