| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BS168_reference_genome | 3486759 = | 0 (0.000) | 43 (0.040) +ACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAG |
21/150 | 0.6 | 95.4% | intergenic (+1/+48) | araR/yvbT | transcriptional repressor of the ara regulon (LacI family)/putative alkanal monooxygenase |
| ? | pSIJ663_pHT315_araE_xy | 9781 = | 7 (0.000) | intergenic (+5050/–) | ampR/– | –/– | |||||
CCGAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGT > BS168_reference_genome/3486624‑3486895 | ccattgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaa > 4:127853‑M1/136‑138 (MQ=255)ccattgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaa > 3:145884‑M1/136‑138 (MQ=255) attgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcttttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 4:53995‑M1/134‑139 (MQ=255) attgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 1:180684‑M1/134‑139 (MQ=255) attgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 5:311997‑M1/134‑139 (MQ=255) attgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcatcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 3:345515‑M1/134‑139 (MQ=255) ttgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGc > 6:253886‑M1/133‑139 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttatcacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa > 3:38614‑M1/131‑138 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCaa < 8:31030‑M1/9‑1 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa > 5:121347‑M1/131‑138 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa > 2:401759‑M1/131‑138 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa > 5:384957‑M1/131‑138 (MQ=255) tggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcgtgattttaaaataattcctttcatttcactgataatttaacacactttcaaaaaagtttcaacgtgtattgacgcagaAAAAACCAATGt < 2:173830‑M1/12‑1 (MQ=255) ggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTa > 5:76610‑M1/127‑139 (MQ=255) gcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTa > 3:320933‑M1/126‑138 (MQ=255) cttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATg < 7:332552‑M1/15‑1 (MQ=255) cttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacacgttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATg < 4:91741‑M1/15‑1 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcgtgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 8:118110‑M1/119‑136 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaacgagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 6:106074‑M1/119‑136 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 1:231801‑M1/119‑136 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 7:159096‑M1/119‑136 (MQ=255) tacaggaacatttggttctaattgagtttgagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTcc > 5:103414‑M1/117‑138 (MQ=255) acaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTcccc < 2:96539‑M1/24‑1 (MQ=255) acaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTcccc < 1:69673‑M1/24‑1 (MQ=255) acaggaacatttggttctaattgaggtggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTccc > 6:121446‑M1/116‑138 (MQ=255) acttttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcttgtaactgataaattaacactctttgaaaagagtgtcaacgtgttttgacgcagtAAAAAGCTATCTTTGGGGCTCCCCGCTACa > 5:126113‑M1/110‑139 (MQ=255) acatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACa > 8:89425‑M1/110‑139 (MQ=255) ggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg < 2:3737‑M1/6‑1 (MQ=255) ggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 1:3737‑M1/104‑109 (MQ=255) ggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCt > 6:240705‑M1/104‑138 (MQ=255) ggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCt > 1:132004‑M1/104‑138 (MQ=255) ggttctaattgagttggagtattcttaaatttcaaatacttcctttcatgtcactgaaaatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacccagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCCCTACATTGCtt < 8:393885‑M1/36‑1 (MQ=255) attgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTta > 2:398645‑M1/97‑138 (MQ=255) attgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTta > 4:88379‑M1/97‑138 (MQ=255) gttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACa > 4:167693‑M1/92‑121 (MQ=255) gttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACa < 3:167693‑M1/30‑1 (MQ=255) ttcttcattttgaaataattactttcatgtcactgataatttaacacactttaaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAAAGTATGGGTGTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTTTAGCTGTTATCTGtt < 2:222583‑M1/57‑1 (MQ=255) cctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcatcgtgttttgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCgat > 7:393885‑M1/63‑137 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCt < 5:313417‑M1/35‑1 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCt > 6:313417‑M1/52‑86 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa < 3:268729‑M1/88‑1 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa > 1:173830‑M1/52‑139 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa > 6:94218‑M1/52‑139 (MQ=255) ataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCa > 2:69673‑M1/48‑139 (MQ=255) ataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCa > 7:74020‑M1/48‑139 (MQ=255) atttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa < 2:203166‑M1/8‑1 (MQ=255) atttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa > 1:203166‑M1/45‑52 (MQ=255) atttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGGCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCAtt > 7:31030‑M1/45‑138 (MQ=255) tttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATtct < 8:330243‑M1/96‑1 (MQ=255) acacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCATCGATGATTTCAAACGAACGCATtctgtct < 8:99992‑M1/100‑1 (MQ=255) actttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAATAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa > 7:150431‑M1/36‑123 (MQ=255) actttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa < 8:150431‑M1/88‑1 (MQ=255) tttcaaaagggtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCgtgt < 3:345101‑M1/106‑1 (MQ=255) ttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCgat > 2:107555‑M1/33‑107 (MQ=255) ttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCgat < 1:107555‑M1/75‑1 (MQ=255) ttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGtt < 7:77439‑M1/107‑1 (MQ=255) aaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGGCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCaa > 2:53815‑M1/30‑139 (MQ=255) gtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt < 3:38219‑M1/116‑1 (MQ=255) gtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt < 8:373973‑M1/116‑1 (MQ=255) gtggcaaagtggattgacgcagtAAAAAGCACTGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt > 8:372716‑M1/24‑139 (MQ=255) tgtctacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCAGATATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCTATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt > 5:294505‑M1/23‑138 (MQ=255) gtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt < 2:78454‑M1/116‑1 (MQ=255) gtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt > 1:78454‑M1/22‑137 (MQ=255) aacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAg > 1:222583‑M1/19‑139 (MQ=255) acgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGt > 1:96539‑M1/18‑139 (MQ=255) cgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGtt > 4:345101‑M1/17‑139 (MQ=255) cgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGtt > 4:38219‑M1/17‑139 (MQ=255) tattgacgcagtAAATAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCAAAACGACAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGCATTCTGAGTTAAc < 4:210460‑M1/126‑1 (MQ=255) attgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCa < 1:211159‑M1/128‑1 (MQ=255) ttgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCa < 1:135792‑M1/128‑1 (MQ=255) gtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGt < 3:322237‑M1/137‑1 (MQ=255) gtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGt < 5:289344‑M1/137‑1 (MQ=255) | CCGAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGT > BS168_reference_genome/3486624‑3486895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |