Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | BS168_reference_genome | 165,825:1 | +C | 100% | noncoding (72/72 nt) | trnI‑Asn → | tRNA‑Asn |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | BS168_reference_genome | 165,825 | 1 | . | C | 100.0% | 325.4 / NA | 97 | noncoding (72/72 nt) | trnI‑Asn | tRNA‑Asn |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (57/40); total (57/40) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑CATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCATAAGGAGAAAGCTTTTTTTATTGCGATAT > BS168_reference_genome/165687‑165958 | agagTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑c > 3:48956/1‑138 (MQ=255) gTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccatt < 8:368292/139‑5 (MQ=21) gTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccatt > 4:152794/1‑135 (MQ=21) ggACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGc < 3:115316/138‑1 (MQ=21) 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ttAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGATCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCTGTTCGAGCCCGATTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGtt > 5:260450/1‑139 (MQ=38) aaCCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGttt < 1:218562/138‑1 (MQ=255) cGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCa < 4:230280/139‑1 (MQ=255) aTCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCAt > 3:289765/1‑138 (MQ=255) aTCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCAt > 1:346311/1‑138 (MQ=255) aTCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCAt > 2:159443/1‑138 (MQ=255) tAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGACGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCATAAGGAGaaa > 1:354289/1‑139 (MQ=255) gAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAgg < 2:360219/41‑1 (MQ=21) gAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAgg > 1:360219/1‑41 (MQ=21) gAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 3:313010/54‑1 (MQ=37) gAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa > 4:313010/1‑54 (MQ=37) gAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTGAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCATAAGGAGAAAGCttttt > 5:228935/1‑139 (MQ=255) tCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCATAAGGAGAAAGCTTTTTTTa < 6:31173/139‑1 (MQ=255) ccTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCa > 2:306488/1‑63 (MQ=255) ccTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCa < 1:306488/63‑1 (MQ=255) cGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGCCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCATAAGGAGAAAGCTTTTTTTATTGCGatat > 3:134899/1‑139 (MQ=255) | AGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑CATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCTTAAATGTATTATTACCAAGGTTTCTCATAAGGAGAAAGCTTTTTTTATTGCGATAT > BS168_reference_genome/165687‑165958 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |