Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 96,240 | G→A | 7.6% | intergenic (+19/‑152) | trnJ‑Ala → / → rrnW‑16S | tRNA‑Ala/ribosomal RNA‑16S |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 96,240 | 0 | G | A | 7.6% | 162.0 / 3.1 | 54 | intergenic (+19/‑152) | trnJ‑Ala/rrnW‑16S | tRNA‑Ala/ribosomal RNA‑16S |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/20); new base A (2/2); total (31/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.42e-01 |
TGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCGATGTGCGTA > BS168_reference_genome/96102‑96377 | tGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttg > 3:248919/1‑139 (MQ=37) gggTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCGTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAgttgtt < 7:32954/139‑1 (MQ=255) gTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGa > 7:255541/1‑139 (MQ=40) ttCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTgaag < 8:255541/139‑1 (MQ=255) aTCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCCCCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg > 7:60764/1‑139 (MQ=255) cTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACg < 1:115213/139‑1 (MQ=255) tCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTg < 6:276673/139‑1 (MQ=255) cccGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGtat < 5:176709/138‑1 (MQ=255) cccGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 5:183125/137‑1 (MQ=255) aCCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACtaa > 7:43106/1‑139 (MQ=255) aCCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACtaa > 8:195731/1‑139 (MQ=255) tttttttATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACtaata > 4:56471/1‑137 (MQ=40) ttttATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGt < 1:133719/138‑1 (MQ=39) aGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg < 5:212683/104‑1 (MQ=38) aGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTg > 6:212683/1‑104 (MQ=38) aGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCg > 7:194182/1‑139 (MQ=39) aGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTAAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacaa < 4:183782/139‑1 (MQ=255) cTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGacaaa > 5:152913/1‑138 (MQ=39) agagCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGATTTAACAAAGCGGACAAACAAAAt > 1:219820/1‑139 (MQ=255) gcgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACACAGCGGACAAACAAAATGAt > 6:81636/1‑139 (MQ=255) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATc > 7:202453/1‑139 (MQ=39) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATc > 3:86146/1‑139 (MQ=39) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATc > 2:216189/1‑139 (MQ=39) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATc > 1:303445/1‑139 (MQ=39) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGCCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACTTTGaagaag > 2:12753/1‑86 (MQ=12) cgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGCCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACTTTGaagaag < 1:12753/86‑1 (MQ=12) tGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCttt > 4:275068/1‑138 (MQ=39) ttGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta < 3:155035/88‑1 (MQ=255) ttGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGta > 4:155035/1‑88 (MQ=255) aggaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGaagaag < 2:181283/70‑1 (MQ=255) aggaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGaagaag > 1:181283/1‑70 (MQ=255) aggaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAAc > 6:110018/1‑137 (MQ=39) aggaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACTTTgaag < 6:236479/67‑1 (MQ=18) aggaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTATTGACTTTgaag > 5:236479/1‑67 (MQ=18) tcgggcAGCGGTTCGCTCACGCGAGGCTCCACCAAAAGGTTTTCCAAAAGTTGTGGCCGTGGAAGAAGGGCCGGTGGATACTACTAAAGGTGCTTTAACAAAGAGGACAAACAAAATGATCTTTGAACCCTAACCAAGa < 2:140874/134‑1 (MQ=9) gaggTCAGAGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGa < 5:110250/139‑1 (MQ=255) gTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACa > 4:4955/1‑138 (MQ=39) tCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACaaa < 2:43504/139‑1 (MQ=39) gggTTAGATACCCCTTGGCGACAACAAAAGGTTTTAAAAAAGTTGTTGGCGTTTAAGAAGTGACGTTGTTTAATTATAAAGTTGCGTTTACAAAGCGGTCAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACCAAACg > 2:17787/2‑138 (MQ=9) cGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 5:137548/1‑138 (MQ=39) cGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 4:81583/1‑138 (MQ=39) cGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 1:216199/1‑138 (MQ=39) gggtCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAACTTCTTGACTTTGAAGAAGTGACATTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTa < 2:142949/136‑1 (MQ=255) gTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACACAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAc > 4:303392/1‑139 (MQ=255) gTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTGTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGCCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTCCCAAAGCGGACAACCAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGGAc > 1:140874/1‑139 (MQ=14) ttCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc < 3:257406/139‑1 (MQ=39) ttCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc < 2:219820/139‑1 (MQ=39) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGttttt < 2:62489/137‑1 (MQ=39) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTa > 8:310963/1‑138 (MQ=39) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTa > 7:198009/1‑138 (MQ=39) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTa > 1:110708/1‑138 (MQ=39) caccaAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACATTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGATAATTCAGTTTTTa > 8:29343/1‑138 (MQ=255) gTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGca < 2:71185/139‑1 (MQ=35) gTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGca < 3:170087/139‑1 (MQ=35) tttAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGcaca < 6:137548/138‑1 (MQ=34) aaaaaGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCGa < 5:110018/138‑1 (MQ=34) gttgACTTTGAAGAAGTGACGATGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCGATGTGCGTa < 7:212858/138‑1 (MQ=18) | TGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCATTTTTTTATGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAAAAGTTTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTGAAGAAGTGACGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGGACAAACAAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAGTTTTTAAAAATCGCACAGCGATGTGCGTA > BS168_reference_genome/96102‑96377 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |