Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 1,481,481 | T→C | 100% | intergenic (+30/‑66) | ykzU → / → ykuH | conserved hypothetical protein/conserved protein of unknown function |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 1,481,481 | 0 | T | C | 100.0% | 121.7 / NA | 34 | intergenic (+30/‑66) | ykzU/ykuH | conserved hypothetical protein/conserved protein of unknown function |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (17/17); total (17/17) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AGCCTTTAAACGTGCTTTTGATGTTGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGTCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAAGTTAGTTGTATTATTTTTAAGCAGTTTAGTTATCAT > BS168_reference_genome/1481346‑1481602 | aGCCTTTAAACGTGCTTTTGATGTGGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACCAGCGAACGTTAAAACTGGCCg < 1:167688/138‑1 (MQ=255) tAAACGTGCTTTTGATGTTGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAATCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGc < 7:139499/137‑1 (MQ=255) ttgatgttgatgATTATACAGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGAAATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTAtttt < 3:125684/138‑1 (MQ=255) taGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTGATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGa > 8:123861/1‑138 (MQ=255) 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aaaaaTGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAagttag < 6:9003/139‑1 (MQ=255) aaaaaTGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAagttag < 4:137208/139‑1 (MQ=255) atatCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAAGTTAGTTGtat < 6:19873/138‑1 (MQ=255) aCTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAAGTTAGTTGTATTATTTTTAAGCAg > 4:119224/1‑139 (MQ=255) aaGCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAAGTTAGTTGTATTATTTTTAAGCAGTTTAGTTatc < 4:125588/139‑1 (MQ=255) gCGAACGTTAAAACTGGCCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTTTGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAAGTTAGTTGTATTATTTTTATGCAGTTTAGTTatcct > 6:50390/1‑137 (MQ=255) | AGCCTTTAAACGTGCTTTTGATGTTGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGTCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAAGTTAGTTGTATTATTTTTAAGCAGTTTAGTTATCAT > BS168_reference_genome/1481346‑1481602 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |