Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 77,835 | A→G | 6.7% | L284L (CTA→CTG) | ftsH → | ATP‑dependent cytoplasmic membrane protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 77,835 | 0 | A | G | 6.7% | 183.2 / 3.9 | 62 | L284L (CTA→CTG) | ftsH | ATP‑dependent cytoplasmic membrane protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/29); new base G (2/2); total (31/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 |
GTGCGTGACTTGTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCAAATCACAGTGGA > BS168_reference_genome/77707‑77969 | gtgCGTGACTTGTTTGAAAATGCGAAAGAGAATGCGCGTTGTTTGATCTTCAGTGATGAAATTGACGCCGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGCCGCGTTGAACGTGCACAGCCGCTAATCCactggc > 2:196762/1‑134 (MQ=255) cGTGACTTGTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCttg > 7:128992/1‑139 (MQ=255) cTTGTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGa > 4:298665/1‑138 (MQ=255) gTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGCACGTGAACAGACGCTTCACCAATTGCTTGGTGAAATg > 6:197751/1‑139 (MQ=255) gTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTGAACCAATTGCTTGTTGAAATg > 1:239166/1‑139 (MQ=255) gTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGaaa < 6:247414/137‑1 (MQ=255) gTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGaaa < 3:104303/137‑1 (MQ=255) gTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATg > 8:156718/1‑139 (MQ=255) gTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATg > 8:264731/1‑139 (MQ=255) tGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGa < 7:241693/138‑1 (MQ=255) 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aTTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAACCCAATTGCTTGTTGAAATGGACGTATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtgctg > 6:38794/1‑139 (MQ=255) aTTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtgctg > 4:179380/1‑139 (MQ=255) aTTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtgctg > 8:196379/1‑139 (MQ=255) aTTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtgctg > 3:83342/1‑139 (MQ=255) aaaTTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGcgacga < 3:145238/138‑1 (MQ=255) aTTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAAcc > 8:200642/1‑139 (MQ=255) aTTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAAcc > 6:102014/1‑139 (MQ=255) aTTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAAcc > 5:97613/1‑139 (MQ=255) gCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCgg < 2:10820/139‑1 (MQ=255) gCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCgg < 6:97613/139‑1 (MQ=255) gCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCgg < 8:54955/139‑1 (MQ=255) gCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCgg < 2:108509/139‑1 (MQ=255) aGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGAc < 4:83342/139‑1 (MQ=255) cAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTGAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATAATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGAcc < 2:239166/139‑1 (MQ=255) cAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGAcc < 7:69361/139‑1 (MQ=255) cAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGAcc < 3:298665/139‑1 (MQ=255) cAGCGTGGCGCTGGGCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGAcc < 4:304449/139‑1 (MQ=255) gCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtg < 5:251804/107‑1 (MQ=255) gCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtg > 6:251804/1‑107 (MQ=255) cTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACt > 8:242589/1‑139 (MQ=255) gTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtg > 1:172749/1‑96 (MQ=255) gTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATtg < 2:172749/96‑1 (MQ=255) ggcggTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCgg > 7:179684/1‑139 (MQ=255) ggcggTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCgg > 7:602/1‑139 (MQ=255) tGGTCACGATGAACGTGAACAGACTCTGAACCAGATGCtgg > 2:194527/1‑39 (MQ=255) tGGTCACGATGAACGTGAACAGACTCTGAACCAGATGCtgg < 1:194527/41‑3 (MQ=255) tGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGt > 3:13843/1‑139 (MQ=255) tGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGt > 2:132992/1‑139 (MQ=255) cacGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATAGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCGTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTg < 6:234192/139‑1 (MQ=255) tGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGt > 6:23354/1‑139 (MQ=255) cGTGAACAGACGCTAATCCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTATTGAAGGTATTATGATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCaaa < 4:118457/139‑1 (MQ=255) cGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGa > 2:269925/1‑92 (MQ=255) cGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGa < 1:269925/92‑1 (MQ=255) aCAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCAAATcaca < 3:235895/139‑1 (MQ=255) aCAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCAAATcaca < 8:179684/139‑1 (MQ=255) cAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAg > 7:291371/1‑52 (MQ=255) cAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAg < 8:291371/52‑1 (MQ=255) aCGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCAAATCACAGTgg > 4:40002/1‑139 (MQ=255) aCGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCAAATCACAGTg > 8:28388/1‑138 (MQ=255) agCTAAACCAATTGCTTGTTGAACTGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGTAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCAAATCACAGTGGa < 1:196762/138‑1 (MQ=255) | GTGCGTGACTTGTTTGAAAATGCGAAAAAGAATGCGCCTTGTTTGATCTTCATTGATGAAATTGACGCAGTCGGACGCCAGCGTGGCGCTGGTCTCGGCGGTGGACACGATGAACGTGAACAGACGCTAAACCAATTGCTTGTTGAAATGGACGGATTCAGCGCTAATGAAGGAATTATCATCATTGCTGCGACGAACCGTGCGGACATCTTGGACCCAGCCTTACTTCGTCCGGGACGTTTTGACCGTCAAATCACAGTGGA > BS168_reference_genome/77707‑77969 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |