Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 165,749 | Δ1 bp | intergenic (+42/‑5) | rrnI‑5S → / → trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 165,749 | 0 | C | . | 98.6% | 822.5 / 5.6 | 219 | intergenic (+42/‑5) | rrnI‑5S/trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base . (93/122); minor base T (0/3); total (94/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
GAGGTCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAG‑C‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGC > BS168_reference_genome/165609‑165889 | gagGTCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg > 1:2186423/1‑150 (MQ=255) agGTCACCCCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGt < 2:1364358/150‑1 (MQ=255) tCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGc < 1:399197/150‑1 (MQ=255) acCCGTCCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAg < 2:4065725/150‑1 (MQ=255) cccGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCCCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGt < 2:4803579/150‑1 (MQ=255) cGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTgg > 1:1071617/1‑150 (MQ=255) gTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGt > 1:4647028/1‑150 (MQ=255) ttCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa < 1:2606061/150‑1 (MQ=255) ttCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa > 1:2083643/1‑150 (MQ=255) tCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGTGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCACGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTag > 1:4619037/1‑150 (MQ=21) tCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTGGGACGCCGCCCAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGACGCTTTATA‑CT‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGCag > 2:199935/1‑150 (MQ=21) cccATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTaga > 1:1661000/1‑150 (MQ=255) aTACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCt < 1:2373076/150‑1 (MQ=255) aCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTAt > 2:3760891/1‑150 (MQ=255) ccGACCACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATc < 2:472136/150‑1 (MQ=255) ccGAACAGGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCGGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATc < 1:4097202/150‑1 (MQ=25) ccGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTTTTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATc > 1:3588488/1‑150 (MQ=255) ccGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATc < 1:4729480/150‑1 (MQ=255) ccGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATc < 2:1102914/150‑1 (MQ=255) acacGGAAGTTAAGCCCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTACCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCt < 1:4645734/150‑1 (MQ=25) cGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGtt > 2:751057/1‑150 (MQ=255) gAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTaa > 2:338396/1‑150 (MQ=255) aaGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAAc > 1:899608/1‑150 (MQ=255) ttAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGGAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGa > 2:531404/1‑150 (MQ=255) tAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGAt > 2:4629057/1‑150 (MQ=255) gaGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGACGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGAACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATc < 1:4241745/149‑1 (MQ=37) tctcCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTc < 2:4008226/150‑1 (MQ=255) ctccAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCg < 2:1792168/147‑1 (MQ=255) tCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTCTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTa < 2:3743423/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGGAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGCTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAgg > 1:1419017/1‑150 (MQ=38) aGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAgg < 2:2702048/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGt < 2:444521/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTCATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGGGCTATCGGCTGTTAACCGATCCGTCGGAGGt > 2:1475877/1‑150 (MQ=37) cgcCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGtt < 2:3592799/150‑1 (MQ=255) gcCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTc < 2:1952948/150‑1 (MQ=255) ccGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCg < 2:3689559/150‑1 (MQ=255) gATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCgga > 2:2821182/1‑148 (MQ=255) tAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTa < 1:3097839/150‑1 (MQ=255) tAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTa < 2:3588486/150‑1 (MQ=255) aGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTAc > 1:3691752/1‑150 (MQ=255) gTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTAcc < 2:3088892/150‑1 (MQ=255) tCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCt < 2:4647028/150‑1 (MQ=255) tCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGGTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCt > 1:1759403/1‑150 (MQ=255) gggggTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCGGTTGACCGATCGGTGGTAGGGTCGGAACCTACCCG‑c > 2:3195507/1‑150 (MQ=37) gTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAg > 1:2783808/1‑150 (MQ=255) ttCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAG‑cc < 1:338396/150‑2 (MQ=255) ttCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAG‑cc > 1:697927/1‑149 (MQ=255) tCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAG‑cca < 1:3799137/150‑3 (MQ=255) ccccTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAG‑ccatt < 1:2973255/150‑5 (MQ=255) cccTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAG‑ccattg < 2:2644691/150‑6 (MQ=21) tgtgAGAGCAGGTCGCCGCCAAGCAGATTTATTGGTTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCCTAGTGGATGAGCGATCGGCTGTTAACCAGTCGGACGTAGGTTCGACTCCTCCCTG‑TGGAGCC‑ATTGCtt < 2:2342342/150‑1 (MQ=255) gtgAGAGTAGGTCGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTc > 1:4780622/1‑150 (MQ=21) gtgAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTc > 1:394541/1‑150 (MQ=21) tgAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTcc < 2:331749/150‑1 (MQ=21) tgAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGGAGGTTCGGATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTcc > 2:114545/1‑150 (MQ=21) gagaGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCa < 2:341187/150‑1 (MQ=21) gagaGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCa < 2:2094750/150‑1 (MQ=21) gagaGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATCCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCa < 1:2022257/150‑1 (MQ=21) tgagTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTTTAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGACGTAGGTTCGAAACCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCAt < 1:3293828/149‑1 (MQ=21) agagTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGTTCGGTCGTAGGTTCGGATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCAt > 2:3021140/1‑150 (MQ=21) gACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTACCCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTcag < 1:1608734/150‑1 (MQ=21) aCGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTcagc < 2:699614/150‑1 (MQ=21) gccgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTcagcag < 2:1114823/150‑1 (MQ=21) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGt < 1:1250533/150‑1 (MQ=21) gccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTa < 2:1496279/150‑1 (MQ=21) ccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTag < 1:3323201/150‑1 (MQ=21) cAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGGCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTaga > 2:3978542/1‑150 (MQ=21) cAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCAc < 2:607150/150‑1 (MQ=21) aGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGGGGTAGCGCTATCGGCTCTTAACCGGTCGGGCGGAGGGTCGGATCCTACCTG‑CGGGGCC‑ATTGCTTCCATTGCTCAGAAGGTAGGGCACt > 2:1776661/1‑150 (MQ=255) gATTTATTAATTCTACCATGCTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCCCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACtt < 1:3853148/150‑1 (MQ=21) ttttttAACCCTACCTTGTTTGTTTATGAAGCTTTTTAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCCCAGTGGTAGAGCTAGCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTACCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTcc < 2:3164003/150‑1 (MQ=18) tttATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCCTAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTcc > 2:2458135/1‑150 (MQ=21) tttATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTcc > 1:4188550/1‑150 (MQ=21) ttattaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGAAGAGCACTTCCa < 2:1406460/150‑1 (MQ=21) tattaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCTCTTCCAt > 1:1339808/1‑150 (MQ=21) tattaATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCAt < 2:2254279/150‑1 (MQ=21) aaTTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGCCGGGC‑C‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCAGGGTa > 2:3787160/1‑150 (MQ=21) aTTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGCATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCGGCAGGTAGAGCACTTCCATGATaa > 1:29921/1‑150 (MQ=21) aTTCTACCATGTTTGCTTATGAAGGTTTATAT‑T‑AGTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGGTGTTAACCGATCGCTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CCGAG‑CAATTGCTTCCATAGGTCCGCAGGTACTGCACTTCCATGGGaa > 1:1487668/1‑150 (MQ=18) ttCTGCCATGTTTGTTTATGAAGGTTT‑T‑TTTTATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCAATCGGCTGTTAACCGATCGGTTGTAGGTTCGAATCCTTCCTG‑CGGAG‑CTATTGCTTCCATACTTCAGCAGGTAGTGCACTTCCATGGTAAg < 1:3760889/150‑1 (MQ=18) ttCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTCTAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTACCGGCTGTTAGCCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAg < 1:3507730/150‑1 (MQ=21) ttCAACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCCCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAg < 1:585537/150‑1 (MQ=21) cTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCCCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGa < 1:1191411/150‑1 (MQ=21) tACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGGGCC‑ATTGCTTCCATTGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAggga > 1:486358/1‑148 (MQ=21) tACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGaa > 2:2440507/1‑150 (MQ=21) aCCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAag > 1:3756729/1‑150 (MQ=21) aCCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAag < 1:2821182/150‑1 (MQ=21) cATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGGTCGGTCGTAGGTTCGAATCCTAGCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCTCTTCCATGGTAAGGAagag < 1:114545/150‑1 (MQ=21) cATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGGATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAagag < 2:48713/150‑1 (MQ=21) tgtttgttTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGt < 2:1661000/150‑1 (MQ=21) tttgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCa < 1:406955/150‑1 (MQ=21) tgtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGc > 1:2535437/1‑150 (MQ=21) gtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCg < 1:3893409/150‑1 (MQ=21) gtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCg < 1:3481545/150‑1 (MQ=21) gtttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCCCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCg < 1:4446549/150‑1 (MQ=21) tttATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGGAGAGGTCAGCgg > 1:2172604/1‑150 (MQ=21) aTGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTc > 1:1458418/1‑150 (MQ=21) aTGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGCCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTc < 1:4601973/150‑1 (MQ=21) gAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGAAGTGCTATCGGCTGATAACCGATCGGTCGCAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTAGGCGGGTCGa > 1:1211388/1‑150 (MQ=21) aGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAGCC‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGc < 1:2440632/150‑1 (MQ=21) | GAGGTCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTG‑CGGAG‑C‑ATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGC > BS168_reference_genome/165609‑165889 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |