| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 1,073,401 | A→T | L106* (TTG→TAG) | scoC ← | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 1,073,401 | 0 | A | T | 97.3% | 241.8 / ‑4.0 | 73 | L106* (TTG→TAG) | scoC | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (39/32); total (40/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGG > BS168_reference_genome/1073269‑1073533 | cacaTCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTAtt < 3:304867/136‑1 (MQ=255) acaTCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTTAATTg < 2:104525/136‑1 (MQ=255) atcatTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGa > 8:244172/1‑136 (MQ=255) atcatTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGa > 2:345004/1‑136 (MQ=255) atTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACa > 5:175962/1‑135 (MQ=255) atTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACa > 7:331601/1‑135 (MQ=255) atTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACa > 3:207170/1‑135 (MQ=255) atTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACa < 8:331601/135‑1 (MQ=255) ttCTGCCACTTCAGGAAATTTTCAGAATAAATGATATAAAGGCTGTGCCGCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCATCAAGCAAGGTCCAGTATGCATCGGTACCTACATCAGTCTATTGGACatat > 2:105306/1‑136 (MQ=255) ccACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATgtgt < 4:207170/135‑1 (MQ=255) cTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTAtt > 8:191172/1‑120 (MQ=255) cTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTAtt > 8:275636/1‑120 (MQ=255) cTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTAtt < 7:191172/120‑1 (MQ=255) cTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTAtt < 7:275636/120‑1 (MQ=255) cAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGAGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGt < 5:220315/134‑1 (MQ=255) ccGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCCAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGcc > 2:35773/1‑136 (MQ=255) 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aCCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTACCTCAGTCTATTGGACTTATCTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATAACCCCg > 3:246140/1‑136 (MQ=255) cccTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGt > 2:271099/1‑136 (MQ=255) ccTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTACCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCACCgat > 5:308138/1‑134 (MQ=255) aaaaaCAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGttcttc > 6:127293/1‑135 (MQ=255) aaaaaCAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGgtcttc > 5:331380/1‑135 (MQ=255) aaaaaCAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTcc > 2:111307/1‑136 (MQ=255) 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ggATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGa < 6:168613/136‑1 (MQ=255) ttCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGtt < 6:339202/136‑1 (MQ=255) agcaagcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGt < 1:271099/136‑1 (MQ=255) agcaagcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGt < 1:274137/136‑1 (MQ=255) agcaagcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGt < 1:257288/136‑1 (MQ=255) agcaagcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGt < 1:35773/136‑1 (MQ=255) agcaagcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGt < 7:403611/136‑1 (MQ=255) cAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGAccc > 5:313036/1‑136 (MQ=255) tCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGa < 8:267257/113‑1 (MQ=255) tCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGa > 7:267257/1‑113 (MQ=255) ggTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGttt > 6:339208/1‑54 (MQ=255) ggTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGttt < 5:339208/54‑1 (MQ=255) ggTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTcgc > 2:357444/1‑135 (MQ=255) ggTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTcgc > 5:16017/1‑135 (MQ=255) ggTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTcgc > 3:44030/1‑135 (MQ=255) tACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGAt > 5:249437/1‑136 (MQ=255) tACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTACGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCATAAATATCCCCGTACTTCAACCTTTTTTGAAAAGTTGAATGAGGTTGATACGTGCATCACCCCGAATTTCGCGAt > 8:185050/1‑136 (MQ=255) aCCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGAtt > 1:111513/1‑136 (MQ=255) cTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGa > 3:264834/1‑96 (MQ=255) cTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGa < 4:264834/96‑1 (MQ=255) cTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGAttt > 1:131555/1‑135 (MQ=255) tCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGaaa > 1:263354/1‑136 (MQ=255) caggTCTATTGGACTTATGTGTTCAGTTTATCATTCAGACTTTTGGATAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCGAGCTTTTTTGATTATTTGATTTATTTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGaaa < 8:98149/133‑1 (MQ=255) cAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGTAAt > 4:234576/1‑136 (MQ=255) gTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATgg < 3:208732/136‑1 (MQ=255) gTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATgg < 2:131555/136‑1 (MQ=255) gTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATgg < 1:357444/136‑1 (MQ=255) | CACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGG > BS168_reference_genome/1073269‑1073533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |