Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 376,018 | Δ1 bp | 100% | intergenic (‑220/‑14) | hxlA ← / → hxlR | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase (HPS)/positive regulator of hxlAB expression (formaldehyde sensing) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 376,018 | 0 | G | . | 100.0% | 154.3 / NA | 37 | intergenic (‑220/‑14) | hxlA/hxlR | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase (HPS)/positive regulator of hxlAB expression (formaldehyde sensing) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (24/13); total (24/13) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAGGGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACAAAACGGTTC > BS168_reference_genome/375882‑376151 | aGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggg < 8:193200/139‑1 (MQ=255) cTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggggggga < 1:2928/139‑2 (MQ=255) gaTACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGATAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTACCATACAAAAAGCTTACTAA‑GGGGGGGATTCTAtt > 1:176032/1‑139 (MQ=255) tgAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggggg > 1:91436/1‑122 (MQ=255) tgAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCg > 4:9504/1‑138 (MQ=255) tgAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCg > 8:133890/1‑138 (MQ=255) tgAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGGCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggggg < 2:91436/122‑1 (MQ=255) agagaCAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGga > 8:49371/1‑139 (MQ=255) agaCAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggg < 4:185604/113‑1 (MQ=255) agaCAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggg > 3:185604/1‑113 (MQ=255) agaCAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGgac > 4:74567/1‑138 (MQ=255) gaCAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGCGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACTTACAAATAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATAGAGCCGGATGgccga > 6:205739/1‑139 (MQ=255) aTCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACaaa < 3:18700/139‑1 (MQ=255) aTCAGATTGCTATCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAAATAAAAAAGAGTCTTCATAAATGTAAGTAACTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTTCTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACaaa < 5:24233/139‑1 (MQ=255) ttGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTgaga < 7:57209/139‑1 (MQ=255) attaTTTTATGTGGTAGTATAATGTATAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGTTGAAACGTATCTATCATACAAATAGTTTACTTA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTgaga < 1:49122/136‑1 (MQ=255) gATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTgaga < 7:133890/137‑1 (MQ=255) gATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTgaga < 7:49371/137‑1 (MQ=255) aTGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAAtt < 7:132557/138‑1 (MQ=255) aTGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAAtt > 4:198034/1‑138 (MQ=255) aTGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAAtt < 6:107579/138‑1 (MQ=255) tgagtATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCt < 7:4108/139‑1 (MQ=255) agtATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGga > 5:199934/1‑101 (MQ=255) agtATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGga < 6:199934/101‑1 (MQ=255) ataATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCa < 3:103298/138‑1 (MQ=255) tGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAAGTGTGAGAAGGAATTAACGCTGGCAGTGAt > 2:188564/1‑139 (MQ=255) tGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATAGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGAt > 3:173118/1‑139 (MQ=255) aaaGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGAAACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTACCGCTTGCAGTGATTGGCg > 6:399/1‑139 (MQ=255) tCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTaatt > 8:23314/1‑137 (MQ=255) taagtaagtGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCa > 3:112079/1‑139 (MQ=255) agtaagtGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACTAAAGTTTTAATTGTGAGAAGGAATTTACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCagt > 5:85871/1‑137 (MQ=255) aCGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCt < 7:28710/122‑1 (MQ=255) aCGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCt > 8:28710/1‑122 (MQ=255) aaCATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGTCATTTAGGAAaag > 4:170151/1‑137 (MQ=255) aCAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATTGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCTGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGca > 2:34758/1‑138 (MQ=255) aCAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTACCGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGca > 6:122009/1‑138 (MQ=255) aCAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGca > 3:183366/1‑138 (MQ=255) aCAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGca > 2:132411/1‑138 (MQ=255) aaaaaGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGcaca > 1:168310/1‑138 (MQ=255) aaaGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGAGTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACaaaa > 6:219126/1‑139 (MQ=255) gTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTATCGCTTGCAGTGATTGGCGTTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGca < 2:61910/130‑1 (MQ=255) gTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGca > 1:61910/1‑130 (MQ=255) aCTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACAAAACGGTTc > 7:23642/1‑138 (MQ=255) | AGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAGGGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACAAAACGGTTC > BS168_reference_genome/375882‑376151 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |