| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 4,151,742 | G→A | 7.2% | S41F (TCT→TTT) | walH ← | regulator of WalRK(YycFG) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 4,151,742 | 0 | G | A | 7.2% | 218.4 / 4.6 | 70 | S41F (TCT→TTT) | walH | regulator of WalRK(YycFG) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/31); new base A (3/2); total (36/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
CAAATTTCTTCATAGAGGGCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTTATATTTTCACGCTTCATCCCAATCA > BS168_reference_genome/4151607‑4151871 | cAAATTTCTTCATAGAGGGCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGAct < 4:44812/139‑1 (MQ=255)cAAATTTCTTCATAGAGGGCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGAct < 1:97996/139‑1 (MQ=255)cAAATTTCTTCATAGAGGGCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGAct < 8:142881/139‑1 (MQ=255) tcttcATAGAGGGCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGtt < 3:56415/138‑1 (MQ=255) tcttcATAGAGGGCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGtt < 7:156601/138‑1 (MQ=255) gagGGCCTTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGACTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGTATTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGAAGa < 3:18189/138‑1 (MQ=255) ggCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTCCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCt > 4:13682/1‑139 (MQ=255) ggCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTATCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCt > 5:244748/1‑139 (MQ=255) gTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGa < 3:241984/138‑1 (MQ=255) tCCACTTTGTAATGAGCTCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGGTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGt < 7:123958/139‑1 (MQ=255) tCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGa < 7:132523/110‑1 (MQ=255) tCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGa > 8:132523/1‑110 (MQ=255) tCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGGTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCGTCAGAAAAGt > 5:4223/1‑139 (MQ=255) cACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGtt < 7:78936/138‑1 (MQ=255) tctAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTAAACGTTTAAGACAGCTTTAGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTACACACGATCAGTAGAATCTGTTGAGGAAGATCCTTCAGAAAAGTTTGGCTg > 7:123431/3‑139 (MQ=255) tGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGa < 5:182209/103‑1 (MQ=255) tGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGa > 6:182209/1‑103 (MQ=255) tGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGActc > 3:103721/1‑106 (MQ=255) tGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGActc < 4:103721/106‑1 (MQ=255) tGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACCCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTg > 1:220266/1‑139 (MQ=255) aaTGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACCCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGa < 2:220266/138‑1 (MQ=255) tGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACg < 2:122762/139‑1 (MQ=255) 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gcgcCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTGAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACACTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTc > 3:86912/1‑138 (MQ=255) ccGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGGGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCata < 2:81553/139‑1 (MQ=255) cGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGt > 3:16638/1‑97 (MQ=255) cGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGt < 4:16638/97‑1 (MQ=255) cGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCatat > 7:10482/1‑139 (MQ=255) atcatGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATcccc < 7:294119/139‑1 (MQ=255) tcatGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGtt > 6:166573/1‑116 (MQ=255) tcatGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGtt < 5:166573/116‑1 (MQ=255) tCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGGTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGAc > 7:239995/1‑139 (MQ=255) cccTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGAAGACTATCTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTAGTCTGTAACGTCCATATCCCCCATCTAAAAACAAGCCt > 1:71536/1‑139 (MQ=255) tGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACtgat > 7:109893/1‑138 (MQ=255) tGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACtgat > 1:155188/1‑138 (MQ=255) ggCCTTACCGTTTCAGATAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGTCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACtgatga > 6:210485/1‑139 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGtt > 7:46181/1‑66 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGtt < 8:46181/66‑1 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGt > 2:222302/1‑116 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGt < 1:222302/116‑1 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATgacgac > 3:133169/1‑137 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATgacgac > 6:239705/1‑137 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATgacgac > 2:168765/1‑137 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATgacgac > 1:48792/1‑137 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGacgacg < 4:133169/138‑1 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGAAAAAACAAGACTGATGacgacg < 8:10482/138‑1 (MQ=255) aCCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTGTTTCGATTTTATGTTTCCCACGAACAGTAGACTCGGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGCACGTCCAGATCCCCCCTGTAAAAACAAGACTGATgacgac > 8:98504/1‑137 (MQ=255) ttCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCCCACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTTGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAATCAAGACTGATGACGACGAGTAcc > 6:181216/1‑139 (MQ=255) tCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGacgacg < 4:206025/132‑1 (MQ=255) tCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGacgacg > 3:206025/1‑132 (MQ=255) cTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAAACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCata < 4:194190/92‑1 (MQ=255) cTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAAACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCata < 4:190192/92‑1 (MQ=255) cTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAAACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCata > 3:194190/1‑92 (MQ=255) cTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAAACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCata > 3:190192/1‑92 (MQ=255) cTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTAACACGAACAGTAAAATCAGTTCAGGATTATACTTCAGAAAAGTTTGGCTCGAACGTCCATATCCACCATGTAAAAACAAGACTGATGAAGACGAGAACCgtaattaa > 7:217258/1‑138 (MQ=255) ttggttggTTTTTTGGATTTTATGTTTAACACTAAAATTAGAGTCTGTTGAGGATGAGCCTTATGAAACGTTTGGCGGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAatat < 2:48792/138‑1 (MQ=255) ggtgggTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATTAGCCTGCAGAAATGTTTGGCTGGAACGTCCAGATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTACTATCgat > 4:221288/1‑137 (MQ=255) gtTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTta > 1:291572/1‑139 (MQ=255) cGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTTATAtttt > 4:219337/1‑138 (MQ=255) tttCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTTATATTTTCACGCTTCAt < 1:168765/138‑1 (MQ=255) acacGAACAGTATACTCTGTTGAGTATGAGCCTTCACAAAAGTTTGTCTGTAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTTATATTTTCACGCTTCATCCCaa < 8:109893/139‑1 (MQ=255) ctaaCTGTAGAATCTTTTGAGGTTGAGCATTCAGAATAGTTTGGCTTGAACGTCCTTATCCCCAATGTAAAATCATTAGTGTTGACGAAGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTTATATTTTCAAGCTTCATCCCAatca < 2:71536/137‑1 (MQ=255) cGAACAGTAGACTCTGTGGCGGATGAGCATTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTTATATTTTCACGCTTCATCCCAatca < 6:155394/139‑1 (MQ=255) tAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGacgacg > 8:205515/1‑83 (MQ=255) tAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGacgacg < 7:205515/83‑1 (MQ=255) | CAAATTTCTTCATAGAGGGCATTGTCATCCACTTTGTAATGAGCGCCGTCATCATGGATAAACATGTCCCTTGGCCTTACCGTTTCAGACAGCTTTTGGGTGGTTTTTTCGATTTTATGTTTCACACGAACAGTAGACTCTGTTGAGGATGAGCCTTCAGAAAAGTTTGGCTGGAACGTCCATATCCCCCATGTAAAAACAAGACTGATGACGACGAGTACCGTAAGTAATATCGTTTTTATATTTTCACGCTTCATCCCAATCA > BS168_reference_genome/4151607‑4151871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |