| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 608,164 | C→A | 29.5% | intergenic (‑89/+82) | ydgF ← / ← dinB | putative amino acid permease/nuclease inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 608,164 | 0 | C | A | 29.5% | 46.9 / 7.3 | 29 | intergenic (‑89/+82) | ydgF/dinB | putative amino acid permease/nuclease inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/3); new base A (2/7); total (19/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTGCAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAAGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTC‑CC‑G‑AAAA‑A‑GCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑T‑TTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATCTGTCG > BS168_reference_genome/608027‑608295 | tctGCAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTAATTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTAc > 7:162578/1‑138 (MQ=255) cGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCCATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTTAAAAAg > 4:79695/1‑139 (MQ=255) tttGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTTTGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTTATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAAGGa > 3:183372/1‑139 (MQ=255) tttGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAAGGa > 2:245935/1‑139 (MQ=255) 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BS168_reference_genome/608027‑608295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |