| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 2,778,062 | C→T | D120N (GAT→AAT) | yrhH ← | putative methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 2,778,062 | 0 | C | T | 96.7% | 180.6 / ‑1.6 | 60 | D120N (GAT→AAT) | yrhH | putative methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (26/32); total (27/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
ATCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATCGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACGTGATATCT > BS168_reference_genome/2777928‑2778190 | aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCTCCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCTATTTGAAGCTCCCTGTTAATTTGTCTTTATGGAAGCCTAATATTGGTg > 7:353094/1‑139 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGGAAGCATAATATTGGTg > 7:357792/1‑139 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 1:101643/139‑1 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 3:266216/139‑1 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 4:339398/139‑1 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 5:25522/139‑1 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 1:299599/139‑1 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 1:208824/139‑1 (MQ=255)aTCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 8:262485/139‑1 (MQ=255) ccTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTTAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATCGGTGCAg > 1:298911/1‑139 (MQ=255) aaaTGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCttt < 8:260546/139‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTATATTTATCTTAATGAAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGaaac > 8:113104/1‑137 (MQ=255) tCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAACCCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGt < 1:165530/137‑1 (MQ=255) ttGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTaaagaa > 2:197102/1‑136 (MQ=255) gAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTTAAGAAAAGAc > 6:349931/1‑139 (MQ=255) aaTATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGAc < 5:296253/138‑1 (MQ=255) tataCGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACtt > 7:209842/1‑138 (MQ=255) tgTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGAAATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACACTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCATCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTttatt < 8:45342/137‑1 (MQ=255) ttCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg < 1:10557/99‑1 (MQ=255) ttCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTg > 2:10557/1‑99 (MQ=255) ttCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAAACGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAgg > 5:98584/1‑139 (MQ=255) tctcTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAgg > 5:357249/1‑138 (MQ=255) 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tCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGGAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCct < 7:78581/139‑1 (MQ=255) aaTACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCctct > 1:267629/1‑139 (MQ=255) tACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTAATATTAATTCAAGCCGAATATTTTTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTTAAGTTACGGTCATCAAAGTGAATGTCctctt > 8:179484/1‑137 (MQ=255) cTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATCGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGa < 2:298911/138‑1 (MQ=255) atatAAAACCGGCCGTGAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTGTTAATGCAAGCCTAATATTTGTGCGGCTTTGAACCGTAAGTAAAGAAAAGACTTTATTTAAGGTACGGTCATCAAATGGAATGTCCTCTGGATTGc > 4:58581/1‑139 (MQ=255) atatAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGc > 2:320867/1‑139 (MQ=255) ggCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTTAATTTATCTTAATTCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACATTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAAATTCCTCTGGATAGCCATGAAAAAc > 1:81200/1‑139 (MQ=255) ggCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAATACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAAc > 3:308512/1‑139 (MQ=255) gCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAAcc > 3:355237/1‑139 (MQ=255) gCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAAc > 3:148195/1‑138 (MQ=255) gCCGTCAATTTGAAGCACCCGGTAAATTTGTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGGAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTGATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAAcc > 8:144230/1‑139 (MQ=255) atatGAAGCACCCTGGAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATCTTGGTGCAGCTTCGACCCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATAAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCAAGAACAACCTCCCCGt < 4:366033/136‑1 (MQ=255) aTTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGt < 1:111899/139‑1 (MQ=255) taaGCACCCTGTAAATATCTCTTAATGCCAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACAGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTcc < 8:357792/137‑1 (MQ=255) gAAGCACCCTGAAAATTTCTCTTAAAGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCGTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAACGTACGGGCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTcc < 8:353094/138‑1 (MQ=255) ccTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTc > 5:8721/1‑139 (MQ=255) tGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCtt > 4:339160/1‑139 (MQ=255) ctctTTATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAATGGTACGGTCATCATATGGAATGTCATCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCg < 5:53984/138‑1 (MQ=255) ctctTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCg < 6:357249/138‑1 (MQ=255) ctctTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCg < 6:8721/138‑1 (MQ=255) tctTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCa > 5:127592/1‑139 (MQ=255) tctTAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCa > 3:288240/1‑139 (MQ=255) ttAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGAtt > 1:165665/1‑133 (MQ=255) ttAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGAtt < 2:165665/133‑1 (MQ=255) ttAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACg > 3:20301/1‑139 (MQ=255) ttAATGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACg > 1:111658/1‑139 (MQ=255) tAATTCAATCCTAATATTTGTGCATCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTAAGGTCATCAAATGGAATGTCCTCTGGATAGCAATGAAAACCCTACCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTAGCaat < 7:368223/138‑3 (MQ=255) aaTGCAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACg < 3:339160/137‑1 (MQ=255) cAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGTAGCGTATGTAAAGTAAAGACTTTATTTAAGGTACGGTCATCTAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACGTGatat < 5:48024/139‑1 (MQ=255) cAAGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACGTGatat < 7:179484/139‑1 (MQ=255) aaGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAAACGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACGTGatat < 7:113104/138‑1 (MQ=255) aGCCTAATATTGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACGTGATATCt > 2:226810/1‑139 (MQ=255) | ATCCCTGAAATGCTGGTCTTTCAGCAGTTGAATATACGTTTTCTCTTTTTCACCGGTATTTGTGTCAATACTGATATAAAACCGGCCGTCAATTTGAAGCACCCTGTAAATTTCTCTTAATGCAAGCCTAATATCGGTGCAGCTTTGAACCGTATGTAAAGAAAAGACTTTATTAAAGGTACGGTCATCAAAGGGAATGTCCTCTGGATAGCCATGAAAAACCTCCCCGTTCCCCATGTTCTTTCGATTCGCACGTGATATCT > BS168_reference_genome/2777928‑2778190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |