| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 858,185 | T→A | 6.4% | T440S (ACA→TCA) | yfkN ← | exported 2',3'‑cyclic‑nucleotide 2'‑phosphodiesterase, 2' (or 3') nucleotidase and 5' nucleotidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 858,185 | 0 | T | A | 6.4% | 204.1 / 4.4 | 62 | T440S (ACA→TCA) | yfkN | exported 2',3'‑cyclic‑nucleotide 2'‑phosphodiesterase, 2' (or 3') nucleotidase and 5' nucleotidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/17); new base A (2/2); total (43/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
CTGACATCTCCAGCCAGTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCGTCAGTCACGATCTGAA > BS168_reference_genome/858065‑858316 | ctgACATCTCCAGCCAGTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAATGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGtt > 4:289451/1‑139 (MQ=255)ctgACATCTCCAGCCAGTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGtt > 6:256994/1‑139 (MQ=255) aCATCTCCAGCCAGTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGttt < 7:315987/137‑1 (MQ=255) aTCTCCAGCCAGTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgc > 2:382226/1‑139 (MQ=255) aTCTCCAGCCAGTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATAGAAAGATCTCCTGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTTGCTCAGTTTCTgc > 6:67719/1‑139 (MQ=255) cagccagTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgccgc < 5:256994/137‑1 (MQ=255) cagccagTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgccgc < 8:100718/137‑1 (MQ=255) cagccagTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGGTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgcc < 8:49910/135‑1 (MQ=255) tCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAAtt < 6:21677/113‑1 (MQ=255) tCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAAtt > 5:21677/1‑113 (MQ=255) tCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTa > 8:319876/1‑138 (MQ=255) tCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTa > 7:68967/1‑138 (MQ=255) tCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCATAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTa > 7:176569/1‑138 (MQ=255) gACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAGACGgc > 7:219564/1‑139 (MQ=255) tCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTaa > 1:193875/1‑102 (MQ=255) tCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTaa < 2:193875/102‑1 (MQ=255) cGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTc > 6:319287/1‑138 (MQ=255) cTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATc > 2:390147/1‑139 (MQ=255) aCGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCa < 1:382226/139‑1 (MQ=255) gATTTTAACAGTATTATCGTAAATATACAATTCACCGAAATTTTTAATCGCAAGATATCCGGCTGTAATGTTTGTATCGTAATTGGCTCCTTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAgg < 5:67719/139‑1 (MQ=255) tttGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGtt > 6:364288/1‑139 (MQ=255) tGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgccgc > 8:183831/1‑97 (MQ=255) tGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgccgc < 7:178390/97‑1 (MQ=255) tGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgccgc < 7:183831/97‑1 (MQ=255) tGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTgccgc > 8:178390/1‑97 (MQ=255) tGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCt > 4:198878/1‑139 (MQ=255) gTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAGACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACt < 8:219564/139‑1 (MQ=255) tattatCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAgg > 5:175202/1‑128 (MQ=255) tattatCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAgg < 6:175202/128‑1 (MQ=255) tattatCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTc > 1:85483/1‑139 (MQ=255) tattatCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTc < 5:319287/139‑1 (MQ=255) tCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCt < 6:406528/90‑1 (MQ=255) tCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCt > 5:406528/1‑90 (MQ=255) tCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAgg > 7:243685/1‑123 (MQ=255) tCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAgg < 8:243685/123‑1 (MQ=255) tCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTAt > 1:56497/1‑139 (MQ=255) tCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTAt > 7:303198/1‑139 (MQ=255) aaaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 3:216038/1‑139 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGtata > 1:250911/1‑57 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGtata < 2:250911/57‑1 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTACACTGCGCTCCAGCGGATAAAAACGCCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 7:2932/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACTGCGCTCCAGCGGATAAAATCTGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 3:275910/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 8:30172/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 7:38907/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 4:150751/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 4:207208/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTCATTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 4:328868/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGATTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCtt > 6:230092/1‑138 (MQ=255) aaGATACAAGTCACAGACATTTTTAATCGAAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCATGCTTTAAACGGCGCTCCCGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCAtt > 6:163637/1‑138 (MQ=255) aCAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTc > 2:152487/1‑139 (MQ=255) aaGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGTCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCAAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCtt > 8:74794/1‑139 (MQ=255) aGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCttt > 8:303038/1‑139 (MQ=255) aCCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCttttt > 2:327233/1‑137 (MQ=255) ccGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAg > 3:145086/1‑139 (MQ=255) ccGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGAATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAg > 7:135785/1‑139 (MQ=255) ccGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGAATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAg > 7:141790/1‑139 (MQ=255) cGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGTGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGc > 7:420662/1‑139 (MQ=255) cGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGc > 4:241160/1‑139 (MQ=255) aGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGCTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCgt < 5:230092/139‑1 (MQ=255) cGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCGTCAGTCAc > 7:170346/1‑139 (MQ=255) cTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGTGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCGTCAGTCACGAt < 8:420662/139‑1 (MQ=255) cTGGAATGTTTGAATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCGTCAGTCACGAt < 8:135785/139‑1 (MQ=255) cTGGAATGTTTGAATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCGTCAGTCACGAt < 8:141790/139‑1 (MQ=255) aTGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCGTCAGTCACGATCTGaa > 4:317253/1‑139 (MQ=255) | CTGACATCTCCAGCCAGTCCTTGACCTCGCTGCCTGTCAGCTTGACGATTTGAACAGTATTATCGTAAAGATACAAGTCACCGACATTTTTAATCGCAAGATCTCCGGCTGGAATGTTTGTATAGTAATTGGCTCCGTTTCTGCCGCCTGCTTTAAACGGCGCTCCAGCGGATAAAATCGGCAGGTTCTTGTACTCGGTATCCTTCATTTCTTTTTCAGCGTACCACTTTTGCGCGTCAGTCACGATCTGAA > BS168_reference_genome/858065‑858316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |