New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | BS168_reference_genome | 3486759 = | 0 (0.000) | 28 (0.020) +ACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAG |
20/146 | 0.5 | 96.9% | intergenic (+1/+48) | araR/yvbT | transcriptional repressor of the ara regulon (LacI family)/putative alkanal monooxygenase |
? | pSIJ663_pHT315_araE_xy | 9781 = | 3 (0.000) | intergenic (+5050/–) | ampR/– | –/– |
GAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCG > BS168_reference_genome/3486626‑3486894 | attgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaa > 6:161185‑M1/134‑136 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa > 5:306808‑M1/131‑135 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa > 5:7710‑M1/131‑135 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa > 8:335181‑M1/131‑135 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa < 8:139212‑M1/5‑1 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa > 7:139212‑M1/131‑135 (MQ=255) aatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa < 4:152237‑M1/5‑1 (MQ=255) aatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa > 3:152237‑M1/130‑134 (MQ=255) gcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAAt > 4:177233‑M1/126‑135 (MQ=255) cttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATg < 4:148495‑M1/11‑1 (MQ=255) cttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttaattttcaaatacttcctttcatgtaaaagataatttaaaaaactttaaaaatagtgtcaacttgtatttacgcagtAAAAACAAATGt < 5:299530‑M1/12‑1 (MQ=255) cttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcaatttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATg < 2:128325‑M1/15‑1 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAATAAGCAATGTATggg > 3:111736‑M1/119‑135 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcaatttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATggg > 1:128325‑M1/119‑135 (MQ=255) ggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacccactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTcccc < 1:129387‑M1/24‑1 (MQ=255) gttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGc > 1:210082‑M1/103‑136 (MQ=255) taattgagttggagtattcttcattttcaaatacatcctttcatgtaactgataatttaaaacactttaaaaagagtgtaaacgtgtattgacgcagtAAAAAGAAATTTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCtttt < 8:50218‑M1/38‑1 (MQ=255) attgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCtttttt > 7:297579‑M1/97‑136 (MQ=255) tggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCt < 5:309550‑M1/47‑1 (MQ=255) ggagtattcttcattttcaaatacttactttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAATCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTTATTTTTTTATAGCTg < 3:131628‑M1/48‑1 (MQ=255) tttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtatttacgcagtAAAAATCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTTTAGATGTTATCTGTTTTTc < 7:173145‑M1/61‑1 (MQ=255) tttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTc < 8:40373‑M1/61‑1 (MQ=255) aaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCaaa > 7:40373‑M1/71‑135 (MQ=255) aatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgagtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCACCCCGCTACATTTCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCAAAACg < 7:223419‑M1/67‑1 (MQ=255) atacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCACCGCTACATTGCTGTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGt < 8:291115‑M1/68‑1 (MQ=255) cttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCa > 1:384096‑M1/66‑135 (MQ=255) cttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCa > 5:191506‑M1/66‑135 (MQ=255) tgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTc > 3:148495‑M1/56‑136 (MQ=255) ataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa < 8:250827‑M1/5‑1 (MQ=255) ataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaaaa > 7:250827‑M1/48‑52 (MQ=255) ataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaac > 5:119312‑M1/48‑136 (MQ=255) cactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATtctgtct > 6:309550‑M1/37‑136 (MQ=255) ttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCgt < 3:100935‑M1/104‑1 (MQ=255) caaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATc < 3:412268‑M1/53‑1 (MQ=255) caaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATc > 4:412268‑M1/31‑83 (MQ=255) caaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCgtgt < 5:147397‑M1/106‑1 (MQ=255) caaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCgtgt < 8:188111‑M1/106‑1 (MQ=255) aaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaac < 3:367598‑M1/85‑1 (MQ=255) aaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaac > 4:367598‑M1/31‑115 (MQ=255) aaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGtt > 4:378123‑M1/30‑136 (MQ=255) tcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt < 3:392915‑M1/116‑1 (MQ=255) tcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt < 5:106830‑M1/116‑1 (MQ=255) tcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTGTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACTAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGttt < 5:321153‑M1/116‑1 (MQ=255) aacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCt < 4:228407‑M1/118‑1 (MQ=255) cgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGa > 2:324021‑M1/17‑136 (MQ=255) acgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCTCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCAt > 6:299530‑M1/8‑136 (MQ=255) acgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCa > 6:147397‑M1/8‑135 (MQ=255) aaaaaGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAACCGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCg > 3:153114/1‑136 (MQ=255) | GAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCG > BS168_reference_genome/3486626‑3486894 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |