| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 2,143,167 | C→T | 10.4% | C170Y (TGT→TAT) | yodR ← | putative acyloate‑acetoacetate CoA‑transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 2,143,167 | 0 | C | T | 10.4% | 111.4 / 2.5 | 38 | C170Y (TGT→TAT) | yodR | putative acyloate‑acetoacetate CoA‑transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/19); new base T (2/2); total (17/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGGCATATCTATTTTGATTTCAGCTTCTGTCAGCCTCGTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCTTTTTGGGCAAGCTCCATCGCCCCGCCCATACCAGGCACCT > BS168_reference_genome/2143030‑2143302 | aaGGCATATCTATTTTGATTTCAGCTTCTGTCAGCCTCGTCACCTAATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATTGCTATCGACCTCAATAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTAcaca < 7:258314/139‑1 (MQ=255) cTAATTTGATGTCAGCTTCTGGCAGCCTCGGCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTgcag < 1:176673/138‑1 (MQ=255) ttttGATTTCAGCTTCTGTCAGCCTCGTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTgcag < 2:105646/135‑1 (MQ=255) ttttGATTTCAGCTTCTGTCAGCCTCGTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTgcag < 3:52921/135‑1 (MQ=255) tttCAGCTTCTGGCAGCCTCGTCACCTCAGCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTAGCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATgg < 4:211331/139‑1 (MQ=255) ccTCGTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCt > 8:333842/1‑139 (MQ=255) cGTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTgcag < 7:361509/110‑1 (MQ=255) cGTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTgcag > 8:361509/1‑110 (MQ=255) gTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGtt > 3:69750/1‑138 (MQ=255) gATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCtt < 4:296217/139‑1 (MQ=255) gTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTgcag < 6:189781/94‑1 (MQ=255) gTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTgcag > 5:189781/1‑94 (MQ=255) tCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCtt < 4:69750/139‑1 (MQ=255) aGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCtttt > 4:241246/1‑138 (MQ=255) aGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTg < 6:179041/139‑1 (MQ=255) ccATTCATCATCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGTACCTCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGAt < 2:3569/139‑1 (MQ=255) ccATTCATCAGCTCTTTTAAACTGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGAt < 8:402798/139‑1 (MQ=255) ccATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGAt < 3:241246/139‑1 (MQ=255) ccATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGAt < 7:333842/139‑1 (MQ=255) catcaGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACGCAGCATGCAGCAGTTAATGGGAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTa > 7:357629/1‑139 (MQ=255) catcaGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCTTACATCGTTCTGTTAATTTAGGCGTTCCCTTTTGAGCTGTa > 7:37208/1‑139 (MQ=255) ctctTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCa > 2:96131/1‑89 (MQ=255) 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gACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCttt < 8:284370/138‑1 (MQ=255) cTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCTTTTTgg > 2:225884/1‑139 (MQ=255) cGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGAt < 7:62743/89‑1 (MQ=255) cGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGAt > 8:62743/1‑89 (MQ=255) cTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCTTTTTGGGCAAGCTCCAt > 6:187955/1‑139 (MQ=255) cTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCTTTTTGGGCAAGCTCCAt > 2:341823/1‑139 (MQ=255) tCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCTTTTTGGGCAAGCTCCATcgcc < 8:352803/138‑1 (MQ=255) aTCTACATAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTa < 6:315298/73‑1 (MQ=255) aTCTACATAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTa < 6:309724/73‑1 (MQ=255) aTCTACATAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTa > 5:315298/1‑73 (MQ=255) aTCTACATAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTa > 5:309724/1‑73 (MQ=255) acacAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGAACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCTTTTTGGGCAAGCTCCATCGCCCCGCCCATACCAGGCACCt > 8:221793/1‑139 (MQ=255) cacaGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCtt < 2:276282/58‑1 (MQ=255) cacaGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCtt > 1:276282/1‑58 (MQ=255) | AAGGCATATCTATTTTGATTTCAGCTTCTGTCAGCCTCGTCACCTCATCGATTGTCGAGCCATTCATCAGCTCTTTTAAAATGAAGTGATGGCTATCGACCTCAAGAACCGCTTTTTCGGTAATAATCAAATCTACACAGCCTGCAGCAGTTAATGGCAGCGTACATCTTTCTGTTAATTTAGGCCTTCCCTTTTGATCTGTATGACTCATGACGACAACCACTTTTTTCGCTTTTTGGGCAAGCTCCATCGCCCCGCCCATACCAGGCACCT > BS168_reference_genome/2143030‑2143302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |