Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 2,439,190 | C→T | 6.6% | E222K (GAG→AAG) | spoVAF ← | stage V sporulation protein AF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 2,439,190 | 0 | C | T | 6.6% | 193.9 / 2.0 | 61 | E222K (GAG→AAG) | spoVAF | stage V sporulation protein AF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/29); new base T (2/2); total (29/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 |
GTAATGATCACACTCGGCGATGTGTCCACTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAATCCGTCTTTGACCG > BS168_reference_genome/2439054‑2439316 | gTAATGATCACACTCGGCGATGTGTCCACTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGa < 2:81269/139‑1 (MQ=255) cGGCGATGTGTCCACTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGc > 5:309057/1‑138 (MQ=255) cGGCGATGTGTCCACTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTATGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGc > 1:212499/1‑138 (MQ=255) ggCGATGTGTCCACTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGc < 4:6467/137‑1 (MQ=255) ggCGATGTGTCCACTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGc < 2:8594/137‑1 (MQ=255) ccAATATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATc > 4:294202/1‑138 (MQ=255) aCTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCAt < 3:24622/139‑1 (MQ=255) aCTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCAt < 3:126510/139‑1 (MQ=255) aCTATAATGAAAACATGGCCTTCTAGTACATGATTTGCGGCCAGATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCAt < 2:177306/139‑1 (MQ=255) aaTGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACa > 2:298701/1‑139 (MQ=255) tGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACAt > 5:73002/1‑138 (MQ=255) tAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAAt > 6:113979/1‑139 (MQ=255) aCATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTTGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATg > 8:165818/1‑138 (MQ=255) aCATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTTGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATg > 8:35684/1‑138 (MQ=255) aCATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATgg > 2:117216/1‑139 (MQ=255) aCATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATg > 8:59439/1‑138 (MQ=255) aCATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATg > 5:110313/1‑138 (MQ=255) aCATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATg > 6:4863/1‑138 (MQ=255) ccTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGa < 4:271999/134‑1 (MQ=255) ccTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGa > 3:271999/1‑134 (MQ=255) tCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAAttt > 4:74616/1‑139 (MQ=255) tAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCt > 7:144400/1‑139 (MQ=255) ccACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAAc < 3:261001/139‑1 (MQ=255) tCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTTGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGAt < 7:165818/136‑1 (MQ=255) tCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGGCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAg > 7:257562/1‑139 (MQ=255) tCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGAt < 1:298701/136‑1 (MQ=255) tCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGAt < 5:93587/136‑1 (MQ=255) tCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGAt < 6:73002/136‑1 (MQ=255) tCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCa < 7:59439/138‑1 (MQ=255) tCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAg > 3:273799/1‑139 (MQ=255) tataGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGcc > 6:51226/1‑68 (MQ=255) tataGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGcc < 5:51226/68‑1 (MQ=255) tataGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCtat < 5:113979/139‑1 (MQ=255) tataGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCtat < 3:74616/139‑1 (MQ=255) gcgcACGATCGGAATAGGATTATAGCTTTGATTAACTATGAATTCCTCGACCGTTTTGTCTGCCTTTGTTAATACATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCTGATCCTGATCATCTATAtc < 6:304780/138‑1 (MQ=255) gcgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACTATGAATTCGTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCATTGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATAtc < 2:212499/138‑1 (MQ=255) gcgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATAtc < 6:309057/138‑1 (MQ=255) cgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGa > 5:288232/1‑89 (MQ=255) cgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGa < 6:288232/89‑1 (MQ=255) cgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAAc > 4:81810/1‑116 (MQ=255) cgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAAc < 3:81810/116‑1 (MQ=255) cgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATAtctt > 5:142624/1‑139 (MQ=255) cgcACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATAtctt > 1:104450/1‑139 (MQ=255) cACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTAGAtcttc > 2:98182/1‑138 (MQ=255) aCGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCta < 4:273799/139‑1 (MQ=255) gAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCtata > 5:48970/1‑139 (MQ=255) gAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCtata > 5:303522/1‑139 (MQ=255) gAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCtata > 7:245749/1‑139 (MQ=255) aaaaGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACaa < 4:248478/139‑1 (MQ=255) aaaaGGAATATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTAGTCAGATTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCTATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATATCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACaa < 6:255647/139‑1 (MQ=255) taGCTTTGATTAACAATGAATTCCTTGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAAt < 7:35684/139‑1 (MQ=255) taGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAAt < 1:117216/139‑1 (MQ=255) taGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAAt < 2:104450/139‑1 (MQ=255) taGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAAt < 6:142624/139‑1 (MQ=255) taGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAAt < 6:110313/139‑1 (MQ=255) ttGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCtat < 3:307657/108‑1 (MQ=255) ttGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCtat > 4:307657/1‑108 (MQ=255) tGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAATCCGTc < 8:257562/138‑1 (MQ=255) cAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAATCCGTCTTTGACCg > 2:142537/1‑139 (MQ=255) aaTTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATAtc > 3:80427/1‑98 (MQ=255) aaTTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATAtc < 4:80427/98‑1 (MQ=255) | GTAATGATCACACTCGGCGATGTGTCCACTATAATGATAACATGGCCTTCTAGAACATGATTTGCGGCCACATCCGGTCTTTCTGTATAGCGCACGAGCGGAAAAGGATTATAGCTTTGATTAACAATGAATTCCTCGACAGTTTTGTCTGCCATTGTTAATCCATCGACATCAATGGATGCAATTTCTTTTTCTACGATCTCAACCAGATCCGGATCAGCTATATCTTCTATATAACAAATGCTTAAATCCGTCTTTGACCG > BS168_reference_genome/2439054‑2439316 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |