| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 376,018 | Δ1 bp | 100% | intergenic (‑220/‑14) | hxlA ← / → hxlR | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase (HPS)/positive regulator of hxlAB expression (formaldehyde sensing) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 376,018 | 0 | G | . | 96.5% | 222.3 / ‑1.8 | 53 | intergenic (‑220/‑14) | hxlA/hxlR | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase (HPS)/positive regulator of hxlAB expression (formaldehyde sensing) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (27/24); minor base T (0/1); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAGGGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACAAAACGGT > BS168_reference_genome/375885‑376149 | tACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAggggg < 7:122595/138‑1 (MQ=255) ggaggaTACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAgggggggatt < 8:275107/138‑4 (MQ=255) gaTACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTAtt > 6:339642/1‑139 (MQ=255) gaTACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTAtt > 5:158397/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) cAAAAAGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGca < 8:78859/137‑1 (MQ=255) aaaGGTTACTAA‑GGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACaaaa < 5:238239/139‑1 (MQ=255) gTTACTAA‑GGGGGCGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTAATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACAAAACgtt > 2:181859/1‑137 (MQ=255) | TACTTGGAGGATACTGTGAGGAGAGACAATCAGATTTCTTTCGCTTGATTTTATGAGTGAGTATAATGAAAAAAGAGTCTGCAAAAAAGTAAGTAAGTGATGATACGTATCTAACATACAAAAAGGTTACTAAGGGGGGGGATTCTATTGAGCCGGATGGACGACAAAAGGTTTAATTGTGAGAAGGAATTAACGCTTGCAGTGATTGGCGGTAAATGGAAAATGCTCATTTTATGGCATTTAGGAAAAGAAGGCACAAAACGGT > BS168_reference_genome/375885‑376149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |