| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 2,518,776 | G→A | 5.7% | S17S (AGC→AGT) | spo0A ← | response regulator, phosphorylated in response to complex YlbF/YmcA/YaaT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 2,518,776 | 0 | G | A | 5.7% | 224.4 / 2.0 | 70 | S17S (AGC→AGT) | spo0A | response regulator, phosphorylated in response to complex YlbF/YmcA/YaaT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/32); new base A (2/2); total (36/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GATGCGGCATAATAATATCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAACCGCTATATACCCTCTAA > BS168_reference_genome/2518643‑2518908 | gATGCGGCATAATAATATCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTAc < 6:301801/139‑1 (MQ=255) cGGCATAATAATATCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTACTGTCCGTCTATATATTGACTTAACAGGCTTACCAGc > 6:88963/1‑139 (MQ=255) ggCATAATAATATCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGct > 3:294728/1‑139 (MQ=255) ggCATAATAATATCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGct < 3:16548/139‑1 (MQ=255) tCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTatcat > 6:135437/1‑139 (MQ=255) tCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTatca > 8:6860/1‑138 (MQ=255) tACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGc > 6:361372/1‑138 (MQ=255) tACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTACTATATATTCACTTAACAGTATTACCTGCTCTCGATTATCATCAGc > 6:244492/1‑138 (MQ=255) aGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAaca > 5:210255/1‑138 (MQ=255) gCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAacac > 6:65649/1‑138 (MQ=255) ctcaTCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAAcaca < 5:409518/136‑1 (MQ=255) aTCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACt > 6:146284/1‑139 (MQ=255) cGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACtt > 6:52888/1‑138 (MQ=255) cGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTAAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTtcct > 6:131810/1‑139 (MQ=255) gACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTtcctc < 3:4070/139‑1 (MQ=255) ttCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATg < 5:361372/139‑1 (MQ=255) tCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATg > 4:238253/1‑138 (MQ=255) tCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGt > 8:354929/1‑139 (MQ=255) cTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTa < 2:294097/138‑1 (MQ=255) tCCGTTATAAGCAACGCCGATCGCTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATTTATTCAGTTAACAGGCTGACCAGCTCTCGATTATCATCGGCACCACACGCTTTTAGGTTCTCCGCGTTGCTGCCTGCCCTATTGTAGtgt > 6:326007/1‑137 (MQ=255) cGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTaa > 1:339935/1‑138 (MQ=255) cGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGGTaa < 1:13136/138‑1 (MQ=255) gTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACa < 6:101212/139‑1 (MQ=255) tataAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGACTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAg > 1:190644/1‑138 (MQ=255) tataAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGACTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCAACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAg > 1:195985/1‑138 (MQ=255) aGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGAtt < 3:187795/138‑1 (MQ=255) aGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTc < 3:238253/139‑1 (MQ=255) aaCGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCAcc < 4:294728/139‑1 (MQ=255) aaCGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCAcc < 5:278822/139‑1 (MQ=255) cGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCt > 1:353269/1‑139 (MQ=255) cGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGc < 5:244492/139‑1 (MQ=255) gATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGACTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCt < 2:190644/139‑1 (MQ=255) gATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGACTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCt < 2:195985/139‑1 (MQ=255) aTCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTa > 1:66702/1‑139 (MQ=255) tCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTAc < 6:210255/139‑1 (MQ=255) ccATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGt < 5:65649/137‑1 (MQ=255) tCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAAt < 8:6151/98‑1 (MQ=255) tCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGAAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAAt > 7:6151/1‑98 (MQ=255) cTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGAc > 7:410137/1‑138 (MQ=255) gTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaa > 5:112710/1‑138 (MQ=255) tCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTCTCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGGTTCTTCCTCCCCAAATGTAGATAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa < 3:163016/139‑1 (MQ=255) tCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa < 5:52888/139‑1 (MQ=255) tCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa < 5:94314/139‑1 (MQ=255) tCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa < 6:112710/139‑1 (MQ=255) tCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaa < 8:410137/138‑1 (MQ=255) cTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAAcc > 5:69256/1‑139 (MQ=255) cTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAAc < 3:322831/138‑1 (MQ=255) cTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAAc < 5:135437/138‑1 (MQ=255) cTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAACCg < 6:69256/137‑1 (MQ=255) ttCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTaa < 1:42230/89‑1 (MQ=255) ttCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCACCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTaa > 2:42230/1‑89 (MQ=255) taacatAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATAAGCAACACAAAAATTAATTTTGTACACGTTTATTCCTCCAAAAATGTAGTTAAAAGTATTCACACTTGATAAATGTTTACATTCTACAAAACCAATATATAcg > 2:346263/6‑137 (MQ=255) tCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAAcaca < 7:348083/44‑1 (MQ=255) tCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAAcaca > 8:348083/1‑44 (MQ=255) tCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCGTCCCCAAATGTAGTAAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAACCGCTATATAcc > 2:202463/1‑138 (MQ=255) cACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAACCGCTATATAccc < 7:354929/138‑1 (MQ=255) aCTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTa < 1:366811/104‑1 (MQ=255) aCTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaa < 3:223584/122‑1 (MQ=255) aCTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaa > 4:223584/1‑122 (MQ=255) aCTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCACAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTa > 2:366811/1‑104 (MQ=255) aCTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAAAACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAACACCGCTATATACCctc > 4:291209/1‑139 (MQ=255) catAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGAAAAAACCGCTATATACCctc > 2:334329/3‑138 (MQ=255) cTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCAcc < 2:337643/96‑1 (MQ=255) cTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCAcc > 1:337643/1‑96 (MQ=255) tAACAGGCTTCCAAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACATACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTAAACAGGATTCAACCTTGCTACATGTTTACATTCGACAACACCGCTATATACCctcaa > 6:393043/1‑136 (MQ=255) tAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa < 6:411247/121‑1 (MQ=255) tAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa < 6:110220/121‑1 (MQ=255) tAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa > 5:411247/1‑121 (MQ=255) tAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACaaaa > 5:110220/1‑121 (MQ=255) aCAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCCCGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTAACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAACCGCTATATACCCTCTaa > 4:130475/1‑137 (MQ=255) | GATGCGGCATAATAATATCTAATACGAGCACATCGGGATCTTTTTCTTTAAACAGCGACAGGCATTCCTGTCCGTTATAAGCAACGCCGATCACTTCCATGTCTTCCTGTCCTTCTATATATTCACTTAACAGGCTTACCAGCTCTCGATTATCATCAGCAACACAAACTTTAATTTTCTCCACGTTTCTTCCTCCCCAAATGTAGTTAACAGGATTCACCCTTGCTACATGTTTACATTCGACAAAACCGCTATATACCCTCTAA > BS168_reference_genome/2518643‑2518908 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |