Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 2,581,941 | A→G | 11.4% | W661R (TGG→CGG) | pbpA ← | transpeptidase (penicillin‑binding protein 2A) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 2,581,941 | 0 | A | G | 11.4% | 91.6 / 5.0 | 35 | W661R (TGG→CGG) | pbpA | transpeptidase (penicillin‑binding protein 2A) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/17); new base G (2/2); total (16/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 |
TTCTTCAATTTTGTCTTTATTCTTTTGCTGAGTACCTTCTTTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGATTGGGCTGTTCCTGTTTTTGCAG > BS168_reference_genome/2581804‑2582078 | ttcttcAATTTTGTCTTTATTCTTTTGCTGAGTACCTTCTTTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCa < 5:28929/138‑1 (MQ=255) tcttcAATTTTGTCTTTATTCTTTTGCTGCGTACCTGCTTTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCaa < 4:14659/138‑1 (MQ=255) gCTGCGTACCTTCTTTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAAtct < 4:123228/138‑1 (MQ=255) aGTACCTTCTTTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGa > 5:107010/1‑139 (MQ=255) ccTTCTTTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGt < 2:116114/139‑1 (MQ=255) tcttTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAg > 2:15573/1‑139 (MQ=255) tGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGc < 2:187158/136‑1 (MQ=255) tGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGc < 1:15573/136‑1 (MQ=255) tGTCCTGATTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATACCAATCTCAGGATTGTCAGCTg < 7:62593/138‑1 (MQ=255) cTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCAt > 4:153817/1‑137 (MQ=255) cTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATaa > 3:46483/1‑139 (MQ=255) aTTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCcac < 7:124553/139‑1 (MQ=255) aTTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCca > 1:216705/1‑138 (MQ=255) gCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGcgt < 4:171781/139‑1 (MQ=255) aaaaTATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGcgtcg < 4:41664/137‑1 (MQ=255) ttATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAg > 4:168840/1‑139 (MQ=255) ttACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCa < 3:60481/107‑1 (MQ=255) ttACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCa > 4:60481/1‑107 (MQ=255) cTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTc < 3:168840/138‑1 (MQ=255) cccTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCGAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGcgt < 8:210953/115‑1 (MQ=255) cccTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCGAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGcgt > 7:210953/1‑115 (MQ=255) cccTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGt > 8:150631/1‑139 (MQ=255) gTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATc < 4:133165/138‑1 (MQ=255) tCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAAt > 8:165541/1‑139 (MQ=255) tttGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGa < 4:46483/139‑1 (MQ=255) ttGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACCAGCGTCGTATTAGAAGTGTCTGGTCCTGTTTTTGATTAATCCGGTCCGTCGTAAAATGAt > 6:114016/1‑139 (MQ=255) ttGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGAt > 5:162480/1‑139 (MQ=255) tGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGAt < 6:162480/138‑1 (MQ=255) tAATCAATGTAAGTCCGAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGcgt < 4:222862/77‑1 (MQ=255) tAATCAATGTAAGTCCGAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGcgt > 3:222862/1‑77 (MQ=255) tAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGATTGGGCTg > 1:35554/1‑139 (MQ=255) aTCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCa < 8:46936/61‑1 (MQ=255) aTCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCa > 7:46936/1‑61 (MQ=255) gTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGttt < 3:122768/91‑1 (MQ=255) gTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGttt > 4:122768/1‑91 (MQ=255) cAAGGAACTACGACAGAAATAGCATTCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGATTGGGCTGTTCCTGTTTTTGCAg < 8:60379/139‑1 (MQ=255) cAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGATTGGGCTGTTCCTGTTTTTGCAg < 3:153817/139‑1 (MQ=255) | TTCTTCAATTTTGTCTTTATTCTTTTGCTGAGTACCTTCTTTGTCCTGCTTCGATTTCAGCTCAAAATATTTATCCATTACTTCCCTGCCGATTTCGTTTGTAATTGAGTATCTTTGATTGTAATCAATGTAAGTCCAAGGAACTACGACAGAAATAGCAATCTCAGGATTGTCAGCTGGTGCATAAGCCACAAGCGTCGTATTATAAGTGTCTGTTCCTGTTTTTGATTTATCCGGTCCGTCGTAAAATGATTGGGCTGTTCCTGTTTTTGCAG > BS168_reference_genome/2581804‑2582078 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |