Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 376,018 | Δ1 bp | 100% | intergenic (‑220/‑14) | hxlA ← / → hxlR | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase (HPS)/positive regulator of hxlAB expression (formaldehyde sensing) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 376,018 | 0 | G | . | 99.7% | 1449.8 / ‑1.5 | 308 | intergenic (‑220/‑14) | hxlA/hxlR | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase (HPS)/positive regulator of hxlAB expression (formaldehyde sensing) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base . (149/158); total (149/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TTTGAAGTCAACAAGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAGGGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACAAAACGGTTCAATGAATTAAA > BS168_reference_genome/375869‑376162 | tGAAGTCAACAAGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggg > 2:1836053/1‑150 (MQ=255) aGTCAACAAGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAgggggg > 2:3480889/1‑150 (MQ=255) aGTCAACAAGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAgggggg > 1:1313938/1‑150 (MQ=255) tCAACAAGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggggggga < 1:691667/150‑2 (MQ=255) aacaaGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAgggggggatt > 1:3319904/1‑147 (MQ=255) aacaaGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAgggggggatt > 1:1230045/1‑147 (MQ=255) aaGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTa > 1:169348/1‑150 (MQ=255) aaGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTa > 2:4832840/1‑150 (MQ=255) aaGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTa < 1:820762/150‑1 (MQ=255) aGTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTAt > 2:4170585/1‑150 (MQ=255) gTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTAtt < 1:2497380/150‑1 (MQ=255) gTTACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTAtt < 1:880778/150‑1 (MQ=255) ttACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTTTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTg < 1:1502925/150‑1 (MQ=255) ttACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTg < 2:1634709/150‑1 (MQ=255) tACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGa > 2:1874676/1‑150 (MQ=255) tACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGa > 2:1227723/1‑150 (MQ=255) aCTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAg < 2:2028860/150‑1 (MQ=255) cTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGTGGGGATTCTATTGTGc > 2:2271457/1‑150 (MQ=255) tGGAGGATACTGTGAGGAGAGATAATCAGATTTCTTACGTTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCg < 1:1978792/150‑1 (MQ=255) tGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCg > 1:3420647/1‑150 (MQ=255) ggaTACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATg > 2:4053896/1‑150 (MQ=255) ggaTACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATg < 2:4675065/150‑1 (MQ=255) tACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTTTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGgac < 1:1009414/150‑1 (MQ=255) tACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGgac > 2:4341082/1‑150 (MQ=255) aCTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGgacg < 2:3038365/150‑1 (MQ=255) aCTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCCCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGgacg < 1:255660/150‑1 (MQ=255) tgtgAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATCCAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGgacgac < 1:4859257/150‑1 (MQ=255) ggagAGACAATCAGATTTCTTTCCCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAg < 2:4657132/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |