| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 1,957,976 | C→A | 26.9% | intergenic (‑57/+51) | BSU_18275 ← / ← yngK | conserved protein of unknown function/putative exported glycoside hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 1,957,976 | 0 | C | A | 26.9% | 110.1 / 8.8 | 62 | intergenic (‑57/+51) | BSU_18275/yngK | conserved protein of unknown function/putative exported glycoside hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/7); new base A (2/16); total (39/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTTCGATTTTATTTTTATTTAGTACTAGTTTCTCAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGTATATTTCTTGTTGGGA > BS168_reference_genome/1957840‑1958111 | tctTCGATTTTATTTTTATTTAGTACTAGTTTCTCAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTACCa > 2:195381/1‑138 (MQ=255)tctTCGATTTTATTTTTATTTAGTACTAGTTTCTCAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCAATTCCTGTCCCa > 7:339454/1‑138 (MQ=255) gTACTAGTTTCTCAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑Agac > 4:167798/1‑138 (MQ=255) gTTTCTCAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCGTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACt > 1:331618/1‑136 (MQ=255) ttgctcACATTCAAAAAATGTTAAAGGTCCAAACCCGCCCCCCTTATTCTTGTTAATCTCCAATTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCCGCGTTTT‑A‑CCATCGTTGCCTGTCCAAAACCCACATTTAAAAAAC‑ACACGACTTAGa < 6:152200/136‑1 (MQ=255) tcAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGc > 3:389483/1‑139 (MQ=255) tcAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGAAGACTTAGAAAGc > 3:422480/1‑139 (MQ=255) tcAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CAATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGc > 4:128477/1‑139 (MQ=255) tcAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCAAATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGc > 4:24218/1‑139 (MQ=255) tccaaataatGGAAAATGACCAAACACCGCGTAAATTTTCATGTGAATCTCACCTTTTTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGTTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGACAAAAAATAACTTTTTAAAAAC‑ACACGACTTAGAAAGCCGTc < 4:389483/134‑1 (MQ=255) gTAAATGTCCAAACACCGACTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCAAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTGATTTCt > 5:46512/1‑139 (MQ=255) aaTGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTGTCATTTCTTAt > 2:426487/1‑139 (MQ=255) aaTGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTAt > 1:279028/1‑139 (MQ=255) caacctccGCCTCCATATTCATGTTAATCTAAAGTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCTGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTT‑‑AAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTtgttgt < 8:339454/133‑1 (MQ=255) cAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCGTCTCATTTCTTATTttgtt > 3:174283/1‑139 (MQ=255) 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5:8676/1‑139 (MQ=255) tgAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATAACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTc > 6:35330/1‑139 (MQ=255) tgAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CAATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGTATGCTTTGATTTc > 4:79406/1‑139 (MQ=255) ctcACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACATTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTAt > 5:154881/1‑139 (MQ=255) cACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCTTCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTAATTTCTTATTTTGTTGATCGTTTGGAAGCTTTTCTTTAGTTATg > 8:238128/1‑138 (MQ=255) ccTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTTCTTTCGTTATGAAg > 3:359170/1‑139 (MQ=255) 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7:424056/138‑1 (MQ=255) ttttaAAAAAA‑CTCCCGGGTCT‑ACCCATGGTTCCCTCCCCAAAAATAATTTATAAAAAAA‑CCACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGt < 1:309446/138‑1 (MQ=255) tttAAAAAA‑TTCCGCGGTTT‑A‑CCTTCGTTTCCTGTCCCAAAACCACTTTTTAAAAAA‑CCACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTctg < 8:314342/138‑1 (MQ=255) ttaaaaaaa‑TGCGGCGTTTT‑A‑CCATCGTTCCCTGACCAAAAATCATTTTAAAAAAAA‑CGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTctg < 4:312058/135‑1 (MQ=255) ttaaaaaaa‑TACCGCGGTTC‑C‑CCAGCTTTACCAGACCAAAAAACAATATAAAAAACA‑CGACGACTTAGAAAGCCGGCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTctg < 8:421443/135‑1 (MQ=255) ttAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTctgct > 3:312058/1‑139 (MQ=255) 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7:145096/139‑1 (MQ=255) ttt‑A‑CCAGGTTTTCCTCACCAAAAACCAATTTTAAAAAAC‑ACACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACg < 7:201042/139‑1 (MQ=255) cccATCGTTACCTGTCCAAAAATCACTTTTAAAAAAA‑CGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGtat < 3:81505/138‑1 (MQ=255) tttCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCCTTTCTTATTTTGTTGGTCGTTTGGAAGCTTTGCTGTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGTATATTTCtt > 4:158595/1‑139 (MQ=255) tttCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGATGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATAAGTATATTTCtt > 8:207605/1‑139 (MQ=255) tttCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGTATATTTCtt > 7:280863/1‑139 (MQ=255) tttCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AAAAGACTTAGAAACCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTTTTGTTCTTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGACTGCTGACGTGACATAATACGTATATTTCtt > 8:271202/1‑139 (MQ=255) cccacAAAATCAATTTTAAAAAAA‑ACACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGTATATTTCTTGTTggg < 8:422382/135‑1 (MQ=255) tCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGTATATTTCTTGTTggg < 5:146418/138‑1 (MQ=255) tCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGTATATTTCTTGTTGGGa > 6:378120/1‑139 (MQ=255) | TCTTCGATTTTATTTTTATTTAGTACTAGTTTCTCAGATTCCAATAATGGTAAATGTCCAAACACCGCCTCCATATTCATGTGAATCTCACCTTTGTTTTTTAAAAAA‑TTCAGCGGTTT‑A‑CCATCGTTTCCTGTCCCAAAATCACTTTTTAAAAAA‑AGACGACTTAGAAAGCCGTCCTTCTCATTTCTTATTTTGTTGTTCGTTTGGAAGCTTTGCTTTCGTTATGAAGCCGGTCTGCTGAAGTGACATAATACGTATATTTCTTGTTGGGA > BS168_reference_genome/1957840‑1958111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |