| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 961,037 | (A)5→6 | intergenic (‑51/‑357) | katA ← / → ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 961,032 | 1 | . | A | 88.9% | 83.2 / 4.3 | 27 | intergenic (‑46/‑362) | katA/ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base A (7/17); total (9/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑T‑A‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAAT > BS168_reference_genome/960900‑961162 | aGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑T‑a‑aaaaa > 8:349941/1‑138 (MQ=255) ttGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑T‑a‑aaaaagt < 3:270972/139‑4 (MQ=255) aggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGATTTTTGATTATCTCCAACCGGAGAGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATACTATCATCTCTAAG‑T‑a‑aaaaagt < 7:208895/137‑4 (MQ=255) ggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCCCCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑T‑a‑aaaaagtc > 5:47720/1‑134 (MQ=255) ggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑T‑a‑aaaaagtc > 7:184025/1‑134 (MQ=255) ggTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCAAGTTGTCAGTTTATTTGATCTCATGTAATCACCTCTTGCAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑T‑ATAAAAGTc > 5:295220/1‑138 (MQ=255) cgcgAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAata < 7:349941/138‑1 (MQ=255) gCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTtat < 1:390415/136‑1 (MQ=255) aGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAatta < 8:184025/139‑1 (MQ=255) aGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAatta < 5:22537/139‑1 (MQ=255) aGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAatta < 8:169791/139‑1 (MQ=255) gTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAattat < 5:293318/139‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAata < 8:33950/121‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAata > 7:33950/1‑121 (MQ=255) ttGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATtata < 3:362407/139‑1 (MQ=255) gAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAAttatta < 2:102990/135‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggAACTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGAA‑A‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGa > 7:148124/1‑138 (MQ=255) aaCATAATATCATCTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAAttt > 8:269652/1‑139 (MQ=255) catcTCTAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGaaa > 8:259562/1‑138 (MQ=255) ctctAAG‑TAA‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAaataat > 3:331482/1‑139 (MQ=255) | AGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAG‑T‑A‑AAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAAT > BS168_reference_genome/960900‑961162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |