New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | BS168_reference_genome | = 2653333 | 46 (0.960) | 3 (0.070) | 3/222 | NT | 9.7% | pseudogene (341/471 nt) | sigKn | RNA polymerase sporulation‑specific sigma‑K factor precursor (Sigma‑27) (N‑terminal half) |
? | BS168_reference_genome | 2701367 = | 12 (0.260) | pseudogene (30/417 nt) | sigKc | RNA polymerase sporulation‑specific sigma‑K factor precursor (Sigma‑27) (C‑terminal fragment) |
AAAGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTC > BS168_reference_genome/2653196‑2653454 | aaaGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATgag < 1:189111/139‑1 (MQ=255) cgtaaaTACAGGTGATGATGCAGAGGACTTAATCTACATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGTAAGCTATTCCGCTGGAATAGGGACAAAGCTTGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGt < 7:2565/135‑1 (MQ=255) cGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGt > 6:217533/1‑138 (MQ=255) gTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgg > 2:7243/1‑139 (MQ=255) aGGATGCCGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAggggg < 5:180033/139‑1 (MQ=255) agagGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCGGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATa < 8:126488/139‑1 (MQ=255) ggACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATacac < 1:87164/139‑1 (MQ=255) gACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAcc > 3:215471/1‑139 (MQ=255) acatAATCCCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACACAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGAATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 5:101158/136‑1 (MQ=255) aCTTAATGTCCTTCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACATAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 8:66349/139‑1 (MQ=255) aCTTAATCTCCATCGTAACGAGCGGGCTTATTAAAGGAAGTGAAAGCTAATCCGCTGGAAAAGGGACACCGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATacacgc < 6:211381/139‑3 (MQ=255) aCTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 6:212446/139‑1 (MQ=255) aCTTAATCTCCATCGGAACGAGCGGGCGTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 7:27919/139‑1 (MQ=255) ttAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCct > 2:300485/1‑139 (MQ=255) aaTCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCctct > 1:241948/1‑139 (MQ=255) cATCGGAACGATCGTGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTa < 6:288635/107‑1 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaatcctcatgcatttgcgcgcattgaaaaaaacaaaaaaagac > 3:5624‑M1/1‑96 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTaa < 6:145832/104‑1 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTaa > 5:145832/1‑104 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTa > 5:288635/1‑107 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 8:108416/129‑1 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc > 7:108416/1‑129 (MQ=255) tCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAggggg > 4:127353/1‑115 (MQ=255) tCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAggggg < 3:127353/115‑1 (MQ=255) gAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGttt < 8:253516/139‑1 (MQ=255) gAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGttt < 7:224322/139‑1 (MQ=255) aaCGATCGGGCTTTTTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTc < 4:215471/139‑1 (MQ=255) aaCGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTTTGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaatcctcatgcatttgcgcgcatggaaaaaaacaaaaaaagacgtctcc > 2:93668‑M1/1‑90 (MQ=255) aaCGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTc < 2:37591/139‑1 (MQ=255) aaCGATCGGGCATATTAAAGGAATTGAAAGCTATTACGCTGGAAACGGGACATAGCTGGCGACGTATGCAGCGTGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTc < 4:261313/139‑1 (MQ=255) gggCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAatata < 1:300485/138‑1 (MQ=255) attaAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTAGTGAACATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGgtg > 7:174981/1‑139 (MQ=255) ttGAAAGCTATTCCGCTGGATAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCca > 1:307287/1‑139 (MQ=255) ttGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTATATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAatata < 3:71142/122‑1 (MQ=255) ttGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTATATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAatata > 4:71142/1‑122 (MQ=255) aaaGCTATTCCGCAGGAAACGGGACAAACCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCcaca < 1:74675/138‑1 (MQ=255) ttCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAAc > 6:257777/1‑139 (MQ=255) gAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaaacctcatgcatttgcgcgcattgaaaaaaacaaaaaaagacgtctcccttcacgatccgatcgggcaggataaggaagggaatgaaa > 7:272541‑M1/1‑49 (MQ=255) aaaGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTc < 7:84658/96‑1 (MQ=255) aaaGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTc > 8:84658/1‑96 (MQ=255) gggACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATa < 5:217533/139‑1 (MQ=255) aCAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAggggg < 8:194955/62‑1 (MQ=255) aCAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAggggg > 7:194955/1‑62 (MQ=255) aaaGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGt > 8:56854/1‑138 (MQ=255) gCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgg > 4:102041/1‑50 (MQ=255) gCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgg < 3:102041/50‑1 (MQ=255) gCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAAtt > 7:226699/1‑139 (MQ=255) gCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAAGGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAAtt > 1:102958/1‑139 (MQ=255) aCGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGtt > 8:204519/1‑139 (MQ=255) gAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTc < 8:226699/139‑1 (MQ=255) | AAAGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTC > BS168_reference_genome/2653196‑2653454 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |