Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 961,062 | Δ1 bp | intergenic (‑76/‑332) | katA ← / → ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 961,062 | 0 | T | . | 96.8% | 114.3 / ‑1.7 | 31 | intergenic (‑76/‑332) | katA/ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (14/16); total (14/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 |
GTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAG > BS168_reference_genome/960930‑961191 | gTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTAAGTTTATGTGAAATAAAGTTATAACCGCGTGGATTTTATAAGAACATAATATCATATCTAAGT‑AAAAATTAAAAAATATTTTATAATTATTaaaa > 2:236805/1‑135 (MQ=255) gATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTaaaaaaatt < 1:236805/135‑4 (MQ=255) tcCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTa > 2:328649/1‑136 (MQ=255) gaaCAGGAGCTCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAAGATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAtt < 8:112776/135‑1 (MQ=255) cAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATctct < 3:256902/133‑1 (MQ=255) cAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAtt < 1:207790/136‑1 (MQ=255) cAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAtt < 7:130253/136‑1 (MQ=255) cAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAtt < 1:61592/136‑1 (MQ=255) cAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAt < 8:16927/135‑1 (MQ=255) cAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAt > 4:75114/1‑135 (MQ=255) aCCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTAATTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTAtt < 6:111195/136‑1 (MQ=255) cgcCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTTAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAtt > 2:378943/1‑127 (MQ=255) cgcCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAtt < 1:378943/127‑1 (MQ=255) gTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGa < 2:143786/135‑1 (MQ=255) ttGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGaaa < 1:328649/136‑1 (MQ=255) tCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAAttg > 2:193588/1‑136 (MQ=255) tCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCAAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAAttg > 5:389596/1‑136 (MQ=255) aGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAAttgtt < 5:250976/136‑1 (MQ=255) tttaaCTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAATAACATAATATAATATCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATATCTATTAATAGATATATATTATAGAAATTGTTTaaaaaa > 6:20890/4‑135 (MQ=255) ggAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGa > 1:31062/1‑136 (MQ=255) tataAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACtt > 4:101689/1‑135 (MQ=255) tataAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACtt > 6:264733/1‑135 (MQ=255) ctctAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAATTTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAaataa > 8:160305/1‑136 (MQ=255) ctctAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATAGATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACATTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAaataa > 4:43926/1‑136 (MQ=255) ctAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAAtt > 5:31177/1‑136 (MQ=255) ttttATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGaa < 5:264733/135‑1 (MQ=255) ttttATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGaa < 3:101689/135‑1 (MQ=255) attattattA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACaa < 6:389596/132‑1 (MQ=255) ataATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAg > 6:126138/1‑136 (MQ=255) attattA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCag < 6:31177/136‑1 (MQ=255) attattA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCag < 5:20890/136‑1 (MQ=255) attattA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCag < 1:193588/136‑1 (MQ=255) ttatta‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCa > 2:239930/1‑134 (MQ=255) | GTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAG > BS168_reference_genome/960930‑961191 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |