Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 1,142,219 | T→G | 17.5% | F805V (TTT→GTT) | addA → | ATP‑dependent deoxyribonuclease (subunit A) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 1,142,219 | 0 | T | G | 17.5% | 75.7 / 4.7 | 42 | F805V (TTT→GTT) | addA | ATP‑dependent deoxyribonuclease (subunit A) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/21); new base G (6/2); total (19/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCCTGCGGTTTATCGAACGCATGCAGGAGCGGGGCGATGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACGAAGTATATTCATCCGCAATTACGCATCAGCTATCCGACACTTCC > BS168_reference_genome/1142087‑1142346 | ttCCTGCGGTTTATCGAACGCATGCAGGAGCGGGGCGATGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAg < 6:215123/139‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTTATCGAACGCATGCAGGAGCGGGGCGATGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGc < 5:82195/138‑1 (MQ=255) ccTGCGGTTTATCGCCCGCATGCAGGAGCGGGGCGCTGATCTTGGTACGGCGAGCGCGCTCAGCGCGCAGGAGGCTGTGGGCCGCTTAATGACGATCCAGCGCTGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGttg > 7:338963/1‑135 (MQ=255) aTGCAGGAGCGGGGCGATGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGTTGTTTCAGGGATCGGCCGGAttttt > 2:257484/1‑137 (MQ=255) gAGCGGGGCGGTGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACatga < 2:122833/139‑1 (MQ=255) cGGGGCGATGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGTTGTTGCAGGTCTAGGGGGGCATTTGAACATGATgg > 7:162423/1‑139 (MQ=255) ggCGATGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGCCGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTGTGTAGCAGGTGTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGAtt > 7:325170/1‑139 (MQ=255) atgatCTTGGTAGGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTTTAGCAGGTGTCGGCCGGAATTTCAACAAGATGGATTTGa > 2:263521/1‑138 (MQ=255) atgatCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGaa < 3:89743/139‑1 (MQ=255) atCTTGGGACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGCTGTTGGCCGCTTACTGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAAc < 5:63495/137‑1 (MQ=255) ggTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGt < 2:130769/139‑1 (MQ=255) gTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATTTTGTCCTCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCTGCCTGAATTTCAACATGATTGATTTGAACAAATCGt < 8:318610/138‑1 (MQ=255) cGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTTGCAGGTCTCGGCCGGAATTTAAACATGATGGATTTGAACCAATCGTTCctggt > 8:208685/1‑137 (MQ=255) cGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACctgct > 4:389910/1‑139 (MQ=255) gagaGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCACAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGGATCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACctgctg < 1:343620/139‑1 (MQ=255) agCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGTTGTTGCAGGTCGCGGCCGGAATTTAAACATTATGGTATTGAACAAATCGTTCCAGCGGGAt > 4:135877/1‑139 (MQ=255) gaTGTTGTCCGCTTACTGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 4:108743/139‑1 (MQ=255) gaTGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 3:370788/139‑1 (MQ=255) gaTGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 3:67904/139‑1 (MQ=255) gaTGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 1:271346/139‑1 (MQ=255) gaTGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 1:224944/139‑1 (MQ=255) gaTGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 7:244162/139‑1 (MQ=255) gaTGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGGCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 3:281376/139‑1 (MQ=255) aTGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCATAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCAc < 3:233741/139‑1 (MQ=255) tgttgtCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTTTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGTTGGAGTTGTACAAAAAGTACCTGCGGGCTTAGGAGCGCGGATTTGGCACg > 6:200623/1‑139 (MQ=255) tgttgtCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACg < 3:389910/139‑1 (MQ=255) tgttgtCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACg < 7:98532/139‑1 (MQ=255) tgttgtCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACg < 3:112512/139‑1 (MQ=255) ttgtCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGTTGTTGCAGGGGTGGGCCGGGATTTGCACATGATGGATTTGTACAAAAAGTACCTGCGGGTGAATGAGCCCGCAATTggggcga > 3:367051/1‑133 (MQ=255) tCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTTGCACGTGTCGGCCGGAATTTCAAAATAATGGATTTGTACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTTGCACGAAGta > 7:123200/1‑139 (MQ=255) tCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCCGGTCGCCGCCGGGATTTCAACATGATGGGTTTGAACAAATCGTACCGGCAGGCTTAGGAGGTCGGGTTTGGGACgtagta > 7:341838/1‑139 (MQ=255) tCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa < 2:82867/132‑1 (MQ=255) tCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCa > 1:82867/1‑132 (MQ=255) cTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGGTGTTGCAGGTGTCGGGCGGCATTTGAACAATATTGTTTTTAAAAAATCGTACCAGCTGGATAAGGATCTCGGTTTTTGCACGTAGTatat > 6:45228/1‑138 (MQ=255) caAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTTGCAGGTCTCGGCCGGAATTTGAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACGAAGTATATTCATCCGCAATTACGCATCAGc > 5:170665/1‑139 (MQ=255) caAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTAAACATGATGGATTTGAACAAATAGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGCTTTGGGACGAAGTATATTAATCCGCAATTACGCAACAg > 6:139536/1‑138 (MQ=255) caAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGGTTGTTGCAGGTATCGGGCGGCATTTCAACAACATGGATTTTAACAAATCGTACATGGGGGTTAAGGAGGGCGGATTTTGCACGAAGTATATTCAAACCCAATTAAGCaaact > 4:296299/1‑134 (MQ=255) ggCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACGAAGTATATTCATCCGCAATTACGCATCAGCTATcc < 1:263521/139‑1 (MQ=255) cTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACGAAGTATATTCATCCGCAATTACGCATCAGCTATCCGa < 3:135877/139‑1 (MQ=255) tCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACGAAGTATATTCATCCGCAATTACGCATCAGCTATCCGa < 7:261548/131‑1 (MQ=255) tCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACGAAGTATATTCATCCGCAATTACGCATCAGCTATCCGa > 8:261548/1‑131 (MQ=255) ccAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATTATTGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAATGAGCTAGGATTTGGCCCGAAGTATATTAAAACGCAATTAAGCATCAGCTATACGACACtaac > 2:354495/1‑134 (MQ=255) | TTCCTGCGGTTTATCGAACGCATGCAGGAGCGGGGCGATGATCTTGGTACGGCGAGAGCGCTCAGCGAGCAGGAGGATGTTGTCCGCTTAATGACGATCCACAGCAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGTCGTGTTTGTAGCAGGTCTCGGCCGGAATTTCAACATGATGGATTTGAACAAATCGTACCTGCTGGATAAGGAGCTCGGATTTGGCACGAAGTATATTCATCCGCAATTACGCATCAGCTATCCGACACTTCC > BS168_reference_genome/1142087‑1142346 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |