| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 557,870 | (T)5→6 | intergenic (+421/‑3) | yddT → / → ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 557,865 | 1 | . | T | 98.8% | 284.5 / ‑4.3 | 85 | intergenic (+416/‑8) | yddT/ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (40/44); total (40/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
AAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑TT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGT > BS168_reference_genome/557732‑557988 | aaGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt > 1:127069/1‑136 (MQ=255)aaGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt > 2:141432/1‑136 (MQ=255)aaGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt > 1:225748/1‑136 (MQ=255) aTTTGTAGGATCAGTTTAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTAGTATAATAAATGTTTACAGGTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt‑ttttaatt > 1:370705/1‑131 (MQ=255) aTTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt‑ttttaatt > 7:79720/1‑131 (MQ=255) aTTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt‑ttttaatt < 6:156291/136‑6 (MQ=255) aTTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt‑ttttaatt > 1:188372/1‑131 (MQ=255) aTTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑tt‑ttttaatt > 8:362787/1‑131 (MQ=255) tGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGc < 3:125392/135‑1 (MQ=255) gTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCg < 2:225748/135‑1 (MQ=255) tAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGtt < 5:279071/136‑1 (MQ=255) aGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTg > 7:303508/1‑136 (MQ=255) gATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTg > 1:66683/1‑134 (MQ=255) taatttAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATTGATATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGt < 4:414318/132‑1 (MQ=255) tCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGt < 4:122479/136‑1 (MQ=255) gTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTaaa > 1:272665/1‑136 (MQ=255) aaGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATgg > 8:120262/1‑136 (MQ=255) aaGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATgg > 2:265569/1‑136 (MQ=255) ggTTTACGATTAGATATTGAAAAAATTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑TTGTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAAt < 8:403941/136‑1 (MQ=255) tttAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGt < 4:415277/136‑1 (MQ=255) ttAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGt < 2:272665/135‑1 (MQ=255) aaGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt > 4:408173/1‑136 (MQ=255) aaGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt > 2:282076/1‑136 (MQ=255) gATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttttt < 5:146169/136‑1 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGta < 2:100076/135‑1 (MQ=255) atatTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag > 1:101325/1‑136 (MQ=255) atTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag > 3:306258/1‑134 (MQ=255) gAAAAATTTTATATATTTTGAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGc < 3:165288/135‑1 (MQ=255) gAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGc < 8:303508/135‑1 (MQ=255) aaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTg < 8:79720/136‑1 (MQ=255) aaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTg < 8:336915/136‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg < 7:272119/136‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg < 3:408173/136‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg < 1:110383/136‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTAAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg < 5:155900/136‑1 (MQ=255) tatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAat < 2:127069/136‑1 (MQ=255) tatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAat < 7:362787/136‑1 (MQ=255) tatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAat < 1:261749/136‑1 (MQ=255) cTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTaa > 3:144882/1‑136 (MQ=255) cTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTaa > 3:309913/1‑136 (MQ=255) cTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATG‑TTTTTGTTTTTTAGGATTGGGATGCATTTTTTGTTATTAATTAttttagtaa > 1:342876/1‑130 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAc < 8:131000/136‑1 (MQ=255) taataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAGTTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAc < 6:88920/134‑1 (MQ=255) taataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAc < 8:104429/134‑1 (MQ=255) taataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCa < 7:120262/136‑1 (MQ=255) taataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCa < 1:265569/136‑1 (MQ=255) ataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAGTTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAcc > 3:24877/1‑133 (MQ=255) ataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAcc > 2:114322/1‑133 (MQ=255) taaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACAaag > 3:416881/1‑135 (MQ=255) aaTGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaagaag > 3:388790/1‑136 (MQ=255) aTGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt < 1:282076/136‑1 (MQ=255) gTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg < 7:68485/94‑1 (MQ=255) gTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg > 8:68485/1‑94 (MQ=255) gTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCa > 4:222380/1‑136 (MQ=255) cAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtac > 5:399589/1‑135 (MQ=255) aGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtact > 3:370142/1‑135 (MQ=255) aGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtact > 8:198605/1‑135 (MQ=255) gATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtactac < 1:141708/136‑1 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTc < 1:141432/135‑1 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCTTTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACAAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 6:45693/1‑136 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAtt < 4:92779/81‑1 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAtt > 3:92779/1‑81 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 3:121938/1‑136 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 4:201108/1‑136 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 8:14177/1‑136 (MQ=255) aTGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtac < 2:210221/127‑1 (MQ=255) aTGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtac > 1:210221/1‑127 (MQ=255) aTGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt > 4:117477/1‑135 (MQ=255) tGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg > 3:48397/1‑80 (MQ=255) tGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTgg < 4:48397/80‑1 (MQ=255) tGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGttt > 8:167031/1‑135 (MQ=255) tGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGttt > 3:56259/1‑135 (MQ=255) agaTGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaat < 7:167031/135‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTaataat < 7:117257/136‑1 (MQ=255) tGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTaataat < 4:370142/135‑1 (MQ=255) tGTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTaataat < 5:338954/135‑1 (MQ=255) gTAATTAATTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaataa > 7:87375/1‑133 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAg < 3:222380/135‑1 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGc > 1:221963/1‑136 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGc < 4:121938/136‑1 (MQ=255) aattaattAAAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCt > 6:70806/1‑136 (MQ=255) ttaattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaaga > 4:286328/1‑106 (MQ=255) ttaattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaaga < 3:286328/106‑1 (MQ=255) ttaattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGta > 1:236389/1‑114 (MQ=255) ttaattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGta < 2:236389/114‑1 (MQ=255) ttaattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaata > 7:387541/1‑128 (MQ=255) ttaattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaata < 8:387541/128‑1 (MQ=255) aattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAg > 6:108464/1‑130 (MQ=255) aattaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAg < 5:108464/130‑1 (MQ=255) attaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTTACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTg < 8:87375/135‑1 (MQ=255) attaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTg < 3:257497/135‑1 (MQ=255) ttaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCTAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGt > 1:160679/1‑135 (MQ=255) ttaaAAAGGAGTTT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGt > 1:281672/1‑135 (MQ=255) | AAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGAG‑TT‑TTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGT > BS168_reference_genome/557732‑557988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |