Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 557,865:1 | +T | 100% | intergenic (+416/‑8) | yddT → / → ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 557,865 | 1 | . | T | 100.0% | 106.1 / NA | 31 | intergenic (+416/‑8) | yddT/ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base T (17/14); total (17/14) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑TTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTG > BS168_reference_genome/557729‑557998 | tgAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt < 8:74521/139‑1 (MQ=255) aaaGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tttt > 2:219089/1‑139 (MQ=255) tAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑ttttttaa < 3:137333/139‑4 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag > 5:34610/1‑138 (MQ=255) ttGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAt < 5:24843/139‑1 (MQ=255) gAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAtt < 6:220723/138‑1 (MQ=255) gAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAtt < 8:207476/138‑1 (MQ=255) aaaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg < 8:41569/139‑1 (MQ=255) atatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAata < 5:34446/138‑1 (MQ=255) tGGTACTATAATAAATGTATAAAGATTGTATGGAGATGTAATTAATAAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCATTGTTGTTTGTATAGTAGCATTCGGATCAATATATGGTTATAATTTATTTAc > 6:203836/1‑138 (MQ=255) tGGGACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTAc > 7:165401/1‑138 (MQ=255) gTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTaa > 4:54998/1‑139 (MQ=255) gTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATATACTaa > 8:176010/1‑139 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaa < 6:184132/139‑1 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaa < 6:34610/139‑1 (MQ=255) ataataAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAcc > 7:41211/1‑136 (MQ=255) ataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaagaag > 5:160364/1‑139 (MQ=255) ataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaagaag > 2:47928/1‑139 (MQ=255) taaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt < 1:219089/139‑1 (MQ=255) ataCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtac > 4:29859/1‑138 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg > 6:1504/1‑92 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg < 5:1504/92‑1 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtacta < 6:160364/139‑1 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 4:47037/1‑139 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTa > 1:103265/1‑111 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTa < 2:103265/111‑1 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt > 3:83004/1‑138 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGGTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt < 3:66340/138‑1 (MQ=255) aTGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTACCCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaa > 8:24293/1‑138 (MQ=255) gaTGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAg > 4:31357/1‑139 (MQ=255) gaTGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACAAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAg > 7:145701/1‑139 (MQ=255) aTGTAATTAATTAAAAAGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGc < 7:136573/139‑1 (MQ=255) aaaaGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTATCCAAGAAGTCAGTACTACTAGTTTAATAATAGCTTCTGAAAttgtg > 8:129649/1‑139 (MQ=255) aGGAGTTTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAttgtgttg < 3:29859/139‑1 (MQ=255) | TGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑TTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTG > BS168_reference_genome/557729‑557998 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |