| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 501,751 | G→A | 5.8% | S58N (AGC→AAC) | ydbI → | putative integral inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 501,751 | 0 | G | A | 5.8% | 222.9 / 2.8 | 69 | S58N (AGC→AAC) | ydbI | putative integral inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/31); new base A (2/2); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
GGCGTTTCTCCATCTTTGTCGTGTTAACTGGTGTGTTATATCTATTTAAGAGCATGATCAACTTAATATTGCTTACCTTCATTTTCACATTTCTAATGGATCGTTTGGAGCTTGTCGTGCGGCAGTTTGTAAGCCAGTTCTTCCGCGTGAGCCAGCGGGTTGTCATTACGTTTCTTTACATGTTGCTGGCTGTGCTGCTTACAGTCGGGGGCTTTGTGTTTTATCCGGTCGTCGCGGCGCAGATCCAGCAGCTGGTAAAGCAGAT > BS168_reference_genome/501619‑501883 | ggCGTTTCTCCATCTTTGTCGTGTTAACTGGTGTGTTATATCTATTTAAGAGCATGATCAACTTAATATTGCTTACCTTCATTTTCACATTTCTAATGGATCGTTTTGTGCTTGTCGTGCGGCAGTTTCTAAGCCatt > 3:129092/1‑136 (MQ=255)ggCGTTTCTCCATCTTTGTCGTGTTAACTGGTGTGTTATATCTATTTAAGAGCATGATCAACTTAATATTGCTTACCTTCATTTTCACATTTCTAATGGATCGTTTGGAGCTTGTCGTGCGGCAGTTTGTAAGCCAGtt > 3:80679/1‑139 (MQ=255) tttCTCCATCTTTGTCGTGTTAACTGGTGTGTTATATCTATTTAAGAGCATGATCAACTTAATATTGCTTACCTTCATTTTCACATTTCTAATGGATCGTTTGGAGCTTGTCGTGCGGCAGTTTGTAAGc > 3:186348/1‑130 (MQ=255) tttCTCCATCTTTGTCGTGTTAACTGGTGTGTTATATCTATTTAAGAGCATGATCAACTTAATATTGCTTACCTTCATTTTCACATTTCTAATGGATCGTTTGGAGCTTGTCGTGCGGCAGTTTGTAAGc < 4:186348/130‑1 (MQ=255) 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cAGTTTGTAAGCCAGTTCTTCCGCGTGAGCCAGCGGGTTGTCATTACGTTTCTTTACATGTTGCTGGCTGTGCTGCTTACAGTCGGGGGCTTTGTGTTTTATCCGGTCGTCGCGGCGCAGATCCAGCAGCTGGTAAAGc < 7:99436/139‑1 (MQ=255) cAGTTTGTAAGCCAGTTCTTCCGCGTGAGCCAGCGGGTTGTCATTACGTATCTTTACATGTTGCTGGCTGTGCTGCTTACAGTCGGGGGCTTTGTGTTTTATCCGGTCGTCGCGGCGCAGATCCAGCAGCTGGTAAAGc < 4:106937/139‑1 (MQ=255) tGTACGCCAGTTCTTCCGCGTGAGCCAGCGGGTTGTCATTACGTTTCTTTACATGGTGCGGGCTGTGCTGCTTACAGTCGGGGGCTTTGTGTTTTATCCGGTCGTCGCGGCGCAGATCCAGCAGCTGGTAAAGCAGAt < 6:190541/138‑1 (MQ=255) | GGCGTTTCTCCATCTTTGTCGTGTTAACTGGTGTGTTATATCTATTTAAGAGCATGATCAACTTAATATTGCTTACCTTCATTTTCACATTTCTAATGGATCGTTTGGAGCTTGTCGTGCGGCAGTTTGTAAGCCAGTTCTTCCGCGTGAGCCAGCGGGTTGTCATTACGTTTCTTTACATGTTGCTGGCTGTGCTGCTTACAGTCGGGGGCTTTGTGTTTTATCCGGTCGTCGCGGCGCAGATCCAGCAGCTGGTAAAGCAGAT > BS168_reference_genome/501619‑501883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |