Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 961,062 | Δ1 bp | 100% | intergenic (‑76/‑332) | katA ← / → ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 961,062 | 0 | T | . | 96.9% | 110.1 / ‑1.7 | 32 | intergenic (‑76/‑332) | katA/ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (16/15); total (17/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGT > BS168_reference_genome/960935‑961194 | gATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTaaaaaaatttat < 3:206483/138‑7 (MQ=255) gATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTaaaaaaatttat < 5:101912/138‑7 (MQ=255) ctcCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAt > 3:150471/1‑138 (MQ=255) cAAGCGGAGCGCACCAGCTAGCTGTCAGTTTAGTAGAACTCATGTTATCACCTGTAGGAATTTATAAGAACAGAATATCATCTCTCAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAACTTTATCTCTATTaa < 4:263354/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTtctc > 6:148725/1‑138 (MQ=255) atatTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACATTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGTAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGc > 8:20840/1‑138 (MQ=255) ttATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAg < 2:249400/138‑1 (MQ=255) attattA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGt < 5:178655/139‑1 (MQ=255) attattA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGt < 5:148725/139‑1 (MQ=255) attattA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGt < 8:95094/139‑1 (MQ=255) | GATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGT > BS168_reference_genome/960935‑961194 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |