Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 165,749 | Δ1 bp | 100% | intergenic (+42/‑5) | rrnI‑5S → / → trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 165,749 | 0 | C | . | 100.0% | 286.7 / NA | 86 | intergenic (+42/‑5) | rrnI‑5S/trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (42/44); total (42/44) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑CATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCA > BS168_reference_genome/165620‑165861 | cGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg < 4:134017/139‑1 (MQ=255) cGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg < 2:267197/139‑1 (MQ=255) cGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg < 7:305635/139‑1 (MQ=255) ttCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg > 4:61355/1‑137 (MQ=255) ttCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg > 1:308346/1‑137 (MQ=255) ttCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGGTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg > 8:254811/1‑137 (MQ=255) tCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAg > 6:371970/1‑139 (MQ=255) ccATACCGAACCCGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCt < 6:215982/139‑1 (MQ=255) ccATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTTGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCt < 1:273278/139‑1 (MQ=255) ccATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCt < 8:244011/139‑1 (MQ=255) ccATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCt < 4:340919/139‑1 (MQ=255) ccATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCt < 7:399507/139‑1 (MQ=255) cATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTc < 3:61355/139‑1 (MQ=255) aCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGt > 6:15460/1‑139 (MQ=255) aCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGt > 7:346405/1‑139 (MQ=255) gAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTgg > 8:389824/1‑138 (MQ=255) aaaacGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa < 7:164811/136‑1 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTgg > 4:309337/1‑137 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTgg > 3:180673/1‑137 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTgg > 5:371413/1‑137 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa < 2:308346/139‑1 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa < 1:379252/139‑1 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa < 3:309337/139‑1 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa > 6:134740/1‑139 (MQ=255) aaCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTACGCAGTAGCTCAGTgg > 5:328400/1‑137 (MQ=255) acacGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTag < 5:134740/139‑1 (MQ=255) aaGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTAt > 7:79626/1‑139 (MQ=255) aaGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCACCCTGTGAGAGTA‑GGTCGCCGCCTAGAAGATTTATTAATTCTACCTTGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTTGTAGAGCTAt < 4:397533/139‑1 (MQ=25) ttAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCGCAGTGGTAGAGCTATCgg < 6:40914/139‑1 (MQ=255) ctctTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGt > 1:243956/1‑138 (MQ=255) tCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGATCTATCGGCGGTTAAcc > 4:5399/1‑139 (MQ=37) tCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAAcc > 8:307641/1‑139 (MQ=255) tCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAAcc > 8:396624/1‑139 (MQ=255) tCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAAcc > 4:202626/1‑139 (MQ=255) tCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAAcc > 6:31271/1‑139 (MQ=255) aGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGa < 5:15460/139‑1 (MQ=255) gcgcCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGAt < 7:161417/139‑1 (MQ=255) cgccgcTGGGACGCGGGGGGTTCCCCCAGTGTGCGTACGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGAt < 1:353639/139‑1 (MQ=25) aTGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCg > 8:250766/1‑139 (MQ=255) aTGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCg > 4:71101/1‑139 (MQ=255) tGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGt < 8:113672/139‑1 (MQ=255) tGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGt < 7:389824/139‑1 (MQ=255) ggTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGt < 2:173647/138‑1 (MQ=255) gTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGtt < 3:360286/139‑1 (MQ=255) cGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTc > 8:399636/1‑138 (MQ=255) ggggTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGGTTATGCAGCGTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTCGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGGTACCCCATCGGTCGTAGGTTCGaa > 5:53842/1‑139 (MQ=25) tttCCCCCTGTGAGAGTA‑GGAAGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCTCAGTAGCTAAGTGGTAGAGATATCGGCTGATAACCAATCGGTCGTAGGTTCGAATcc > 2:144042/1‑138 (MQ=25) cccccTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTAcc > 4:201083/1‑139 (MQ=255) cccTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTg < 7:250766/139‑1 (MQ=255) gtgAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCg > 7:119578/1‑137 (MQ=255) agTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccat > 8:288312/1‑136 (MQ=255) gTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccatt < 8:346405/139‑5 (MQ=21) ggACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGc < 1:144042/138‑1 (MQ=21) ggACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCt > 2:35849/1‑139 (MQ=21) ggACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCt > 1:120453/1‑139 (MQ=21) ggACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccatt > 4:170124/1‑132 (MQ=21) ggACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccatt < 3:170124/136‑5 (MQ=21) gccgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCa < 8:249319/139‑1 (MQ=21) gccgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCa < 8:243282/139‑1 (MQ=21) cgccTATCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGCAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCATTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTTCTTCCATa < 8:252435/139‑1 (MQ=18) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTAt < 2:422505/80‑1 (MQ=38) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTAt > 1:422505/1‑80 (MQ=38) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGc > 2:145612/1‑132 (MQ=18) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGc < 1:145612/132‑1 (MQ=18) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCa > 7:295132/1‑137 (MQ=21) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCa > 2:326898/1‑137 (MQ=21) gccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAg < 6:288755/139‑1 (MQ=21) aGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTca < 8:119578/139‑1 (MQ=21) aGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGAGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTCCGTAGCCATTGCTTCCATAGCt > 2:266707/1‑137 (MQ=21) cAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTcagc < 7:396624/139‑1 (MQ=21) aTTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAgg > 6:75782/1‑139 (MQ=21) aTTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAgg > 1:32428/1‑139 (MQ=21) ttaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag > 8:91494/1‑139 (MQ=21) ttaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGGTAACCGATCGGTCGTAGGGTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag < 7:254811/139‑1 (MQ=21) tCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACtt > 3:347296/1‑139 (MQ=21) cTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACtt < 4:12116/138‑1 (MQ=21) aCCATGTTTGGATATGACGCTTTATAT‑TC‑TTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 4:347296/139‑1 (MQ=18) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCTGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 1:326898/138‑1 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 5:371970/138‑1 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTAAAT‑T‑ATTCCGCAGTTGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGATGTTAACCGATCGGGCGGAGGTTCGAATCCTACCTTCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGATCACTTCCa < 6:85860/138‑1 (MQ=18) tttgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa < 4:277206/133‑1 (MQ=18) tttgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCa > 3:277206/1‑133 (MQ=18) gtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag > 2:116244/1‑122 (MQ=17) gtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag > 2:110084/1‑122 (MQ=17) gtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag < 1:116244/122‑1 (MQ=17) gtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGGTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTagag < 1:110084/122‑1 (MQ=17) | CGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTA‑GGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑CATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCA > BS168_reference_genome/165620‑165861 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |