| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 96,240 | G→A | 10.7% | intergenic (+19/‑152) | trnJ‑Ala → / → rrnW‑16S | tRNA‑Ala/ribosomal RNA‑16S |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 96,240 | 0 | G | A | 10.7% | 224.9 / 13.3 | 75 | intergenic (+19/‑152) | trnJ‑Ala/rrnW‑16S | tRNA‑Ala/ribosomal RNA‑16S |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/37); new base A (4/4); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
TGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCG > BS168_reference_genome/96102‑96368 | tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGTCCATTTTTTTATGGGGCCTTTGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGCTCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTATAAAAgttg > 3:202764/1‑139 (MQ=255)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCAATAGTTTTTAAAAAAgttg > 7:193624/1‑139 (MQ=255)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 5:138900/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 5:284072/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 3:411068/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 5:89583/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 3:240594/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 1:86134/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 7:157364/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 7:186428/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 7:34904/1‑139 (MQ=37)tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTGTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 7:6778/1‑139 (MQ=37) gCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACtt > 8:17849/1‑139 (MQ=255) cAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACttt > 2:103844/1‑139 (MQ=255) aGGTTTGAATCCTGTCTTCCCGACCTTTTTTTTATGGGGACTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGGTAGGCTCCACCATAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGTCTTTg < 4:290471/139‑1 (MQ=14) tCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTgaag > 6:52865/1‑138 (MQ=255) gAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGaagaag < 2:1606/139‑1 (MQ=255) gAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGaagaag < 3:298049/139‑1 (MQ=255) aTCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGt > 8:401115/1‑138 (MQ=255) aTCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg < 8:13322/139‑1 (MQ=255) aTCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg < 2:86134/139‑1 (MQ=255) aTCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg < 3:204741/139‑1 (MQ=255) tCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGa < 6:138900/139‑1 (MQ=255) cTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACg < 4:240594/139‑1 (MQ=255) tGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTg < 4:350125/127‑1 (MQ=255) tGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTg > 3:350125/1‑127 (MQ=255) tGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg > 4:120644/1‑135 (MQ=255) tGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg < 3:120644/135‑1 (MQ=255) tCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGtt < 1:47460/138‑1 (MQ=255) ttCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 4:349682/139‑1 (MQ=255) cccGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 3:222251/137‑1 (MQ=255) cccGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 1:41107/137‑1 (MQ=255) cccGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 5:276202/137‑1 (MQ=255) cccGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 7:401115/137‑1 (MQ=255) ccGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTTGGAGAGCGCCTTCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCTGTTCGATCCCGCTAGGCTCAACCAAAATTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTGGtat < 1:188064/137‑1 (MQ=14) tttttATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAg < 8:157364/138‑1 (MQ=39) gCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACTTTGaagaag > 2:395386/1‑107 (MQ=14) gCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACTTTGaagaag < 1:395386/107‑1 (MQ=14) aGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacat < 4:411068/139‑2 (MQ=39) aGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGaca > 6:239331/1‑138 (MQ=39) gCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacaaa > 5:11423/1‑139 (MQ=39) cTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGa < 4:414198/98‑1 (MQ=39) cTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGa > 3:414198/1‑98 (MQ=39) cTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta > 8:305806/1‑105 (MQ=255) cTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 7:305806/105‑1 (MQ=255) gcgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg > 6:210732/1‑89 (MQ=40) gcgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg < 5:210732/89‑1 (MQ=40) gcgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAACCAAAATGAt > 8:158907/1‑139 (MQ=255) gcgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGa > 8:86449/1‑138 (MQ=39) gcgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGa < 7:86449/138‑1 (MQ=39) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATc > 8:261973/1‑139 (MQ=39) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATc > 2:333786/1‑139 (MQ=39) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACttt < 4:369572/79‑1 (MQ=17) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACttt > 3:375537/1‑79 (MQ=17) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACttt < 4:375537/79‑1 (MQ=17) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACttt > 3:369572/1‑79 (MQ=17) ccTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAACCAAAATGATCtt > 2:164067/1‑139 (MQ=255) gCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacaa < 1:70081/123‑1 (MQ=40) gCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacaa > 2:70081/1‑123 (MQ=40) cGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTaaa < 1:103844/139‑1 (MQ=39) 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4:110357/1‑139 (MQ=39) gCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg < 5:52865/139‑1 (MQ=39) cGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAACACg > 5:64694/1‑138 (MQ=255) cGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 7:130750/1‑138 (MQ=39) ggTTCGATCCCTCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTa < 2:121090/139‑1 (MQ=255) cTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAAc < 6:110513/114‑1 (MQ=40) cTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAAc > 5:110513/1‑114 (MQ=40) cTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGtttt > 2:243982/1‑139 (MQ=39) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacaa > 2:51316/1‑81 (MQ=255) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacaa < 1:51316/81‑1 (MQ=255) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTa > 4:399227/1‑138 (MQ=39) gTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGca < 5:254675/139‑1 (MQ=35) gTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGca < 7:223214/139‑1 (MQ=35) gTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGca < 6:89583/139‑1 (MQ=35) tttAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGcaca < 6:327998/138‑1 (MQ=34) tttAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAg > 7:396377/1‑139 (MQ=34) ttAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGc > 2:140011/1‑139 (MQ=34) ttAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGc > 8:4450/1‑139 (MQ=34) atataaGTTGTTGTCTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCg < 6:11423/134‑1 (MQ=19) aaaaaaGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCg < 2:250179/138‑1 (MQ=34) aaaaaaGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCg < 7:17575/138‑1 (MQ=34) | TGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCG > BS168_reference_genome/96102‑96368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |