New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | BS168_reference_genome | 3486759 = | 0 (0.000) | 19 (0.010) +ACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAG |
16/134 | NT | 91.8% | intergenic (+1/+48) | araR/yvbT | transcriptional repressor of the ara regulon (LacI family)/putative alkanal monooxygenase |
? | pSIJ663_pHT315_araE_xy | 9781 = | 6 (0.000) | intergenic (+5050/–) | ampR/– | –/– |
CCGAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGTC > BS168_reference_genome/3486624‑3486896 | ccattgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaa > 1:177981‑M1/136‑138 (MQ=255) ccattgaatggcgtcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaa > 6:359202‑M1/136‑138 (MQ=255) attgaatggcttcttgttacatgaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 5:243258‑M1/134‑139 (MQ=255) attgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 2:321305‑M1/134‑139 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa > 1:235875‑M1/131‑138 (MQ=255) tggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattgttcattttcaaatacttcctttcatttcaatgataatttaaccccatttcaaaagagtgtcaacgtgtatttacgcagtAAAAAGCAATGt < 8:240246‑M1/12‑1 (MQ=255) cttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATgg > 5:50420‑M1/122‑137 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGtct > 5:68274‑M1/119‑138 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 7:351864‑M1/119‑136 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 1:171734‑M1/119‑136 (MQ=255) ttacaggaacattttgttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTcc > 1:189207‑M1/118‑139 (MQ=255) ggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCt > 1:285831‑M1/104‑138 (MQ=255) taattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacacattcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCtttttt < 3:182978‑M1/40‑1 (MQ=255) attgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTta > 2:62346‑M1/97‑138 (MQ=255) gagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAg > 4:396167‑M1/94‑138 (MQ=255) gttggagtattcttcattttcaaatacttccgttgatgtcactgataatttaacacactttcaaaagtgtgtgaacgtgtttttacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTataggtg < 6:385034‑M1/48‑4 (MQ=255) cattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTc < 4:200402‑M1/61‑1 (MQ=255) cattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTc < 7:61042‑M1/61‑1 (MQ=255) cttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCg > 3:200402‑M1/66‑138 (MQ=255) cctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGt > 6:38533‑M1/63‑74 (MQ=255) cctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGt < 5:38533‑M1/12‑1 (MQ=255) tgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCaaa > 8:321727‑M1/56‑139 (MQ=255) tgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGGCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATATCaaa > 7:262893‑M1/56‑139 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa > 3:115278‑M1/52‑139 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa < 5:151910‑M1/88‑1 (MQ=255) ctgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaactaac < 2:389047‑M1/89‑1 (MQ=255) acacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATtctgtct < 6:411740‑M1/100‑1 (MQ=255) tttcaaaagagagtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTCCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCgtgt < 4:38235‑M1/106‑1 (MQ=255) aaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGc > 2:251554‑M1/30‑131 (MQ=255) aaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGc < 1:251554‑M1/102‑1 (MQ=255) aaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCaa > 5:411740‑M1/30‑139 (MQ=255) gagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGt < 5:21672‑M1/114‑1 (MQ=255) tgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt > 8:61042‑M1/23‑138 (MQ=255) aacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAg > 3:119910‑M1/19‑139 (MQ=255) tattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAAc < 7:29578‑M1/126‑1 (MQ=255) tattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCACGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAAcc > 3:262769‑M1/13‑139 (MQ=255) acgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAACCGTCCGCGATGATTTCAAACGAAGGCATTCTGTCTGCGTGTTCTAAGGTTTCTGAGTTACCCATAAt < 7:102314‑M1/132‑1 (MQ=255) cagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTc < 6:276546‑M1/135‑1 (MQ=255) cagtAAAAAGCAATGTATGGGTATCCCCGCTACATTGCTATTTTTATAGATGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGGTCAAAGGTTTCTTAGTTAACCATAATTTc < 6:6803‑M1/135‑1 (MQ=255) gtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGt > 1:29821‑M1/3‑139 (MQ=255) tAATAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGATACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCATACGTCAGCGATGATTTCAAACTAACTCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGTc > 5:6803‑M1/2‑139 (MQ=255) tAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGTc > 5:276546‑M1/2‑139 (MQ=255) | CCGAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGTC > BS168_reference_genome/3486624‑3486896 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |