Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 427,729 | T→A | 7.3% | N161K (AAT→AAA) | yclK → | two‑component sensor histidine kinase [YclJ] |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 427,729 | 0 | T | A | 7.3% | 202.5 / 4.3 | 64 | N161K (AAT→AAA) | yclK | two‑component sensor histidine kinase [YclJ] |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/34); new base A (3/2); total (28/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGACTGTCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCGGATTCAAAAGCTGAGAGAAGCGACAGATAAAGTGGCTTCC > BS168_reference_genome/427591‑427861 | gCAGACTGTCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAt < 6:150105/139‑1 (MQ=255) gCAGACTGTCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAt < 3:144568/139‑1 (MQ=255) gCAGACTGTCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGGGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAt < 4:373423/139‑1 (MQ=255) aGACTGTCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGCACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGCTCAGCGGTGTTGAACAGATTGTCAAt > 7:321718/1‑137 (MQ=255) tCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc < 8:33644/137‑1 (MQ=255) tCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc < 1:57827/137‑1 (MQ=255) tCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCaa < 1:69820/139‑1 (MQ=255) tCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCaa < 5:304028/139‑1 (MQ=255) tCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCa < 1:224449/138‑1 (MQ=255) tCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGGGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc < 3:228015/137‑1 (MQ=255) cACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTTATGATGAAGTGTACCGTGTGGCGCAGCCAAAATTTTTTCAGAAAGAATTTAAAGGAGCCGTTATGCTGAATTCACCGATCAGCGGTGTTTAACAGAATGTACATCATGTCacc > 4:228015/1‑137 (MQ=255) aCGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAc < 7:268187/138‑1 (MQ=255) aCGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAc < 5:156615/138‑1 (MQ=255) aCGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAc < 2:259058/138‑1 (MQ=255) aGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCtat < 7:196516/138‑1 (MQ=255) aGGGCAGATGGCCGTGTTGAGGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCtat < 1:206369/138‑1 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc < 7:11547/127‑1 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc > 6:77549/1‑127 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc > 8:11547/1‑127 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc < 4:225338/127‑1 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc < 5:77549/127‑1 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc > 3:225338/1‑127 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTAGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAACTCTATATg > 1:35036/1‑139 (MQ=255) ggCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCATTTGGCGCCGCCAATATTTGTTAAGAACCAAATTAAAGGCGCCGTTATTCTGATTTCCCCGAGCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAACATGTCAACCTCGatatt > 2:206369/1‑138 (MQ=255) gCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTTTATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACg < 6:286971/138‑1 (MQ=255) gCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACg < 5:113517/138‑1 (MQ=255) aaGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGc < 8:23783/138‑1 (MQ=255) aGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCtt < 2:373900/139‑1 (MQ=255) gtCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCaa < 7:235263/102‑1 (MQ=255) gtCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCaa > 8:235263/1‑102 (MQ=255) tgGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGa < 5:296212/138‑1 (MQ=255) cgcAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCt < 3:51346/110‑1 (MQ=255) cgcAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCt > 4:51346/1‑110 (MQ=255) tataTTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGAt > 6:262754/1‑123 (MQ=255) tataTTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGAt < 5:262754/123‑1 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAc > 2:337994/1‑77 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAc < 1:337994/77‑1 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAc < 7:59613/77‑1 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAAc > 8:59613/1‑77 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAg < 6:341094/103‑1 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAg > 5:341094/1‑103 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTtgt < 8:306601/127‑1 (MQ=255) ttCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTtgt > 7:306601/1‑127 (MQ=255) cAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc > 8:34589/1‑72 (MQ=255) cAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTc < 7:34589/72‑1 (MQ=255) aTTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCa > 8:376047/1‑65 (MQ=255) aTTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCa < 7:376047/65‑1 (MQ=255) aaGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGt > 8:249647/1‑139 (MQ=255) ccGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCtt < 8:353485/104‑1 (MQ=255) ccGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCtt > 7:353485/1‑104 (MQ=255) ccGTGCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGGGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCg < 8:321718/139‑1 (MQ=255) ttCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAACAGGTCAACCTCTATATGtttt < 3:315539/66‑1 (MQ=255) ttCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAACAGGTCAACCTCTATATGtttt > 4:321488/1‑66 (MQ=255) ttCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAACAGGTCAACCTCTATATGtttt < 3:321488/66‑1 (MQ=255) ttCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAAACAGGTCAACCTCTATATGtttt > 4:315539/1‑66 (MQ=255) ctgATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACg < 6:290936/64‑1 (MQ=255) ctgATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACg > 5:290936/1‑64 (MQ=255) ctgATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCGGATTCaa < 4:14507/138‑1 (MQ=255) ctgATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCGGATTCaa > 6:507/1‑138 (MQ=255) ttCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCTAATTCCATGTCAAGCGGATTCAACAGCt > 1:327068/1‑138 (MQ=255) tcCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCtat < 8:217294/46‑1 (MQ=255) tcCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCtat > 7:217294/1‑46 (MQ=255) aaCAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTtgt > 2:120715/1‑73 (MQ=255) aaCAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTtgt < 1:120715/73‑1 (MQ=255) aTGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCGGATTCTAAAGCTGAGAGAAGCGACAGATAAAGTGGCtt > 4:329119/1‑139 (MQ=255) aTGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCGGATTCAAAAGCTGAGAGAAGCGACAGATAAAGTGGCtt > 6:153320/1‑139 (MQ=255) aTGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTAGTGAGCTGGCTTCTGTCCAATTTCCATGTCAAGCGGATTCAAAAGCTGAGAGAGTCGACAGATAAAGTGGCtt > 3:258320/1‑139 (MQ=255) ggTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCGGATTCAAAAGCTGAGAGAAGCGACAGATAAAGTCGCTTcc > 1:85572/1‑139 (MQ=255) | GCAGACTGTCACGATCAGGGCAGATGGCCGTTTTGATGATGAAGTGTCCCTTGTGGCGCAGCCTATATTTGTTCAGAACGAATTTAAAGGCGCCGTTCTGCTGATTTCTCCGATCAGCGGTGTTGAACAGATGGTCAATCAGGTCAACCTCTATATGTTTTACGCTGTGATCAGCACGCTTGTGATTACGATTCTTGTGAGCTGGCTTCTGTCCAAATTCCATGTCAAGCGGATTCAAAAGCTGAGAGAAGCGACAGATAAAGTGGCTTCC > BS168_reference_genome/427591‑427861 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |