Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 1,498,659 | T→C | 7.3% | V72A (GTA→GCA) | mobB → | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 1,498,659 | 0 | T | C | 7.3% | 163.5 / 3.7 | 55 | V72A (GTA→GCA) | mobB | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/24); new base C (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
CATTCTTGAAAAAGCCTCTGAACAGGGAGTCCATTTGGGCTGCCTGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGCCCCTTATCCTAAAGTGGTTAT > BS168_reference_genome/1498522‑1498797 | cATTCTTTAAAAAGCCTATGAACTGGGAGTCCATTTGGGCTGCCTGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTa < 4:119438/139‑1 (MQ=255) aatccTCTGAAGAGGGTGTCCATTTGGGGGGCCTGAAGCACCTTTGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTgg < 8:257140/136‑1 (MQ=255) tGAACAGGGAGTCCATTTGGGCTGCCTGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCTGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTa > 2:3837/1‑139 (MQ=255) ggAGTCCATTTGGGCTGCCTGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGa > 6:283130/1‑139 (MQ=255) ggAGTCCATTTGGGCTGCCTGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGa > 1:40352/1‑139 (MQ=255) ttGGGCTGCCTGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGAAAACGCTCACGGAAGTAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTTCTTATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCccgc < 1:3837/138‑1 (MQ=255) tGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGa > 2:61545/1‑139 (MQ=255) cATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGCCCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGCCTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCAc > 3:100713/1‑139 (MQ=255) cATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCAc > 4:112578/1‑139 (MQ=255) cATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCAc < 5:283130/139‑1 (MQ=255) cATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAAGTGGGATTTGGCAc > 7:141768/1‑139 (MQ=255) cACGGCGGTTAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTATCAGCTGTAGAATGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGa < 2:123509/139‑1 (MQ=255) aCGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTa > 5:21767/1‑80 (MQ=255) aCGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTa < 6:21767/80‑1 (MQ=255) cggcggTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCa > 2:2963/1‑130 (MQ=255) cggcggTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCa < 1:2963/130‑1 (MQ=255) cggcggTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGAtt > 6:226842/1‑139 (MQ=255) gcggTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGAtt > 8:218502/1‑137 (MQ=255) gcggTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGCAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGAtt > 8:164210/1‑137 (MQ=255) gcggTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGCAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGAtt > 8:159827/1‑137 (MQ=255) tGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAAGTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGtga > 8:56380/1‑137 (MQ=255) gcgcACGGAAGGAAACGAAAAGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACATCTGACTGCCCGCAGCAATTGGGATTTGTCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTtctc < 1:168242/136‑1 (MQ=255) gCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTtctc < 6:267539/139‑1 (MQ=255) cGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAAc < 4:312884/139‑1 (MQ=255) aaggaaAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGa < 3:2471/139‑1 (MQ=255) aggaaAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGAc < 5:226842/139‑1 (MQ=255) aggaaAAGACACGGACCG‑TACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACt < 3:113041/139‑1 (MQ=255) aaaaGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGa < 7:218064/51‑1 (MQ=255) aaaaGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGa > 8:218064/1‑51 (MQ=255) aaaaGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGt > 7:55157/1‑139 (MQ=255) aaGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGtct < 3:227328/139‑1 (MQ=255) gACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGtcttc > 4:104057/1‑139 (MQ=255) ttACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAAc > 5:133207/1‑117 (MQ=255) ttACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAAc < 6:133207/117‑1 (MQ=255) ttACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAAc < 4:239947/117‑1 (MQ=255) ttACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAAc > 3:239947/1‑117 (MQ=255) ttACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGc > 6:210740/1‑139 (MQ=255) ttACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGc > 4:34490/1‑139 (MQ=255) ggcggcAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTaa > 1:17554/1‑138 (MQ=255) ggcggcAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTaa > 3:204404/1‑138 (MQ=255) ggcggcAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTaa > 5:36656/1‑138 (MQ=255) gcggcAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTaaaa < 2:39987/139‑1 (MQ=255) cggcAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTaaaa > 7:200260/1‑138 (MQ=255) cAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGc > 3:233559/1‑139 (MQ=255) cAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGc > 2:52500/1‑139 (MQ=255) cAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGc > 8:166192/1‑139 (MQ=255) gTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGcccc < 7:166192/139‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGcccc < 7:218502/139‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGcccc < 4:204404/139‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGcccc < 2:17554/139‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAACAGCGGCAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGcccc < 7:159827/139‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAACAGCGGCAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGcccc < 7:164210/139‑1 (MQ=255) gTGCTGAGGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGcccc < 2:12089/139‑1 (MQ=255) tAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGGGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGAGTTGGCACGGCTGATTGAGGTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGCCCCTTATCCTaa < 1:50202/139‑1 (MQ=255) aCAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGCCCCTTATCCTAAAg > 7:205403/1‑139 (MQ=255) tAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGCCCCTTATCCTAAAGTGGTTAt < 6:36656/139‑1 (MQ=255) | CATTCTTGAAAAAGCCTCTGAACAGGGAGTCCATTTGGGCTGCCTGAAGCACCATGGTCACGGCGGTGAACCGCAAACGCTCACGGAAGGAAAAGACACGGACCGTTACAAGGCGGCAGGTGCTGATGTAACAGCGGTAGAAGGTGCTGGTGTGTTACAGCTGACTGCCCGCCGCAATTGGGATTTGGCACGGCTGATTGAGTTATACCAATTTCTCGAAACAGACTGTCTTCTGATTGAAGGCTTTAAAAAAGCCCCTTATCCTAAAGTGGTTAT > BS168_reference_genome/1498522‑1498797 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |