| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BS168_reference_genome | 1,994,711 | C→T | 35.4% | E1083K (GAA→AAA) | ppsA ← | non‑ribosomal plipastatin synthetase A involved in synthesis of plipastatin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 1,994,711 | 0 | C | T | 35.4% | 307.1 / 230.0 | 234 | E1083K (GAA→AAA) | ppsA | non‑ribosomal plipastatin synthetase A involved in synthesis of plipastatin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/79); new base T (39/44); total (111/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TGTAGTCTGTAACGTAAACGGCACCTCGTCATGGATGCGCTGCACCGGATCGCCTCCTGCGTCCTGTTCGAAGGAGGTCCGAAGCGACTCGTGGCGCTTGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAGCGGGCTTAAT > BS168_reference_genome/1994562‑1994831 | aGTCTGTAACGTAAACGGCACCTCGTCATGGATGCGCTGCACCGGATCGCCTCCTGCGTCCTGTTCGAAGGAGGTCCGAAGCGACTCGTGGCGCTTGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAg < 1:4494785/150‑1 (MQ=255) aGTCTGTAACGTAAACGGCACCTCGTCATGGATGCGCTGCACCGGATCGCCTCCTGCGTCCTGTTCGAAGGAGGTCCGAAGCGACTCGTGGCGCTTGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAg > 1:1374331/1‑150 (MQ=39) gTCTGTAACGTAAACGGCACCTCGTCATGGATGCGCTGCACCGGATCGCCTCCTGCGTCCTGTTCGAAGGAGGTCCGAAGCGACTCGTGGCGCTTGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGc < 1:2317240/150‑1 (MQ=39) cTGTAACGTAAACGGCACCTCGTCATGGATGCGCTGCACCGGATCGCCTCCTGCGTCCTGTTCGAAGGAGGTCCGAAGCGACTCGTGGCGCTTGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGctc < 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ttGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGtt < 1:4842179/150‑1 (MQ=21) ttGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGtt > 1:2438894/1‑150 (MQ=21) tGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGttt > 2:2884517/1‑150 (MQ=34) gATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTc < 1:159963/150‑1 (MQ=21) gATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCNGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTc > 1:1616875/1‑150 (MQ=21) 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ctTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGttttt < 2:3888864/150‑1 (MQ=34) ctTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGttttt < 1:3536336/150‑1 (MQ=34) tttGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTc < 1:4401632/150‑1 (MQ=21) tttGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTc > 1:1495851/1‑150 (MQ=34) ttGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCa < 1:2612760/150‑1 (MQ=33) tGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAg < 1:1334295/150‑1 (MQ=17) aGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAGCggg < 1:1520926/150‑1 (MQ=32) ctctcCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAGCGGGCTTa > 1:33052/1‑150 (MQ=17) ctctcCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAGCGGGCTTa < 1:3365197/150‑1 (MQ=32) tctcCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAGCGGGCTTaa < 1:2486183/150‑1 (MQ=31) ctcCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTTGAGCACTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGATGAAGGACATAAATTCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAGCGGGCTTAAt < 1:3292539/150‑1 (MQ=2) | TGTAGTCTGTAACGTAAACGGCACCTCGTCATGGATGCGCTGCACCGGATCGCCTCCTGCGTCCTGTTCGAAGGAGGTCCGAAGCGACTCGTGGCGCTTGATCAGCTCTTTGAAAGCTCTCTCCATCCTTTCAGGGTTGAGCTTCCCTTCGAGCTCTAACACAGCCGGCATATTGTAGCCTGTCCCTCCGTCCTCCAGCTGCTGAAGGACATAAATCCGCTTTTGGGCAGAGGAAACCGGATAGGTTTCCTGTTTTTCAGCGGGCTTAAT > BS168_reference_genome/1994562‑1994831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |