| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BS168_reference_genome | 1,073,489 | C→T | 9.5% | A77T (GCA→ACA) | scoC ← | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 1,073,489 | 0 | C | T | 9.5% | 784.7 / 43.9 | 230 | A77T (GCA→ACA) | scoC | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (96/112); new base T (13/9); total (109/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCA > BS168_reference_genome/1073340‑1073636 | gTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGc > 1:3882159/1‑150 (MQ=255)gTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGc > 2:3956922/1‑150 (MQ=255) ttGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCg > 2:718946/1‑150 (MQ=255) gCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGt < 1:3060171/150‑1 (MQ=255) cGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGtt < 2:780484/150‑1 (MQ=255) cGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGtt < 2:4756506/150‑1 (MQ=255) cGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGtt < 2:3828439/150‑1 (MQ=255) gtgtCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGTGGTTg < 2:3012788/150‑1 (MQ=255) tgtCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGa > 2:4116818/1‑150 (MQ=255) gtCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGTGGTTGAt > 1:4753465/1‑150 (MQ=255) gtCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGAt < 2:2649990/150‑1 (MQ=255) cGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATAc < 2:3643470/150‑1 (MQ=255) tCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGc < 2:4643303/150‑1 (MQ=255) 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caagcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAAttt > 1:1523508/1‑150 (MQ=255) agcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCCAATTTca > 1:4610951/1‑149 (MQ=255) cTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTcgcg < 1:4571156/150‑1 (MQ=255) cTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTcgcg > 1:5020842/1‑150 (MQ=255) ccAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGAt > 2:1780915/1‑150 (MQ=255) 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tCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAAtt < 2:1268552/150‑1 (MQ=255) cAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTg < 1:1011035/150‑1 (MQ=255) cAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTg > 1:3070376/1‑150 (MQ=255) aaTTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGTGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGa < 2:1111887/150‑1 (MQ=255) aCATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCa < 2:4452246/150‑1 (MQ=255) 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aaaTATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGt > 1:2599045/1‑150 (MQ=255) atatCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGttt < 1:3151961/150‑1 (MQ=255) atatCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATATCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGttt < 1:4233156/150‑1 (MQ=255) atCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGa > 1:2155291/1‑150 (MQ=255) tCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAg < 1:4900331/150‑1 (MQ=255) 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aaaGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCtcgat < 2:5020842/150‑1 (MQ=255) aGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCtcgatcg > 2:4416641/1‑150 (MQ=255) tGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGAtt < 1:3583121/150‑1 (MQ=255) tGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGAtt < 1:4255289/150‑1 (MQ=255) aaTGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTc < 1:4471857/150‑1 (MQ=255) 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tGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCa < 1:1780915/150‑1 (MQ=255) tGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCACAAATGGAACTTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCa < 1:2064189/150‑1 (MQ=255) | GTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATTTCAGAAATGGAAGCTCCATTCAATTGATACGCAATCCATAAAATATGATGCTCATTAATATTCAGGTCATACGGTTTGAGCCATTGCTGCCAATCCTTCTCGATCGATTTCCA > BS168_reference_genome/1073340‑1073636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |