| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 557,870 | (T)5→6 | intergenic (+421/‑3) | yddT → / → ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 557,865 | 1 | . | T | 97.8% | 467.8 / 1.9 | 136 | intergenic (+416/‑8) | yddT/ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base T (61/72); total (62/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
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TGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑TTTTTAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTG > BS168_reference_genome/557729‑557998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |