| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 3,542,242 | C→A | 6.4% | L150L (CTG→CTT) | yvdQ ← | conserved protein of unknown function |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 3,542,242 | 0 | C | A | 6.4% | 200.8 / 2.9 | 62 | L150L (CTG→CTT) | yvdQ | conserved protein of unknown function |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/21); new base A (2/2); total (39/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
GCCGGCGTCATCGGCCTGCGTCTTACGTCATCTTCATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCATGTCACAAGACCTGCAGCATTTTCTGCTGCCGCG > BS168_reference_genome/3542105‑3542377 | gCCGGCGTCATCGGCCTGCGTCTTACGTCATCTTCAAAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTAGCCATATAGCTTCGTGATGTATTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATTAGCCACCCTTTGTTTTTTagcc > 4:381826/1‑138 (MQ=255) tCATCGTCCTGCGTCTTACGTAATGTTCATAAAATCAAGTCATATACAGATGTATATGCCTTTGCCATTAAGATTCGTGATTTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGAGGGATGAGCCATCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTaa < 2:30655/139‑1 (MQ=255) cGTCTTACGTCATCTTCATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTgcgc > 1:213054/1‑139 (MQ=255) aCGTCATCTTCATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTg > 7:115249/1‑139 (MQ=255) aTCTTCATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCt > 3:364825/1‑139 (MQ=255) tCTTCATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCtt > 4:263555/1‑139 (MQ=255) cTTCATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCttt > 5:240665/1‑139 (MQ=255) cATATAATCAAGGCATAAACTGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTGGTGTTGTTTTTTATGTTGACGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCg < 3:274463/138‑1 (MQ=255) cATAAAATCAAGGCATATAGAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGGTGCCGCTTTCg < 5:207364/138‑1 (MQ=255) cATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGa > 5:91172/1‑139 (MQ=255) aaGGCTAATACAGCTGTATATGCCTTTGCCTTTACGCTTCGTGATGTTTTTGACGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGaaa < 8:371468/139‑1 (MQ=255) tataCAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGcc > 4:313481/1‑138 (MQ=255) taCAGCTGTTTATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGTAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTTTTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCa < 3:381826/138‑1 (MQ=255) cTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCGGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAAcat > 3:302257/1‑138 (MQ=255) cTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAAcatc < 4:294636/139‑1 (MQ=255) cTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAAcat > 2:308832/1‑138 (MQ=255) cTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAAcat > 8:143008/1‑138 (MQ=255) cTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAAcat > 7:65557/1‑138 (MQ=255) tGTTTATGCCTTTGACATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGAGGAAGCGGCGGCGGGAGGAGCCAGCCTTTGTGTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAAcatca < 4:380730/139‑1 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTaa > 2:405872/1‑87 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTaa < 1:405872/87‑1 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTTCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACatgatg > 1:233829/1‑139 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATg > 1:165470/1‑139 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATg > 1:23488/1‑139 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATg > 1:102550/1‑139 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATg > 3:206538/1‑139 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATg > 1:68495/1‑139 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGAAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCg < 8:59098/113‑1 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGAAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCg < 8:65467/113‑1 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGAAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCg > 7:59098/1‑113 (MQ=255) tataTGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGAAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCg > 7:65467/1‑113 (MQ=255) tatGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGGTGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATgg > 4:320291/1‑138 (MQ=255) tatGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATgg > 5:391793/1‑138 (MQ=255) tatGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATgg > 7:143881/1‑138 (MQ=255) tatGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTATGAAGCAGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTATTTAGCATCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATAGCCCAAACATCATgg < 7:321778/138‑1 (MQ=255) gCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGCCATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCaa > 7:81770/1‑138 (MQ=255) ttGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTc > 7:67193/1‑103 (MQ=255) ttGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTc < 8:67193/103‑1 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCa < 5:315311/120‑1 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCa > 6:315311/1‑120 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATTGCAATATCCt > 5:85188/1‑139 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCt > 8:90281/1‑139 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCt > 8:390044/1‑139 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCt > 5:30882/1‑139 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCt > 5:166265/1‑139 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCt > 5:165962/1‑139 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCt > 1:5419/1‑139 (MQ=255) tGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCt > 3:312003/1‑139 (MQ=255) tGCCAATAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCt < 4:333906/99‑1 (MQ=255) tGCCAATAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCt > 3:333906/1‑99 (MQ=255) tAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGa > 4:20584/1‑138 (MQ=255) cGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTg > 7:263988/1‑139 (MQ=255) gTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCTGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCca < 6:391793/138‑1 (MQ=255) gTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCca < 2:165470/138‑1 (MQ=255) tttGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCcatca < 6:91172/138‑1 (MQ=255) aaGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCa < 3:20584/138‑1 (MQ=255) aaGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCAt < 7:390044/139‑1 (MQ=255) gcggcggGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCATGTcac < 8:115249/139‑1 (MQ=255) gcggGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCATGTCACAAg < 1:308832/139‑1 (MQ=255) gcggGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCATGTCACAAg < 7:143008/139‑1 (MQ=255) agccagccTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCa < 3:320853/72‑1 (MQ=255) agccagccTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCa > 4:320853/1‑72 (MQ=255) tAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCATGTCACAAGACCTGCAGCATTTTCTGCTGCcgcg > 8:251442/1‑139 (MQ=255) | GCCGGCGTCATCGGCCTGCGTCTTACGTCATCTTCATAAAATCAAGGCATATACAGCTGTATATGCCTTTGCCATTAAGCTTCGTGATGTTTTTGAAGATGAAGCGGCGGCGGGATGAGCCAGCCTTTGTTTTTTAGCAGCCTTAAGTATTTTGCGCCGGTTGCCGCTTTCGACATATGAAATTGCCCAAACATCATGGCAATATCCTCACGAATCGATTGCCCCATCATTTTGCTGCATGTCACAAGACCTGCAGCATTTTCTGCTGCCGCG > BS168_reference_genome/3542105‑3542377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |