| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 3,482,162 | T→G | 5.7% | T182P (ACA→CCA) | gapA ← | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (NAD‑dependent, glycolytic) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 3,482,162 | 0 | T | G | 5.7% | 221.5 / 4.0 | 70 | T182P (ACA→CCA) | gapA | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (NAD‑dependent, glycolytic) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/38); new base G (2/2); total (30/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
CAGTTTGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCATCGTATTTATC > BS168_reference_genome/3482025‑3482297 | cAGTTTGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTtgtg > 8:362738/1‑139 (MQ=255)cAGTTTGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTtgtg > 5:26534/1‑139 (MQ=255) cgTTTGCCTTTTAGTTCAGGAAGATCTTGTGAAACGGCTTTAGCAGCACCAGTTGAGGTTGGGATGATGTTTTCAGCGGGTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTtgtg < 6:26534/137‑1 (MQ=255) tttGCCTTTTTGTGCTCTAACAACTAGAGAAACTGCTTTAGAAGCACCAGTTTATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTa < 5:216560/138‑1 (MQ=255) tGCCTTTTAGTTCAGGAAGCACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTaa > 2:82425/1‑137 (MQ=255) tGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTaa > 5:294485/1‑137 (MQ=255) tGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTaa > 6:262324/1‑137 (MQ=255) tGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGGGTaa > 2:169247/1‑137 (MQ=255) tGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGGGTaa > 2:174847/1‑137 (MQ=255) gCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAaga < 7:267251/138‑1 (MQ=255) cTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGt > 5:112891/1‑138 (MQ=255) tttgTTCTGGATGAACTAGAGAAACTGCTTTCGCTGCACAAGGTGTTGTTGGTTTGTTTTTTTCCGGTGCTGAACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGaa < 5:26113/135‑1 (MQ=255) ttAGTTCATGAATAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTTATGTTGGTATGATGTTTTCAGCTGGTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGaa < 5:444/138‑1 (MQ=255) ttCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGt < 5:103438/138‑1 (MQ=255) ttCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGt < 3:367377/138‑1 (MQ=255) cAGGAATAAATATATAAACTGCTTAAGCAGCACCTGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTg < 4:298414/138‑1 (MQ=255) 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cTTTCGCAGCACCAGTTGATGTTGGTATGATGTTTTCAGCGGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGcc < 5:257857/139‑1 (MQ=255) cTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGcc < 3:99113/139‑1 (MQ=255) gcagcaCCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAAt < 5:377400/138‑1 (MQ=255) agcaCCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTa < 1:271744/139‑1 (MQ=255) gcaCCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCAAGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTa > 2:239361/1‑138 (MQ=255) aCCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAAt > 2:2335/1‑133 (MQ=255) 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aGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTa < 1:139226/139‑1 (MQ=255) ggATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTg > 7:364172/1‑138 (MQ=255) tgatgTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCaaa < 5:262324/139‑1 (MQ=255) tgatgTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCaaa < 7:101028/139‑1 (MQ=255) tatgTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCaaa < 8:193364/137‑1 (MQ=255) gatgTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCaaa < 4:105408/138‑1 (MQ=255) atgTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACg > 8:106804/1‑139 (MQ=255) aGCTGCTGCAGGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAg < 2:33845/138‑1 (MQ=255) atgctgcAGGCGCACGACGGGAGTCTTTGTGAGGAAGATAAATGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCTCGTTTGATGACGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCATACGGCGCAAg < 8:157924/135‑1 (MQ=255) gcggcACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGt < 1:273138/136‑1 (MQ=255) ctgcACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGt < 5:121625/73‑1 (MQ=255) ctgcACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGt > 6:121625/1‑73 (MQ=255) ctgcACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGtt > 8:78065/1‑139 (MQ=255) gcACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTttg < 5:2198/139‑1 (MQ=255) cACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGTACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCa < 7:186401/139‑1 (MQ=255) cgacgGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAg < 8:364172/139‑1 (MQ=255) gTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCg < 2:32099/139‑1 (MQ=255) gTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCg > 6:402009/1‑139 (MQ=255) gTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGtt < 6:112891/138‑1 (MQ=255) tttGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTa > 3:255616/1‑92 (MQ=255) tttGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTa < 4:255616/92‑1 (MQ=255) tgtgCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTa > 4:7514/1‑90 (MQ=255) tgtgCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTa < 3:7514/90‑1 (MQ=255) tgtgCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAgaga < 8:117417/138‑1 (MQ=255) gCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATaa > 3:287615/1‑138 (MQ=255) gCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATaa > 4:4019/1‑138 (MQ=255) gCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAAAAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATaa > 5:306802/1‑138 (MQ=255) gAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGgcgc < 5:127067/100‑1 (MQ=255) gAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGgcgc > 6:127067/1‑100 (MQ=255) tGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAg < 8:336253/68‑1 (MQ=255) tGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAg > 7:336253/1‑68 (MQ=255) tGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCa < 5:331850/138‑1 (MQ=255) tGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCa < 7:133482/138‑1 (MQ=255) tGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCAt > 2:51393/1‑139 (MQ=255) tGCTGATCGTTTGTGTAAGAGAGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCa < 5:355300/138‑1 (MQ=255) gCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCa > 8:163210/1‑137 (MQ=255) gCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCa < 7:163210/137‑1 (MQ=255) gCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCAt < 3:4019/138‑1 (MQ=255) gCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCATc > 7:126460/1‑139 (MQ=255) tgtgTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCATCGTATTTATc < 4:242807/138‑1 (MQ=255) tgtAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGc > 7:293625/1‑39 (MQ=255) tgtAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGc < 8:293625/39‑1 (MQ=255) | CAGTTTGCCTTTTAGTTCAGGAAGAACTAGAGAAACTGCTTTAGCAGCACCAGTTGATGTTGGGATGATGTTTTCAGCTGCTGCACGCGCACGACGGTAGTCTTTGTGCGGAAGATCAAGGATTTGCTGATCGTTTGTGTAAGAGTGAACAGTTGTCATCATACCGCGTTTGATGCCGAATTTATCGTTAAGTACTTTTGCAAACGGCGCAAGGCAGTTTGTTGTGCAAGATGCGTTAGAGATAACATCGTGGTTAGCCGCATCGTATTTATC > BS168_reference_genome/3482025‑3482297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |