Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 3,516,325 | A→C | 26.0% | S187A (TCC→GCC) | epsM ← | putative O‑acetyltransferase involved in biofilm matrix formation |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 3,516,325 | 0 | A | C | 26.0% | 60.1 / 4.8 | 51 | S187A (TCC→GCC) | epsM | putative O‑acetyltransferase involved in biofilm matrix formation |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/17); new base C (10/3); total (31/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTCATATGAGGGGGAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCACGCGGGGACAGATGAACGTAATCGCTGA > BS168_reference_genome/3516191‑3516462 | cTCATATGAGGGGGAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAg > 1:11025/1‑136 (MQ=255) cTCATATGAGGGGGAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAg < 2:11025/136‑1 (MQ=255) cTCATATGAGGGGGAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCg > 7:166345/1‑139 (MQ=255) atGAGGGGGAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGGGCCGGCGcc > 1:149624/1‑139 (MQ=255) aGGGGGAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGAc < 1:26874/139‑1 (MQ=255) ggggAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTAGTTTGATGTGTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACaa > 7:61327/1‑139 (MQ=255) gtttttttttATGCATAGAATCATCATTTGTTTTATGTTTGAATTGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTACGGTATTGAACGGATCACAGCGTAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGccc < 6:100626/136‑1 (MQ=255) gATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTTATGTTTTACTGGAATAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGCAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGccc < 5:245831/138‑1 (MQ=255) ttttATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGCGCCGGCGCCGCCAATGCTACAAGcccccctta > 5:265700/1‑134 (MQ=255) ttATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGCCAATGCTCCAAGCCCCGATTAt > 1:59606/1‑138 (MQ=255) tGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCTGTATTGAACGGATCACCGCGGCGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCACCGATTATTATc > 5:100626/1‑139 (MQ=255) tcCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGCGCCGGCTCCGACAAAGCTCCAAGCCCCGAGTATGATCTGCGGTATGACg > 7:81206/1‑139 (MQ=255) tcCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGCGCCGGCGCCGCCAATGCTCCAACCCCCCATTATGATATGCGGTATGACg > 7:203858/1‑139 (MQ=255) tgtttgatgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAAt < 8:78355/100‑1 (MQ=255) tgtttgatgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAAt > 7:78355/1‑100 (MQ=255) tgtttgatgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGc > 8:105518/1‑139 (MQ=255) tgtttgatgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCCGCGCCCGCTCCCACAAAGCTCCAAGCCCCGATTATGATATGCGGTATGACGGATGc > 3:55990/1‑139 (MQ=255) tttgatgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGCCAATGCTCCAAGCCCCGATTAAGATCTGCGGTATGACGGATGCAc > 6:222339/1‑139 (MQ=255) tttgatgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCAc < 4:128567/139‑1 (MQ=255) gatgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCg < 2:221007/138‑1 (MQ=255) atgtttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGt < 3:121091/139‑1 (MQ=255) ttgaATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGAACCGGCCGCCGTTAACCTGTCCGGGATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAAAGCGCCAAGCCCCGATTAAGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGttacc > 6:293994/1‑136 (MQ=255) gaagaaAAGATGCGTGCCGCAGCACCGGCCGCCCTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGCGCCCGCTCCGACAATGCGCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGAATGACGGATGCACCGCGTCCGACGTGAg > 8:62121/1‑139 (MQ=255) cgaaATGAGGCGGGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGCAGCACCGCGGCGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAgcg < 8:203858/138‑1 (MQ=255) atgCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTcc < 6:310125/138‑1 (MQ=255) gCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGCGCCGGCGCCGCCAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCGGCGGGTTGACGGAAGCACCGGTTCCGACCTGAGCGCCTTACTg > 2:63023/1‑138 (MQ=255) ggcgccccGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGaaa < 3:228783/133‑1 (MQ=255) ggcgCACCGGCCGCCGTTACCCGGTCCGGTATGGAACGGATCCCCGCGGCGCCGGCGCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGaaa < 5:173062/136‑1 (MQ=255) gccgccGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCCCCGCGGCGCCGGCTCCGCCAAAGGTCCAAGCCCCGATTATGCTCTGCGGGATGACGGATGCCCCGGTTCCGCCGTGAGCGCCGTCCTGCACCGGAACCGctgctg > 6:1850/1‑139 (MQ=255) gccgccGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTGCGCCAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATATGCGGTATTACGGATGCACCCGTTCCGACGTGAGCGCCTTACTGAACGGAAACCGCACCt > 4:85868/1‑138 (MQ=255) gcccGGTATGGAACGGACCACCGCGGCGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgc < 1:14792/137‑1 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGCGCCGGCTCCGACAATGCTCCCAGCCCCGATTATGATCTGCGGGATGACGGATGCACCGGGTCCGCCGTGCGCGCCTTCCTGCACGGAAACCGCGCCTGCCAGCGTGGCAcgcg > 3:284066/1‑139 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACTATGCGCCAAGCCCCCATTATGATCTACGGTATGACGGATGCAACGGTTCCGCCGTGAGCGCCTAACAGAACGGAAACAGCGCCTTACAGCGGGGcccccg > 4:214893/1‑134 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgcg > 8:170190/1‑139 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgcg > 2:3546/1‑139 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgc < 1:62369/138‑1 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgc < 7:80984/138‑1 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgc > 2:62369/1‑138 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGGTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgcg > 4:277237/1‑139 (MQ=255) tCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCGCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGCAACCGCGCCTGACCGCGTGGGCcgcg > 2:14792/1‑139 (MQ=255) ggTATGGAACGGAGCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCACGCgggg < 3:85868/139‑1 (MQ=255) gAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgc > 5:138977/1‑129 (MQ=255) gAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCAcgc < 6:138977/129‑1 (MQ=255) aaCGGATCCCCGCGGCGCCGGCTCCGCCCATGCGCCAAGCCCCGCTTATGCTCTGCGGTATGACGGATGCCCCGGGTGCGCCGTGAGCGCCTTCCTGGACGGAGACCGCGCCTGACAGCGTGGCACGCGGGGTCAGAt > 1:30399/1‑138 (MQ=255) aaCGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCg < 7:79074/120‑1 (MQ=255) aaCGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCg > 8:79074/1‑120 (MQ=255) aaCGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCACGCGGGGACAGAt > 1:167074/1‑138 (MQ=255) aTCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTTTGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCGGCACGGGAACCCCTCCTGCCAGCGTGGCACGCGGGGACCGATGAACg > 4:20405/1‑138 (MQ=255) aTCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCACGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCACGCGGGGACAGATGAACg > 6:92436/1‑138 (MQ=255) cgcgGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCACGCGGGGACAGATGAACGTAATCg < 2:12519/139‑1 (MQ=255) gAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCACGCGGGGACAGATGAACGTAATCGCtga < 6:265700/139‑1 (MQ=255) | CTCATATGAGGGGGAGATAAGTAGATTTTTTTATGCATAGAATCATCCTTTGTTTGATGTTTGAATGGAAGAAATGATGCGTGCCGGAGCACCGGCCGCCGTTACCCTGTCCGGTATGGAACGGATCACCGCGGAGCCGGCTCCGACAATGCTCCAAGCCCCGATTATGATCTGCGGTATGACGGATGCACCGGTTCCGACGTGAGCGCCTTCCTGAACGGAAACCGCTCCTGACAGCGTGGCACGCGGGGACAGATGAACGTAATCGCTGA > BS168_reference_genome/3516191‑3516462 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |